По каким-то причинам начатые работы вскоре были прекращены, и возобновились они только в начале 1330х годов. Этот этап в истории Детинца относится ко времени архиепископа Василия – крупного политического деятеля, проявлявшего большую заботу об укреплении Новгорода. «Заложи владыка Василий город камен от Святого Володимера до Святой Богородицы (т. е. от ворот Владимирской башни до Пречистенских. – Н.И.) и от Богородицы до Бориса и Глеба (т. е. от Пречистенской башни до храма Бориса и Глеба, стоявшего в южной части Детинца. – Н.И.)». За 3 года почти вся стена Детинца вдоль Волхова была создана заново, однако на этом работы были приостановлены. Шведы, нарушив Ореховский договор, в 1348 году вторглись в новгородские земли, захватили Вотскую пятину и крепость Орехов, и потому строительные работы в Детинце возобновились только во второй половине XIV века. Правда, вскоре они опять остановились, так как все силы были направлены на сооружение Окольного города. Вновь каменное строительство возобновилось только при владыке Иоанне IV и завершилось в 1430е годы.

Следующая коренная перестройка Новгородского кремля началась после присоединения Новгорода к Москве, когда политическим хозяином Детинца становится московский великий князь. Отныне все постройки в Детинце и ремонт его делаются по повелению из Москвы, хотя и не всегда на московские деньги. Не прошло и века после последней перестройки Детинца, и стены его еще не успели обветшать, но они уже не соответствовали новой военной технике того времени. В 1484 году «повелением великого князя Ивана Васильевича начаша здати град камен Детинец по старой основе». Новая перестройка была столь значительной, что фактически он был построен заново, хотя летописец и подчеркнул, что возведен он был «на старой основе». Археологические раскопки подтвердили, что стены и башни были поставлены на прежнем месте [19] .

При Иване III и архиепископе Геннадии были возведены круглые башни на месте более древних, тоже круглых. Основание их составляют огромные и величественные подземелья, служившие в старые времена тайниками и темницами, а потом превращенные в погреба и кладовые. Новгородский кремль XV века представлял собой мощную оборонительную систему с двенадцатью каменными башнями, пять из которых были проездными, а остальные – глухими. Стены завершались двурогими зубцами и имели деревянную кровлю, башни покрывались невысокими шатрами.

С середины XVI века в Новгороде появились воеводы сначала в качестве военачальников при наместниках. Однако к XVII веку в их руках сосредоточилась почти вся власть, так как Новгород был одним из важнейших пограничных городов Русского государства. Влияние и авторитет воевод были так велики, что они пользовались правом самостоятельного чекана монеты на своем денежном дворе.

Специальный Воеводский двор появился только в начале XVII века, а окончательно он оформился в юго-западной части Детинца только к 1670 м годам. Он представлял собой большую усадьбу городского типа, состоявшую из нескольких жилых и хозяйственных построек, огражденных деревянным тыном. Однако во время народных восстаний воевода не мог укрыться в своем дворе: например, в 1650 году он вынужден был спасаться в неприступном Владычном дворе.

Центральным служебным помещением воеводы была Приказная палата, располагавшаяся к северу от Воеводского двора. Это было большое по тем временам здание, в котором находились «столы» – обрядный, посольский, денежный, поместный, судный, хлебный и др. Подьячие этих столов распоряжались определенными сторонами жизни Новгорода. В Приказной палате в ларце, обклеенном бархатом, хранилась государственная серебряная с золочением печать, которой скреплялись челобитные, зазывные, повинные и другие внутренние дела.

В начале февраля 1686 года постройки Воеводского двора сгорели во время большого пожара, и воевода боярин П.В. Шереметев строит новый Воеводский двор на месте старого. На возведение его собирают деньги с городского и уездного населения, тратятся деньги из государственной казны, причем московские власти даже не ставятся в известность. Новый Воеводский двор занял весь юго-западный участок Детинца, но число его построек было невелико. Главным служебным помещением стала «тройня» – изба, состоявшая из двух больших комнат, разделенных сенями. Она располагалась поблизости от Покровской башни и церкви: из ее передних сеней в церковь и на крепостную стену был сделан переход с лестницами и перилами. Рядом с «тройней» поставили «двойню» – избу из двух комнат с печами, подклетами и т. д.

Строительство Воеводского двора в 1686 году было не только невеликим, но и не отличалось хорошим качеством. Поэтому уже через 6 лет воевода Прозоровский просит у Москвы разрешения на возведение нового Воеводского двора, который и был сооружен к концу XVII века «каменных дел подмастерьем» С.Л. Ефимовым.

Значительное обновление стен и башен новгородского Детинца произвел Петр I ввиду ожидавшегося нашествия шведов. Но в XVIII веке многие русские крепости, потерявшие свое былое назначение, начали понемногу рушиться. В связи с этим в 1743 году императрица Елизавета Петровна издала указ, по которому во всех городах и провинциях ветхие крепостные сооружения и прочие казенные здания следует отремонтировать по усмотрению местной администрации, а если это невозможно, то опасные места и здания разобрать. Состояние новгородского Детинца к середине XVIII века сделалось угрожающим, и городские власти, опасаясь обвалов, не раз обращались в Сенат с просьбой выделить средства на ремонт крепостных стен и башен.

В начале 1817 года из Петербурга в Новгород был отправлен «каменный мастер» Иосиф Лукини, представивший по возвращении в столицу планы и отчет, по которым следовало: «Сие древнее сооружение, близкое к разрушению, сломать до основания и построить новое». К счастью, это безумное предложение не нашло поддержки в Строительном комитете, и, чтобы окончательно выяснить ситуацию с новгородским Детинцем, в город был отправлен адъюнкт-профессор архитектуры А.И. Мельников. Ему предписывалось подробно объяснить, «в чем ветхости или повреждения крепости» и «какие средства могли бы быть единственными и надежными к исправлению оных». Выполнив все пункты задания Строительного комитета, А.И. Мельников составил смету на ремонт крепостных стен и башен – 53 665 рублей. Его предложение было одобрено, и деньги на строительство выделили.