Гейдрих был чрезвычайно польщен этим новым, важным для него назначением, оставшись по-прежнему главой РСХА. К всеобщему удивлению, отношение Гейдриха к чехам было абсолютно нетипичным для него. Вместо жестокого отношения Гейдрих избрал политику кнута и пряника. В качестве пряника использовалось снабжение достаточным количеством продовольствия и вполне приличное обращение с чехами при условии их трудолюбия и хорошего поведения.

Под кнутом подразумевалось самое жестокое, насколько это возможно, тюремное наказание, ждавшее любого человека, помогавшего чешскому движению Сопротивления или саботажнику — это также касалось и любого немца, признанного виновным в деятельности, противоречащей интересам рейха. Таким образом, многим чехам Гейдрих показался справедливым, хоть и жестоким правителем, и акции движения Сопротивления уменьшились. Чешское правительство в изгнании встревожила создавшаяся ситуация. Интересы союзников и проводившаяся ими пропаганда получили бы лучшее практическое подкрепление, если бы чешское население удалось подтолкнуть к активному противодействию захватчикам-нацистам.

Англичане и чехословацкое правительство в изгнании приняли решение казнить Гейдриха, зная, что неизбежное возмездие, которое падет на чехов, обязательно обратит их гнев против немцев. Группа чешских солдат-эмигрантов при посредстве англичан в мае 1942 года была заброшена на парашютах в Чехословакию. 27 мая направлявшийся в свою резиденцию в открытом автомобиле Гейдрих был атакован этими парашютистами. В ходе завязавшейся перестрелки была брошена граната, взорвавшаяся в автомобиле рядом с Гейдрихом, который получил тяжелое ранение. 4 июня он скончался в госпитале.

Гитлер отреагировал абсолютно предсказуемо. Была арестована тысяча чехов, а деревня Лидице, ложно обвиненная в связи с террористами, была по его приказу полностью разрушена. Самих террористов выдал предатель, и их тайное укрытие в одной из пражских церквей было окружено. После недолгой осады чешские парашютисты поняли бессмысленность дальнейшего сопротивления и покончили с собой. Гейдрих удостоился государственных похорон, а целый полк Ваффен-СС был назван его именем.

Лидице сравняли с землей, и название этой деревни было убрано с карт. На посту главы РСХА Гейдриха сменил австриец Эрнст Кальтенбруннер, доктор юриспруденции, обергруппенфюрер СС и генерал полиции.

В Германии критика правящего режима стала высказываться уже более открыто. Оппонентом нацизма какое-то время был епископ города Мюнстера. Его проповеди, содержавшие серьезную критику нацизма, не оставляли ни у кого сомнения в его истинных убеждениях. Стоит отметить, тем не менее, что к нему не применяли никаких репрессий, возможно, из-за его высокого положения.

Хубер, профессор отделения философии Мюнхенского университета, убежденный антинацист, поддержал критическую позицию епископа и на основе его проповедей написал листовку, размножил ее и стал тайно распространять в университете. Эти листовки попали в руки многих студентов со сходными воззрениями, и в результате возникла группа движения Сопротивления. Эта группа, назвавшая себя «Белая роза», ограничивалась пассивным сопротивлением, проявлявшимся в распространении антифашистских листовок.

Известие о растущем недовольстве студентов достигло гаулейтера Пауля Гейслера, который решил лично обратиться к студентам с речью.

Он пожурил их за упадок морали и недостаточную преданность Гитлеру, припугнул юношей призывом в армию, а студенток предложил использовать в качестве матерей будущих граждан рейха, намекнув, что был бы не прочь посодействовать им в этом.

Студентов речь Гейслера довела до бешенства, и они с ожесточением набросились на него и его стражу. Начались уличные беспорядки, на стенах домов стали появляться такие надписи, как «Долой Гитлера!»

Власти не располагали твердыми уликами против конкретных студентов, но они продолжали держать университет под постоянным наблюдением. В конце концов, агент гестапо, работавший в университете уборщиком, выследил двух студентов — брата и сестру Ганса и Софи Шолль, которые разбрасывали с балкона листовки, и незамедлительно выдал их. Молодых людей тут же арестовали, и они предстали перед судом, возглавляемым судьей-нацистом Роландом Фрей-слером. Брат и сестра Шолли, а также еще один студент по имени Кристоф Пробст были объявлены виновными и приговорены к смертной казни через обезглавливание. Приговоры были исполнены без промедления. Совсем скоро были арестованы и казнены остальные члены «Белой розы», в том числе и профессор Губер. Несмотря на подобные неудачи, Сопротивление продолжало набирать силу, и СД и гестапо были вынуждены постоянно быть начеку, дабы пресечь малейшие проявления несогласия и оппозиции.

К концу 1943 года РСХА осознала наличие в рядах Вермахта могущественной антигитлеровской оппозиции, но, похоже, не могла отыскать доказательства против многих конкретных лиц. Тех подозрительных, которых все-таки установили, трогать не стали, возможно, в надежде на то, что неустанная слежка за их передвижениями и контактами приведут СД и гестапо к их вожакам.

Подразделения секретных служб должны были действовать осторожно и осмотрительно, потому что суды СС не имели юрисдикции над служащими Вермахта; а поскольку военные суды не желали пользоваться методами гестапо при допросах в отношении солдат, заподозренных в нелояльности, признания со стороны последних были редкостью. СД и гестапо ждали благоприятного случая.

Когда поражение в войне стало очевидным, преданность старших офицеров Вермахта дала сильную трещину. Многие из них какое-то время благосклонно относились к действиям против режима, особенно если это касалось смещения самого фюрера, но не могли рассчитывать на поддержку общества, пока авантюры Гитлера продолжали приносить победу.

К середине 1944 года время созрело для действий. Была разработана учебная военная операция под кодовым названием «Валькирия», в соответствии с которой частям Вермахта надлежало занять Берлин для защиты города от гипотетического восстания находившихся в Германии насильно угнанных в Германию рабочих, беглых заключенных и прочих. Заговорщики были уверены, что в случае смещения Гитлера верные им войска под предлогом проведения этой военной операции смогут легко захватить Берлин и сместить нацистское правительство. Глава военной разведки — абвера, адмирал Вильгельм Канарис знал о заговоре, но сохранял о нем молчание. Убежденный национал-социалист, он не одобрял издержек режима. Хотя Канарис жил по соседству с Гейдрихом и часто общался с ним, последний жаждал занять пост Канариса, и поэтому эти две конкурирующие секретные службы — РСХА и абвер — испытывали друг к другу взаимное недоверие.