В некоторых районах имели место боестолкновения между сторонниками различной партийной ориентации. Наряду с провинцией Пактия, в Пактике и Газни также обострились разногласия между группировками «Исламской партии Афганистана» (ИПА), «Национального исламского фронта Афганистана» (НИФА) и «Революционного совета исламского согласия» (РСИС), поскольку лидер ИПА Г. Хекматияр выступил за резкое ограничение участия в местных органах представителей нацменьшинств и умеренных группировок, которые, по его мнению, в сговоре захватили власть в Кабуле.

Создание управленческих структур зачастую затруднялось из-за отсутствия необходимого опыта, постоянно возникающих противоречий между представителями различных группировок по вопросам распределения наиболее «выгодных должностей», а также низкого уровня организованности участников процесса.

На первом заседании «Руководящего совета», состоявшемся 6 мая под председательством Б. Раббани, было принято решение о роспуске прежнего кабинета министров, возглавляемого Ф. Халекьяром, Министерства госбезопасности, партии «Отечество» и двух палат Национального совета, а также отменены все законы, которые противоречили нормам ислама. В работе нового органа приняли участие С. Моджаддади (НФСА), аятолла Мохсени (ПИЕА), Н. Мохаммади (ДИРА), инженер Ахмад Шах (ИСОА), Абдул Каюм.

Решением «Руководящего совета» была создана комиссия по разработке проекта временной конституции страны, которая должна была полностью отвечать положениям шариата. В провинциальных и уездных центрах стали закладываться новые мечети, часть общеобразовательных школ перепрофилировалась в религиозные учебные заведения (медресе).

Признание созданных в Кабуле центральных органов поступило из большинства провинций, за исключением отдельных районов компактного проживания пуштунов на востоке и юго-востоке Афганистана.

Г. Хекматияр отказывается признавать полномочия С. Моджаддади и Б. Раббани на занимаемых постах. Главные усилия на данном этапе Г. Хекматияр и его сторонники сосредоточили на консолидации своих сил и поиске союзников из числа пуштунских группировок и организаций, опасающихся возможной утраты традиционного своего привилегированного положения.

В середине мая в Кабул с визитом прибыл министр иностранных дел России А. В. Козырев. Состоялись его встречи с С. Моджаддади, Б. Раббани и С. А. Гилани. Афганская сторона в общем положительно расценила заявление А. Козырева о готовности России рассмотреть вопросы оказания всесторонней помощи Афганистану. Однако руководители Афганистана уклонились от обсуждения предложения нашего министра относительно сотрудничества в военной области.

В последующем вооруженная борьба между формированиями пришедших к власти моджахедов и теми, кто оказался не у дел, продолжалась, унося все новые и новые жизни. Мусульмане стали воевать против мусульман. Священная война «джихад» потеряла свой смысл, но лидеры исламских партий нашли другое оправдание своим действиям.

Итак, тоталитарный режим в Афганистане пал. Партийные функционеры, сменяя друг друга: Тараки — Амин — Кармаль — Наджибулла, всегда пытались говорить от имени народа и на словах стремились показать, что радеют за его интересы, однако фактически они были далеки от народа и безразлично относились к его чаяниям и нуждам. Лидеры НДПА были оторваны и от рядовых партийцев, беззастенчиво эксплуатируя их патриотизм и самопожертвование. Они подходили к людям как к абстрактному человеческому фактору и проводили свои идеи в жизнь путем насилия, а государство, созданное ими, держалось на военной силе, репрессиях и страхе. Сами же они были независимы от народа, им не избирались, не были ему подотчетны и неуязвимы для критики. А зависимы они были только от своих партийных фракций, племенных кланов и групп, а также от советских благодетелей. Они не смогли обеспечить национальное согласие в Афганистане, а в условиях гражданской войны добиться улучшения жизни народа еще никому не удавалось. Лишившись поддержки Советского Союза, режим развалился в считанные месяцы. В конечном итоге оппозиционные Наджибулле силы внутри правящего режима окончательно разрушили его.

В принципе, не военные победы моджахедов сыграли решающую роль в свержении Наджибуллы и его приспешников (чисто военных сил у них было предостаточно), а внутрипартийная борьба за власть постепенно подточила режим и привела к его падению. Сработал старый афганский принцип: власть в Афганистане не берут — ее подбирают, когда она пала.

К власти пришли представители «умеренной» оппозиции, традиционалисты и представители нацменьшинств. Сразу было ясно, что не надолго, так как основные военные силы находились в распоряжении исламских фундаменталистов, которые, естественно, не смирились со вторыми ролями в государстве и повели борьбу за власть.

Высшие партийные функционеры (НДПА — ПО) легко переметнулись в различные бывшие оппозиционные партии, в основном по национальному и клановому принципам. При этом многие из них оказались среди пуштунов, сторонников Г. Хекматияра. Некоторые примкнули к Б. Раббани, С. Моджаддади или С. Гилани. Такой безболезненный переход представителей высших эшелонов прежней власти в лагерь оппозиции наводит на мысль о существовании некоего заговора между руководством бывшей НДПА и лидерами «Альянса-7». Ведь именно они, получая помощь: одни — от Советского Союза, другие — от Запада и мусульманских стран, приобрели наибольшие выгоды от войны и лично обогатились на страданиях своего народа. А вся эта «непримиримость» и «враждебность» между ними был показной спектакль? Очевидно, не случайно среди лиц из высших эшелонов власти в Кабуле и лидеров оппозиции никто не погиб в этой «борьбе». Правда, некоторые из них укрылись на территории России и других стран бывшего Советского Союза.