К нападению на Советский Союз было привлечено шесть бомбардировочных эскадр, вооруженных машинами Ju 88 (эскадры №№ 1, 3, 51, 54, 76, 77), а также отдельная 806 авиагруппа. "Юнкерсы" 3-й и 54-й эскадр принимали участие в первых налетах на Москву. Постепенно на самолеты данного типа перешли все бомбардировочные соединения на Восточном фронте, ранее оснащенные "Хейнкелями" и "Дорнье". После Курской битвы количество бомбардировочной авиации на советско-германском фронте быстро уменьшалось. Часть соединений была переброшена на Запад, где они постепенно переоснащались самолетами других типов. К августу 1944 г. на Восточном фронте остался только один отряд, оснащенный Ju 88. Это был специализировавшийся на ударах по железным дорогам 14 отряд 3 эскадры. После этого Ju 88 остались только в составе разведотрядов и частей ночных истребителей.

Отдельно следует упомянуть о применении штурмовиков Ju 88P. Создание этой модели было вызвано усилиями германского командования по ликвидации технического превосходства советских танков КВ и Т-34. Впервые штурмовик был применен весной 1943 г. против советских танковых корпусов на Украине. Самолет не получил широкого распространения, так как даже дооборудованный, не мог эффективно действовать на малых высотах, в зоне сильной ПВО. Поэтому в 1944 г. Ju 88P направлялись на вооружение ночных штурмовых эскадр. Активно использовались Ju 88 в борьбе с советским ВМФ. Эсминцы Балтийского флота "Карл Маркс" и "Сердитый" в 1941 г. стали жертвами "Юнкерсов" 806 группы, подчиненной Авиакомандованию Балтийского моря. В следующем году от их ударов погибли черноморские эсминцы "Свободный" и "Безупречный". Всего за 1941-43 гг. из числа советских кораблей класса линкор, крейсер, эсминец Ju 88 потопили пять, Ju 87 — десять, He 111 — два корабля.

“Юнкерсы-88” в течении всей войны оставались машинами, удовлетворяющими требованиям времени. Радиус действия позволял им в ряде случаев наносить удары по объектам стратегического тыла (бомбардировка в июне 1943 г. заводов Горького, Саратова и Ярославля). Однако общее изменение обстановки, переход Германии к оборонительной войне привел к исчезновению Ju 88 из состава ударной авиации Люфтваффе.

В 1945 г. ВВС Германии применили "Юнкерсы" в качестве самолета-снаряда в системе "Мистель". Система состояла из бомбардировщика, начиненного взрывчаткой, и истребителя, выполнявшего функции самолета управления. Такими самолетами-снарядами немцы пытались уничтожить переправы через Одер в марте 1945 г. Особых успехов достигнуто не было, так как точность попадания была невысокой, а сами "спарки" несли потери от огня зениток и атак истребителей.

На Крайнем Севере на начало Великой Отечественной войны имелось два подразделения Ju 88 в составе 5 Воздушного флота. На аэродроме Киркенес базировались 6 отряд 30 бомбардировочной эскадры и 1-й отряд 124-й группы дальней разведки. Последний всю войну находился на Севере, постоянно имея на вооружении "Юнкерсы-88" различных модификаций.

Один бомбардировочный отряд (6./30) на столь протяженный участок фронта не мог обеспечить решение всех задач, которые ставило перед ним командование. Поэтому вскоре в Заполярье были переброшены 4-й и 5-й отряды. Таким образом, вся II-я группа сосредоточилась на Крайнем Севере. Кроме того, по приказу Геринга из Франции 1 августа 1941 г. была переброшена I группа 30 эскадры в составе 21 машины. И, наконец, 28 декабря 1941 г. на аэродромы Северной Норвегии прибыла последняя, III группа, в составе 30 самолетов. "Юнкерсы" активно участвовали в боевых действиях. На их счету самая крупная потеря Северного флота — эсминец "Стремительный", потопленный 5 отрядом 20 июля в Екатерининской гавани. Конечно, и потери I и II групп были существенными. До октября 1941 г. II группа потеряла 26 машин, первая до конца года — 14 (в том числе небоевые потери).

С наступлением полярной зимы активность 30 эскадры резко сократилась. К тому же II группа была переброшена в центральную Россию и вновь появилась на Севере лишь в апреле 1942 г. I-я группа понесла большие потери и в феврале насчитывала всего семь машин. Поэтому единственным полнокровным подразделением в то время была III группа. Именно ее самолеты совершили первую успешную атаку на конвой PQ-13, потопив два крупных транспорта. До операции против 16-го конвоя, когда в налетах принимала участие вся 30 эскадра, эта группа вела борьбу на полярных трассах. На ее счету, кроме транспортов, британский крейсер "Тринидад". Массированным атакам подверглись три конвоя: PQ-16, PQ-17, PQ-18. Наиболее мощной была атака 27 мая, в которой участвовал 101 Ju 88. В результате, было потоплено 4 транспорта и несколько повреждено. Еще больших успехов добились пилоты "Юнкерсов" при разгроме 17-го конвоя, потопив семь судов. Но почти все суда были атакованы уже после роспуска конвоя. Немецкие потери были относительно невелики. При налетах на PQ-13 — один самолет, QP-10 — пять, PQ-16 — восемь и PQ-17 — две потерянных машины. Сосредоточив значительные силы бомбардировочной авиации, командование 5-го флота получило возможность наносить удары и по объектам глубокого тыла. Налеты августа — сентября 1942 г. на Архангельск производились с финского аэродрома Кеми "Юнкерсами" 30-й эскадры.

В сентябре 1942 г., когда ожидался очередной, восемнадцатый конвой, дополнительно прибыла еще одна группа Ju 88. На этот раз — III группа 26 торпедоносной эскадры в составе 35 торпедоносцев Ju 88. Несмотря на такое массированное применение авиации, значительные потери в судах, разгромить конвой не удалось. А ВМС и ВВС Германии понесли большие потери, в том числе 40 самолетов, из них не менее 8 "Юнкерсов"-торпедоносцев.

В начале ноября большая часть 30 эскадры была переброшена в Средиземноморье. На Севере осталась только первая группа. Ее самолеты еще пытались атаковать союзные конвои и порт Мурманск, но без особых успехов. В июле 1943 г. и эта часть была перебазирована на Запад. На Крайнем Севере остались только разведчики Ju 88.

В ноябре 1944 г. в Норвегию были переброшены две группы 26-й эскадры в составе 81 торпедоносца Ju 88. Эскадра предприняла несколько атак против союзных конвоев, потопив только один отставший транспорт. Атаки непосредственно на конвои срывались силами охранения. Численность бомбардировщиков Ju 88 в Северной Норвегии составляла: на 29 июня 1941 г.- 12 машин, в сентябре 1941 г.- 25, в феврале 1942 г.- 7, в начале мая — 60, на 1 июля 1942 г.- 103, на 1 декабря 1943 г. — один, на 1 марта 1944 г. — две. В составе 1./124 разведотряда на 29.06.41 г насчитывалось три Ju 88A-5, в феврале 1942 г. — пять, на 1 декабря 1943 г. — тринадцать Ju 88D-1, один Ju 88D-5, четыре Ju 88A-4.

Согласно данным советского командования, следует заметить, весьма не точным, авиацией, ПВО и кораблями Северного флота за всю войну было уничтожено 177 "Юнкерсов-88", в том числе 51 — в 1941 г., 97 — в 1942 г., 15 — в 1943 г. и четыре — в 1944 г. Авиацией и ПВО Карельского фронта было сбито около 150 "88-х", 54 из которых — за первый год войны. На сегодняшний день достоверными потерями следует считать пока лишь 155 самолетов.

Тактико-технические данные Ju 88A-4: