Литература Калачакры придаёт особое значение общим для буддизма и ислама положениям: атомарной природе материи и душам, которые несут ответственность за свои действия. В текстах нет опровержения мусульманского толкования этих понятий, а объясняется, как донести до мусульман буддийскую точку зрения. Вопрос о небесном перерождении как о наивысшей духовной цели и конечном достижении, которое может обрести любая личность, стал основным предметом обсуждения буддийских текстов, так как это противоречит главному буддийскому утверждению об окончательном освобождении от кармы и перерождений. В них критикуется также халяльный забой скота, который описан следующим образом: животному перерезают горло, повторяя «Бисмаллах» – мантру Бога. Однако эта критика была вызвана неправильным пониманием: буддисты считали этот исламский обычай кровавым жертвоприношением богу.

Нет никаких свидетельств того, что на протяжении следующих столетий мусульманские учёные ознакомились с проблематикой, затронутой в текстах Калачакры, или обращались к ней. Однако, как следует из некоторых исторических работ, они сохраняли интерес к буддизму. В то же время, помимо комментариев, которые толкуют Калачакру, не существует других подтверждений заинтересованности буддистов исламом.

Например, в начале XI века н.э. во времена правления династии Газневидов персидский историк аль-Бируни, который присутствовал при вторжении Махмуда Газневи на полуостров Индостан, на основании своих наблюдений написал «Книгу об Индии» (араб. «Китаб ал-Хинд»). В ней он описал основные буддийские обычаи и верования и отметил, что индийцы считают Будду пророком. Конечно, это не говорит о том, что аль-Бируни призывал мусульман признать Будду пророком Аллаха, но указывает на понимание автором того, что буддисты не считают Шакьямуни своим Богом. В XII веке н.э. во времена династии Сельджуков аль-Шахрастан в своей «Книге о религиях и школах» (араб. «Китаб ал-милал ва нихал») привёл такое же описание буддизма, как и аль-Бируни.

В конце XIII века н.э. Хубилай-хан – китайский император династии Юань, внук Чингисхана, – принял в качестве религии сакья – традицию тибетского буддизма. Он нанял центральноазиатских мусульман собирателями податей, чтобы создать прослойку между своими китайскими подданными и их монгольскими правителями. В начале правления Хубилай-хан разрешил мусульманам сохранить все свои обычаи. Но затем, в ответ на поддержку мусульман его двоюродным братом и врагом Хайду, Хубилай начал ограничивать свободу мусульман. В 1280 году он запретил обрезание и халяльный забой скота. Последний запрет был установлен в соответствии с джасагом – сводом законов Чингисхана, который запрещал осквернение земли кровью убитых животных. Он не имел ничего общего с буддийскими верованиями и был связан только с добуддийскими монгольскими обычаями. Таким образом, несмотря на то что Хубилай-хан покровительствовал буддизму, его взаимодействие с мусульманскими подданными не имело никакого отношения к буддийско-мусульманскому доктринальному диалогу.

В то время как буддисты не проявляли никакого интереса к верованиям местного населения, монголы распространяли буддизм даже в традиционных мусульманских регионах. Так, на протяжении большей части периода Ильханата во второй половине XIII века, когда монголы управляли Ираном, монгольские ханы практиковали и распространяли там тибетскую форму буддизма. Саад аль-Даула, министр Аргун-хана, предложил включить некоторые аспекты ислама в императорскую политику хана. Он советовал объявить пророками Чингисхана и его наследную линию, наподобие шиитской линии имамов, и предложил Аргун-хану последовать примеру Мухаммада и положить начало вселенской буддийской религиозной нации, а Каабу превратить в буддийский храм. Но, хотя хан объявил буддизм государственной религией и пригласил ко двору многих монахов их Кашмира и Тибета, он не принял другие советы министра.

Следующий правитель Ильханата Газан-хан вскоре после вступления на престол принял ислам. Он поручил своему министру Рашиду ад-Дину написать «Всеобщую историю» (араб. «Джами ал-таварих») и включить в неё описания систем верований разных народов, с которыми столкнулись монголы, в том числе и буддизма. Чтобы помочь Рашиду ад-Дину в его работе, Газан-хан пригласил ко двору Бакши Камалашри – буддийского монаха из Кашмира. Результатом этого сотрудничества стал третий раздел «Истории Индии» второго тома «Всеобщей истории» – «Жизнь и учения Будды», который был переведён на арабский и персидский языки.

Подобно предыдущим работам аль-Кермани и аль-Бируни, Рашид ад-Дин объяснял буддизм с точки зрения мусульман. Например, он считал Будду одним из шести религиозных основоположников, которых индийцы называют пророками, из которых теистические – Шива, Вишну и Брахма, нетеистические – Арханта в джайнизме, Настика в чарваке и Шакьямуни в буддизме. Также богов дева он называл ангелами, а Мару – Иблисом, дьяволом. Помимо этого в тексте говорится о перерождении в шести мирах, кармических законах причин и следствий и о том, что слова Будды собраны в Кангьюре – своде их тибетских переводов.

Рашид ад-Дин сообщил также, что в то время в Иране были распространены одиннадцать буддийских текстов на арабском языке. Они включали тексты махаяны, такие как «Сутра об устройстве чистой земли блаженства» (санскр. «Сукхавативьюха сутра») о чистой земле Амитабхи, «Сутра о расположении, подобном плетёной корзине» (санскр. «Карандавьюха сутра») об Авалокитешваре – воплощении сострадания, и «Разъяснение о Майтрейе» (санскр. «Майтрейявьякарана») о Майтрейе – грядущем будде и воплощении любви. Однако в описании Рашида ад-Дина встречаются довольно фантастические утверждения. Например, о том, что до принятия ислама жители Мекки и Медины были буддистами и поклонялись идолам в Каабе, которые напоминали Будду.

Немногим более чем сто лет спустя, в начале XV века н.э., Хафизи-Абру, служа при дворе Шахруха династии Тимуридов в Самарканде, написал «Собрание летописей» (араб. «Маджма ат-таварих»). Раздел этого текста о Будде и буддизме основывался на труде Рашида ад-Дина.

Хотя труды мусульманских учёных по истории Индии содержат описания буддийских верований, в текстах тибетских и монгольских буддийских авторов, посвящённых истории Индии после распространения в ней ислама, не удалось обнаружить подобного описания исламских верований. Например, в начале XVII века н.э. в своей работе «История буддизма в Индии» (rGya-gar chos-‘byung) тибетский учёный Таранатха описал, как мусульманские армии тюрок-гузов разрушили буддийские монастыри в центральной части Северной Индии во времена правления династии Гуридов в начале XIII века н.э. Однако в этом тексте ничего не сказано о самом исламе. И даже когда в середине XVII века н.э. из-за голода на родине кашмирские мусульмане переселились в Тибет и мирно проживали там, получив от Пятого Далай-ламы особые привилегии, между этими двумя религиями всё ещё не было доктринального диалога.