В другом отрывке она писала, что, когда Лемурия погрузилась в пучину вод, часть ее жителей перебралась в Атлантиду, после затопления которой все уцелевшие, в свою очередь, мигрировали на священный остров Шамбала в пустыне Гоби. Ни в литературе о системе Калачакры, ни в «Вишну Пурана», однако, нет упоминаний ни об Атлантиде, ни о Лемурии, ни о Майтрейе, ни о Сосиоше. Однако последователи Блаватской продолжали связывать эти имена с Шамбалой.

То, что Блаватская поместила Шамбалу в пустыню Гоби, — неслучайно, ведь монголы, включая бурятское население Сибири и калмыков нижнего региона Волги, являлись преданными последователями тибетского буддизма, в особенности учений о Калачакре. В течение столетий монголы веровали, что Монголия — это Северная земля Шамбалы, а Блаватская, несомненно, была знакома с верованиями бурятов и калмыков в России.

Возможно также, что Блаватская нашла подтверждения того, что Шамбала находится в пустыне Гоби, изучая записи Ксомо де Кэрэш. В письме, датируемом 1825 годом, он писал, что Шамбала — это «буддийский Иерусалим» и расположена она на долготе между 45-м и 50-м градусами. Хотя он предполагал, что Шамбалу, скорее всего, обнаружат в пустыне Кызылкум в Казахстане. Территория Гоби также была расположена в пределах обозначенного участка. Позже и другие исследователи предполагали, что Шамбала находится именно в этом месте, но они либо указывали на Восточный Туркестан (Синьцзян), либо на алтайские горы.

Хотя сама Блаватская никогда не утверждала, что именно Шамбала была источником происхождения «Тайной доктрины», позже это провозгласили другие теософы. Первой это сделала Элис Бэйли (Alice Bailey) в своих «Письмах об оккультной медитации» (1922). Елена Рерих в своем сборнике писем («Collected Letters», 1935—1936) также писала, что Блаватская была посланницей Белого Братства Шамбалы. Более того, она сообщала, что в 1934 году правитель Шамбалы призвал вернуться в Тибет махатм, которые передали Блаватской тайные учения.

В первую серьезную попытку использовать легенду о Шамбале в политических целях также была вовлечена Россия. Агван Доржиев (1854—1938) был бурятским монахом, учившимся в Лхасе и ставшим для Тринадцатого Далай-ламы ассистентом-наставником по философским диспутам. Перед лицом того факта, что Британия и Китай вели активные закулисные действия по установлению контроля над Тибетом, он убедил Далай-ламу обратиться к России за военной поддержкой. Доржиев сказал Далай-ламе, что Россия и есть Шамбала, а царь Николай Второй является реинкарнацией ламы Цонкапы — основателя традиции гелуг. Доржиев организовал несколько делегаций, посетивших Русский Императорский Двор, но так и не смог добиться какой-либо помощи. Однако ему удалось убедить царя построить храм Калачакры в Санкт-Петербурге.

Первая публичная церемония в этом храме была проведена в 1913 году. Это был ритуал долгой жизни династии Романовых в день ее трехсотлетия. Согласно мнению Альберта Грюнведэля (Albert Gr"unwedel), немецкого исследователя Центральной Азии, автора книги «Путь в Шамбалу» («Der Weg nach Shambhala», 1915), Доржиев считал династию Романовых потомками правителей Шамбалы.

[Подробнее см.: Россия, Япония и докоммунистический Тибет: роль легенды о Шамбале.]

Следующая попытка политической эксплуатации легенды о Шамбале имела место в Монголии. Барон фон Унгерн-Штернберг (Baron von Ungern-Sternberg) — немец, проживавший в России, был яростным антибольшевиком. В ходе Гражданской войны, последовавшей за русской революцией 1917 года, он сражался в Сибири в составе Белой гвардии. Заручившись поддержкой Японии, он, неожиданно для всех, вторгся во Внешнюю Монголию в 1920 году, чтобы освободить ее от китайцев. Печально известный своей жестокостью, Унгерн убил тысячи китайцев, монголов, русских большевиков и евреев, заработав тем самым себе прозвище «сумасшедший барон». Унгерн был уверен, что все евреи были большевиками.

Сухэ-Батор (Sukhe Batur) учредил в Бурятии временное коммунистическое правительство и повел монгольскую армию против Унгерна. Батор вдохновлял свои войска, обещая им, что, борясь за освобождение Монголии от гнета, они переродятся воинами армии Шамбалы. С помощью Красной армии Сухэ-Батор взял Ургу (Улан-Батор) — столицу Монголии в конце 1921 года. Вскоре, в 1924 году, была основана Монгольская Народная Республика.

После взятия японцами Внутренней Монголии в 1937 году Япония также начала использовать легенду о Шамбале для своей политической выгоды. Чтобы добиться преданности монголов, велась пропагандистская кампания, утверждавшая, что именно Япония являлась Шамбалой.

В книге 1922 года «Звери, люди и боги» Фердинанд Оссендовский (Ferdinand Ossendowski) (1876–1945) — польский ученый, проживший большую часть жизни в России, описал свои путешествия по Внешней Монголии во времена военных кампаний барона фон Унгерн-Штернберга. Оссендовский рассказывал, что некие монгольские ламы поведали ему об Агарти — подземном царстве, расположенном под Монголией, которым правил «Царь мира». В будущем, когда материализм уничтожит мир, разразится ужасная война. В это время жители Агарти выйдут на поверхность и помогут остановить насилие. Оссендовский сообщал, что он убедил Унгерна в правдивости этой истории и что впоследствии Унгерн дважды отправлял экспедиции во главе с принцем Паулзигом на поиски Агарти. Экспедиции эти никакого результата не принесли, а во время второй из них пропал и сам принц.