В государственном руководстве РА значительно обострились отношения Наджибуллы и его ближайшего окружения с группой лиц (вице-президенты А. Х. Мохтат и М. Рафи и др.), которые считали себя не запятнанными сотрудничеством с режимом и поэтому могли претендовать на участие в будущем коалиционном правительстве.

Ослаблению позиций афганского руководства в стране и падению авторитета Наджибуллы способствовали резко возросшие внутриполитические противоречия и борьба за власть в высшем политическом и военном руководстве Афганистана. Фракционная борьба и разногласия в партии «Отечество» особенно обострились после возвращения в Кабул бывшего Генерального секретаря ЦК НДПА Б. Кармаля (самолетом авиакомпании «Ариана» 20 июня 1991 г.). Деятельность его сторонников создала непосредственную опасность раскола правящей партии. Кроме того, сложившаяся практика принятия важных решений единолично Наджибуллой зачастую приводила к ошибкам и искривлениям избранного курса, способствовала усилению противоречий в государственном и партийном руководстве.

В августе в поведении и деятельности президента Афганистана стала отмечаться нервозность, вызванная крупными неудачами в боевых действиях против вооруженных формирований оппозиции в летний период и усиливающейся активизацией мятежников в стратегически важных районах страны (зона Кабула, Джелалабад, Митерлам, Гардез, Газни, Кандагар, Калат, Файзабад).

Сложность ситуации в Афганистане усугублялась и тем, что в руководстве страны не только отсутствовало единство взглядов на пути реализации политики национального примирения, но и усиливались фракционизм и конфронтация. Наджибулле с большим трудом удавалось сдерживать нарастающую угрозу раскола в радах правящей партии «Отечество» (ПО) и осуществлять курс на нейтрализацию своих противников в различных звеньях государственно-административного аппарата и ВС РА.

Особое раздражение и беспокойство у Наджибуллы вызвала сдача мятежникам провинции Тахар и разгром пехотной дивизии правительственных войск. Даже после поражения в Хосте он вел себя более сдержанно. По указанию Наджибуллы, за допущенные в Тахаре просчеты были подвергнуты аресту 26 командиров частей и подразделений, действовавших в этой провинции, включая командира 55-й пд генерал-майора Абдул Рашида Татара. Виновниками сдачи Тахара были также объявлены руководители РОТА. Многие отряды этой организации в решающий момент отказались воевать или перешли на сторону Ахмад Шаха Масуда. Подвергся аресту один из членов руководства РОТА, редактор газеты «Азади» Гейрат. Угроза ареста нависла над лидером РОТА М. Кушани, который допускал критические высказывания в адрес президента РА.

Наиболее активную работу против президента РА вели сторонники Б. Кармаля. Влиятельные функционеры-кармалисты (Б. Кармаль — бывший Генсек НДПА, М. Барьялай — бывший заместитель премьер-министра РА, Н. Кавьяни — заместитель председателя ПО, Н. А. Нур — член Исполнительного комитета Центрального Совета ПО, генерал армии М. Н. Азими — первый заместитель МО, генерал армии М. А. Делавар — начальник ГШ ВС РА, генерал-полковник А. Фаттах — командующий ВВС и ПВО, генерал-полковник М. А. Луддин и другие лица) настойчиво стремились укрепить позиции своей группировки во всех институтах государственной власти в Афганистане. Для достижения поставленных целей кармалисты шли на союз с другими политическими фракциями внутри партии «Отечество» и леводемократическими организациями (РОТА, ОТА и др.).

Такая деятельность кармалистов вызывала определенную озабоченность у президента РА и заставляла его действовать. Имея информацию о намерениях сторонников Б. Кармаля организовать выступление с целью отстранения его от власти, Наджибулла готовился предпринять экстренные меры для возможной нейтрализации кармалистов. Чтобы группировка Б. Кармаля в союзе с другими силами не предприняла попытку открытого вооруженного выступления, как это имело место в марте 1990 г. со стороны халькистов во главе с Шах Наваз Танаем, президентом РА в качестве превентивных мероприятий последовательно осуществлялся курс на лишение кармалистов потенциальной опоры среди военных. В частности, вслед за отправкой в СССР генерал-полковника Н. Олюми президент РА распорядился срочно направить в Советский Союз на отдых и лечение генерал-полковника А. Луддина (лидера кармалистов в Джелалабаде), хотя последний являлся цементирующим звеном в обороне провинциального центра.

Были отстранены от своих должностей командующий войсками МВД в провинции Кандагар генерал-майор Халим и начальник штаба Кабульского гарнизона Хамили (оба сторонники Б. Кармаля), а также подготовлен список на увольнение в запас еще 20 генералов и старших офицеров (кармалистов).

Одновременно Наджибулла подыскивал основания для снятия с должности первого заместителя министра обороны РА, начальника Кабульского гарнизона генерала армии Н. Азими и проведения чисток среди сторонников Б. Кармаля в Джелалабаде, Файзабаде, Кандагаре и других провинциальных центрах, где они имели влияние. Силы безопасности взяли под контроль многих функционеров кармалистов, халькистов и леводемократических партий. Были составлены списки генералов и офицеров, которые в любое время могли быть уволены из ВС РА за фракционную деятельность (причем информация по данному вопросу специально распространялась сторонниками президента РА). Наджибулла считал тактику запугивания своих противников весьма эффективным средством.

Эти процессы, проходящие в Вооруженных силах и в партии «Отечество», в перспективе крайне негативно сказались на устойчивости режима Наджибуллы. Наряду с этим для усиления борьбы с оппозицией в Кабульской зоне проводилось усиление сил безопасности МГБ и МВД. На основных перекрестках в вечернее и ночное время дежурили группы военнослужащих национальной гвардии и курсанты военно-учебных заведений (до взвода). Досмотру подвергались все автомобили, в жилых кварталах проводились обыски, всех подозрительных лиц подвергали аресту.

Пока Наджибулла занимался выяснением отношений и старался обезопасить себя от непредвиденных «сюрпризов» со стороны своего окружения, тем временем оппозиция укреплялась и завоевывала на свою сторону новых союзников.

К концу 1991 г. в Афганистане военно-политическая обстановка стала стремительно ухудшаться для кабульского правительства.

Афганская оппозиция, не отказываясь от плана свержения режима Наджибуллы вооруженным путем, продолжала наращивание группировки моджахедов и осуществляла интенсивные переброски оружия и боеприпасов (ОБПР). Районами наибольшей активности мятежников по-прежнему оставались Джелалабад, Митерлам, Газни, Гардез, Калат, Кандагар, Герат и Кабульская зона.