После подписания Женевских соглашений руководство оппозиции при помощи властей Исламабада взяло курс на всяческое воспрепятствование процессу возвращения афганских беженцев на Родину, привлекая для этого пограничников, отряды малишей и мятежников. Особенно часто случаи насильственных действий по отношению к беженцам имели место в районах пограничных пунктов Ланди-Котал, Тери-Мангал и Чаман. Кроме того, в лагерях беженцев в Пакистане с ведома и при участии властей Исламабада была развернута активная пропагандистская деятельность по пресечению возвращенческих настроений, вплоть до запугивания и публичных расправ. Поэтому, несмотря на усилия Афганистана по приему беженцев (развертывание сети палаточных городков, подготовка гостиниц, организация медицинского обслуживания и питания, выделение крупных финансовых средств в основном за счет безвозмездной помощи СССР), количество семей, возвращающихся из Пакистана, практически не увеличивалось. При этом необходимо отметить, что около 80 % беженцев возвратилось в Афганистан, минуя пограничные пункты.

Прямым нарушением Женевских договоренностей являлось также предоставление Пакистаном средств массовой информации для выступлений ведущих лидеров оппозиции. В Пешаваре, Исламабаде и Кветте неоднократно организовывались крупные пресс-конференции и митинги с участием зарубежных журналистов. При штаб-квартирах мятежников продолжали действовать издательства, выпускающие агитационно-пропагандистскую литературу, которая впоследствии перебрасывалась в Афганистан.

Не прекратилась засылка на территорию РА иностранных советников и специалистов для оказания помощи вооруженным отрядам мятежников. Например, отмечалось, что в провинциях Бамиан, Вардак, Урузган и Газни активно действовали арабские советники, в провинциях Кунар, Нангархар, Пактия и Пактика — пакистанские военные специалисты. Наиболее весомую материальную, финансовую и советническую помощь мятежникам на территории Пакистана в это время оказывали Саудовская Аравия и США.

Материальная и финансовая помощь США предоставлялась не только ИПА (Г. Хекматияр), но и другим партиям, входящим в «семерку». Подтверждением этому может служить тот факт, что во время нахождения делегации оппозиции во главе с Б. Раббани в Вашингтоне (6-10 ноября 1988 г.) Президент США Д. Буш заверил, что «Альянс-7» может полагаться на новую администрацию США даже больше, чем на Р. Рейгана.

Американские спецслужбы, обосновавшиеся в Пакистане, перешли к организации непосредственного руководства вооруженной оппозицией, для чего в Пешаваре было создано специальное представительство по связям с «движением афганского сопротивления» во главе с помощником посла США в Исламабаде Эдмондом Маквильямсом (бывший первый секретарь посольства США в Кабуле). По докладам представителей советской военной разведки, появление специальных групп, возглавляемых эмиссарами этого представительства, в сентябре-октябре 1988 г. было отмечено в провинциях Бадахшан, Парван, Каписа, Тахар, Кандагар и Гильменд.

В то же время со стороны Пакистана стали выдвигаться претензии к Советскому Союзу, который необоснованно обвинялся в наращивании группировки своих войск в Афганистане, переброске туда дополнительного числа боевых самолетов, а также поставках советских ракет, предназначенных якобы для нанесения ударов по пакистанской территории. Это, конечно, было домыслами пакистанских властей, ведь за все годы войны советская авиация специально никогда не бомбила объекты оппозиции, расположенные в Пакистане, хотя афганцы настойчиво подталкивали к этому командование ОКСВ. Но такие заявления были нужны Зия-уль-Хаку для оправдания нарушений Женевских соглашений Пакистаном.

В целом можно констатировать, что различное понимание и интерпретация Женевских соглашений обеими сторонами создавало много трудностей и недоразумений. Позиция США, как одного из гарантов выполнения этих договоренностей, оказывала прямое влияние на поведение администрации Пакистана по «афганскому вопросу».

Для оказания помощи в установлении контактов и достижения взаимопонимания в Афганистан прилетал известный бизнесмен Арманд Хаммер, который, несмотря на свой преклонный возраст, счел своим долгом внести свою лепту в афганское, урегулирование.

В этом плане показательным является высказывание эксперта по Азии Халида Дурана в статье «Расширение советского конфликта с Афганистаном и Пакистаном», который объяснял эти нарушения тем, что документы, подписанные в Женеве, составлены противоречиво и их можно двояко толковать. В частности, он писал: «Во время своего сентябрьского пребывания в Вашингтоне советский министр иностранных дел Шеварднадзе настаивал на совместной встрече стран, подписавших Женевские соглашения, чтобы обсудить нарушения договора Пакистаном и Соединенными Штатами. Однако в Белом доме никто не увидел никакого повода для подобной встречи. Американское правительство, со своей стороны, придерживалось мнения, что проблема возникла исключительно в результате того, что Москва представляла кабульскому режиму слишком большую военную помощь, вследствие чего Вашингтон был вынужден оказывать поддержку моджахедам, тем самым изменилось соотношение сил не в пользу Кабула.

Однако в начале октября 1988 г. американское правительство все-таки призвало моджахедов сдерживаться. Женевские соглашения слишком неопределенно сформулированы и всеми тремя существующими партнерами (Советским Союзом, Соединенными Штатами, Пакистаном), во-первых, фактически каждый раз понимались по-разному, а во-вторых, сознательно интерпретировались каждый по-своему. С точки зрения Вашингтона и Исламабада, Москва косвенным образом дала согласие на капитуляцию Кабула. Согласно советской точке зрения, «это никоим образом нигде не было определено».

Сразу же после подписания Женевских соглашений тогдашний государственный секретарь США Шульц выразил мнение американского правительства о том, что «в соглашении нет ничего, что ограничивает США в предоставлении военной помощи сопротивлению», и что они будут продолжать это делать, утверждая, что «мы готовы встретить сдержанность сдержанностью». Ободренный словами Шульца, министр иностранных дел Пакистана настаивал на том, что они не наложили никаких ограничений также и на пакистанское право оказывать помощь моджахедам. В то время как в статьях 3-12 раздела 11 двустороннего соглашения между правительствами Афганистана и Пакистана недвусмысленно заявлено, что обе стороны будут воздерживаться от любого вмешательства, как открытого, так и тайного, в дела другой страны.