Атаманские режимы Читы и Хабаровска тоже с нетерпением ожидали падения Омска. И тоже с целью дорваться до власти. Намечали автономию Дальнего Востока под руководством Семенова и негласным протекторатом Японии. Большевистская угроза представлялась за Байкалом чем-то далеким, нереальным. Даже зная обо всем этом, омское правительство не могло принять сколько-нибудь решительных мер. Все оставлялось "на потом", внимание сосредоточивалось на фронте. Да и развитие заговоров во многом зависело от фронтовой обстановки. Первое открытое выступление случилось во Владивостоке уже в ночь на 2 октября. Но ген. Розанов, несмотря на протесты ряда союзных представителей, ввел в город войска, и заговорщики тут же утихомирились. Однако это были еще цветочки. Сигналом для большинства недовольных послужило падение Омска.

В ночь с 17 на 18.11 опять поднял мятеж Гайда. Базируясь на станцию Океанская, он во главе чешско-русского отряда двинулся во Владивосток. Розанов, собрав имеющиеся в его распоряжении силы — гардемаринов, юнкеров, офицерскую школу, — нанес ему поражение. Гайда был ранен и скрылся. Восстал гарнизон Новоникола-евска под командованием полковника Ивакина, требуя мира от большевиков и созыва сибирского Учредительного Собрания. Этот бунт тоже удалось еще подавить — польские легионеры, охранявшие Новониколаевский участок Сибирской магистрали, в отличие от чехов, настроенные по-боевому, разогнали мятежников и заставили сдаться. 33 человека (участвовавшие в восстании офицеры) по приговору военно-полевого суда были расстреляны.

Но основной нарыв зрел в Иркутске. Здесь 12.11 на Всесибир-ском совещании земств и городов был образован Политцентр из эсеров, меньшевиков, представителей земств и кооперативов. В программу Политцентра вошли замена военного управления гражданским и установление в Сибири независимой демократической республики. Губернатор Яковлев, ярый сибирский самостийник, никаких мер против Политцентра не принял. Он и сам склонялся к разрыву с Колчаком. Министров встретил более чем холодно, а эшелоны с беженцами из Омска и служащими учреждений приказал вообще не пускать в Иркутск, а размещать их по окрестным деревням. Яковлев вступил в переговоры не только с Политцентром, но и с большевиками на предмет компромиссного окончания гражданской войны в здешних краях. Естественно, в контакты с большевиками вступил и Политцентр. Коммунисты в его состав войти отказались, но заключили соглашение о сотрудничестве и принялись совместно разлагать части местного гарнизона, формировать из шахтеров и рабочих боевые дружины. Правда, с самого начала можно было отметить одну особенность этого сотрудничества — пока другие партии и политические течения спорили о деталях будущих структур власти и принципах гипотетической республики, коммунисты расставляли своих людей на командные должности вооруженных дружин и отрядов.

Сибирская эвакуация быстро превращалась в массовую трагедию. Поначалу беженцы из Омска подверглись жестокому шантажу железнодорожников. Едва отъехав на расстояние, гарантирующее безнаказанность, поездные бригады ставили ультиматум пассажирам, отказываясь везти дальше: платить «контрибуцию» или выгружаться. Этот грабеж повторялся на каждой последующей станции. Продвижение по железной дороге, забитой пробками эшелонов, шло еле-еле. Состояние путей и подвижного состава оставляло желать лучшего. Нередко случались аварии. Даже литерный "золотой эшелон" потерпел крушение, столкнувшись с другим поездом. Но дальше пошло еще хуже. Участок магистрали от Новониколаевска до Иркутска охраняли чехословаки, ставшие полными хозяевами на дороге. Еще до падения Омска был составлен, а 15.11 обнародован меморандум чешских руководителей о том, что пребывание их армии в России бесцельно, "противоречит требованиям справедливости и гуманности". Утверждая, что "под защитой чехословацких штыков" русская реакционная военщина творит преступления, заключалось, "мы сами не видим иного выхода из этого положения, как лишь в немедленном возвращении домой". А через 3 дня был отдан приказ по чехословацкой армии: приостановить отправку русских эшелонов и ни в коем случае не пропускать их за ст. Тайга (рядом с Томском), пока не проедут все части чехов. Открыто провозглашалось: "Наши интересы выше всех остальных".

20.11 главнокомандующий Сахаров объявил эвакуацию района Новониколаевска Красноярска, где было сосредоточено много госпиталей. Больных и раненых, семьи бойцов предстояло вывезти в Приамурье. Не тут-то было. 60 тыс. отъевшихся в тылах, свеженьких и отлично вооруженных чехословаков спешили любой ценой пробиться на восток. Причем захватив с собой сотни вагонов «трофеев», нахапанных в России — хозяйственные союзники мечтали вернуться домой богатыми. Их действия стали носить характер откровенных бесчинств, русские поезда останавливались, загонялись в тупики, паровозы у них отбирались. 121 эшелон санитарные, тыловые, с гражданскими беженцами — встали, лишенные паровозов. Кому повезло — на станциях, а большинство — на глухих таежных полустанках и разъездах, обреченные на замерзание среди сибирской зимы, на смерть от голода и болезней. Целые вагоны вымирали от тифа. На поезда, лишенные всякой защиты, нападали партизаны, а то и просто местные крестьяне, грабили и убивали пассажиров.

Среди этого хаоса еле-еле тащился на восток и поезд Колчака с "золотым эшелоном", который он догнал после крушения. Сначала адмирал старался находиться со своими войсками, но уже вскоре был оторван от них. Остатки армии вынуждены были отступать по старому Сибирскому тракту — чехи не пускали их на железную дорогу. Колчак один за другим писал протесты против чешских безобразий их командующему ген. Сыровому, писал главнокомандующему союзными войсками ген. Жанену. 24.11 он телеграфировал:

"Продление такого положения приведет к полному прекращению движения русских поездов и гибели многих из них. В таком случае я буду считать себя вправе принять крайние меры и не остановлюсь перед ними".

25.11 он направил резкий ответ на чехословацкий меморандум от 15.11. Чехи оскорбились, но все осталось по-прежнему — ведь реальной силы для "крайних мер" у Колчака, увы, не осталось.

Тем временем его премьер-министр В. Н. Пепеляев в Иркутске переформировал состав кабинета и пытался примирить правительство с сибирскими земствами, чтобы предотвратить готовящийся Политцентром взрыв. Он предлагал создать "правительство общественного доверия", однако эсеры и земцы не желали идти ни на какие контакты с Колчаком, открыто взяв курс на переворот. Тогда Пепеляев выехал навстречу адмиралу, чтобы склонить его на уступки и таким образом прийти к мирному выходу из кризиса. А Колчака ждал новый удар. 9.12, добравшись до ст. Тайга, он получил ультиматум от одного из лучших своих генералов, А. Н. Пепеляева. Он с верными ему частями находился в Томске, где в свое время поднимал восстание и сохранил популярность. Пепеляев требовал немедленного созыва сибирского Земского Собора, представив проект соответствующего указа. Кроме того, настаивал на отстранении главнокомандующего Сахарова и расследовании обстоятельств сдачи Омска. Конфликт между Колчаком и Пепеляевым чуть не привел к вооруженному столкновению. Но посредником выступил приехавший из Иркутска В. Н. Пепеляев, брат генерала. Инцидент удалось замять, тем более что какие-то решения все равно приходилось откладывать "до Иркутска", т. е. до возможности хоть как-то контролировать обстановку.

Отставки Сахарова, даже не пытавшегося привести в порядок остатки отступающих войск, потребовал и ген. Дитерихс. 11.12 главнокомандующим был назначен Владимир Оскарович Каппель. Среди всеобщего разброда и развала он в полной мере проявил свои недюжинные таланты полководца и организатора, оказался самым толковым из начальников. И одним из немногих, кто до конца сохранил верность долгу и преданность Колчаку. Адмирал, надорвавший свои силы в клубке измен и поражений, даже предлагал Каппелю, когда тот достигнет Иркутска, принять от него полномочия Верховного Правителя, но тот отказался, сославшись на неготовность. Любимец солдат и офицеров, Каппель сумел сделать невозможное. Под его руководством собирались самые надежные войска, возвращалась их боеспособность. Беспорядочно откатывавшиеся части стали огрызаться арьергардными боями.