После августовских событий 1991 года Г.Ф. Титов был смещен с должности в сентябре того же года. Около трех месяцев контрразведку возглавлял (также в ранге заместителя председателя КГБ) генерал-майор Ф.А. Мясников, работавший ранее в контрразведке, территориальных органах и в Инспекторском управлении КГБ СССР. В этот период происходят радикальные перемены в структуре органов госбезопасности: ликвидация КГБ, образование и ликвидация Межреспубликанской службы безопасности (МСБ), Агентства федеральной безопасности (АФБ) РСФСР, Министерства безопасности и внутренних дел (МБВД) РФ, Министерства безопасности РФ. С этого времени, после дезинтеграции КГБ, выделения разведки, системы правительственной связи, пограничных войск, охраны руководителей государства в самостоятельные структуры, контрразведка становится главной составляющей ведущей структуры органов безопасности России — Министерства безопасности — Федеральной службы контрразведки — Федеральной службы безопасности Российской Федерации.

Для постсоветской контрразведки также характерна регулярная сменяемость руководства. Первый начальник управления контрразведки — заместитель министра МБ РФ генерал-майор В.А. Клишин был смещен с должности летом 1992 года по обвинению в служебных нарушениях. Генерал-лейтенант Ю.В. Чичелов также недолго руководил контрразведкой и в 1993 году перешел в налоговую полицию. Генерал-полковник В.М. Зорин, бывший начальник управления контрразведывательных операций, в июле 1995 года был назначен 1-м заместителем директора ФСБ. 5 лет проработал во главе контрразведки генерал-полковник В.П. Печенкин, в прошлом — начальник отдела 2-го ГУ КГБ, перед назначением — начальник УФСБ по Новосибирской области (заместитель директора ФСБ с сентября 1997 года). В 1998 году, в результате реорганизации структуры ФСБ, был образован Департамент контрразведки (1-й департамент), начальником которого с августа 2000 года является заместитель директора ФСБ генерал-полковник О.В. Сыромолотов. В состав Департамента входят Управление контрразведывательных операций (УКРО) — начальник генерал-лейтенант Н.А. Волобуев и Управление компьютерной и информационной безопасности.

О текущей деятельности контрразведки известно всегда мало. Но вот то немногое, что известно из прессы последнего десятилетия и подтверждено из официальных источников.

В апреле 1994 года в Москве был арестован представитель «Аэрофлота» в Хараре (Зимбабве) В. Гурджиянц, передававший представителям разведки Зимбабве секретную информацию о сотрудниках российских спецслужб, работавших под различными прикрытиями в этой африканской стране.

В августе 1994 года был арестован сотрудник Санкт-Петербургского военно-морского НИИ М. Финкель. За помощь в организации переезда на постоянное жительство в США он передавал сотруднику ЦРУ Д. Саттеру, работавшему под «крышей» консульского отдела посольства США в Москве, секретные материалы о проектных работах по атомным подводным лодкам последнего поколения.

В декабре 1995 года в Москве были задержаны официальный представитель израильской разведки МОССАД в России Р. Динель и бывший сотрудник ГРУ А. Волков. Последний передавал израильскому представителю секретные снимки территории Сирии, сделанные с российских спутников. Р. Динель был объявлен персоной «нон грата», а А. Волков и его сообщники Г. Спорышев и В. Ткаченко предстали перед судом.

В феврале 1996 года в Санкт-Петербурге в момент получения в Военно-морском музее контейнера с непроявленной пленкой, содержащей 23 кадра с отснятыми секретными материалами, были задержаны с поличным связной шведской военной разведки Г. Нордстрем и его агент — гражданин России.

В мае 1996 года в Москве был задержан агент английской СИС сотрудник МИД РФ П. Обухов. После этого 9 сотрудников британского посольства в Москве были объявлены персонами «нон грата» за действия, не совместимые со статусом дипломата.

В том же 1996 года сотрудниками ФСБ был арестован сотрудник МИД РФ В. Макаров. Он работал на ЦРУ с 1976 года, и за это время передал американцам большое количество секретных документов, чем нанес существенный ущерб безопасности СССР и России.

В марте 1997 года в Москве был арестован майор управления Оренбургской ракетной армии И. Дудник. Имея доступ к секретной документации, он собирал информацию о боевой деятельности ракетных войск стратегического назначения, которую намеревался передать американской разведке за 500.000 долларов.

В ноябре1997 года в Ростовской области был задержан американский гражданин Р. Блисс. Будучи инженером фирмы «Квалком», он занимался установкой спутниковой связи, а попутно собирал информацию, носящую секретный характер. В это же время в Москве был арестован по подозрению в шпионаже гражданин Ирана, обучавшийся в МГУ. Он был задержан в момент получения конструкторской документации по ракетной технике.

В апреле 1999 года в Краснодаре контрразведчики задержали кадрового сотрудника военной разведки Турции Б. Бахри. Находясь на Северном Кавказе под видом предпринимателя, он занимался сбором секретной информации, а также пытался дискредитировать политику России на Кавказе, Ближнем и Среднем Востоке.

В это же время в Мурманске был задержан гражданин Германии Т. Шмидт, который вел несанкционированную фотосъемку объектов Мурманского ремонтно-технического предприятия «Атомфлот», заодно пытаясь выяснить возможность проникновения на его территорию.

В 2000 году был арестован и осужден (впоследствии амнистирован) американский гражданин, кадровый сотрудник военной разведки Э. Поуп, получавший секретную информацию от российских ученых, работавших в оборонном комплексе.

Накануне 80-летнего юбилея российской контрразведки один из ее руководителей Н.А. Волобуев в интервью «Российской газете» следующим образом оценивал ситуацию:

«В 2001 году выявлены и взяты в разработку более 80 кадровых сотрудников спецслужб иностранных государств. Шпионская и иная подрывная деятельность 21 из них уже пресечена. Кроме того, мы обезвредили 45 агентов зарубежных спецслужб, в том числе двоих российских граждан.

Завершена работа по уголовному делу в отношении арестованного ранее агента спецслужб Великобритании и Эстонии Валерия Оямяэ, в прошлом сотрудника российских спецслужб. Он выдал противнику значительное количество различных сведений, в том числе и составляющих гостайну. Решением Мосгорсуда за государственную измену в форме шпионажа он приговорен к семи годам лишения свободы. По этой же статье УК осужден Валентин Моисеев, бывший заместитель директора 1-го департамента Азии МИД России. В ходе проведенных оперативно-следственных мероприятий получены доказательства его шпионской деятельности в пользу южнокорейских спецслужб. Московский городской суд повторно признал Моисеева виновным в совершении преступления и приговорил его к лишению свободы сроком на четыре с половиной года.