...Хам, Яфет и Сим.
– Согласно Библии сыновья Ноя, между которыми был разделен мир. Хам получил Африку, Яфет - Европу, Сим - Азию.

Голгофа - там, где... Адам сорвал свой плод...
– Считалось, что Иисус Христос распят на том самом месте, где некогда был похоронен Адам.

...два Адама...
– Иисуса Христа называли новым (или вторым) Адамом.

...в сей красной пелене...
– Поэт говорит о мучающем его жаре.

"Бог низвергает, чтобы вознести!.." - цитата из латинского перевода Библии (Псалтирь, СХII, 7-8).

ГИМН БОГУ-ОТЦУ

По всей видимости, Донн написал это стихотворение во время тяжелой болезни в 1623 г.

...грех, в котором я зачат?
– Имеется в виду первородный грех.

А.Н. Горбунов