Кроме вооруженных отрядов, находящихся под контролем оппозиционных партий, в Афганистане действовали вооруженные банды феодалов и торговцев наркотиками. Такие отряды существовали испокон веков. С их помощью феодалы решали все спорные вопросы (в том числе занимались грабежом), а торговцы наркотиками переправляли в Пакистан и Иран закупленный у афганских крестьян опиум-сырец.

Основными формами подрывной деятельности мятежного движения являлись вооруженная борьба, диверсионно-террористические акции, саботаж и различные мероприятия идеологического характера. Особое значение придавалось пропагандистским мероприятиям, в том числе с использованием трибун ООН, ОИК и других организаций, для привлечения внимания мировой общественности к афганскому вопросу.

Итак, лидеры афганской оппозиции изначально ставили своей целью свержение силой режима НДПА и создание в стране теократического государства. При этом вооруженной борьбе все годы придавалось приоритетное значение. В течение 1980 г. мятежное движение развернулось на 90 % территории Афганистана. Главную роль в этом сыграл патриотический фактор, объединивший все население ДРА на борьбу с иностранными оккупантами, против «безбожных» Советов. Желающих вступить в борьбу с захватчиками оказалось столько, что их сначала невозможно было вооружить. Подобного подъема в мятежном движении в последующем больше никогда не наблюдалось. В первое время (начало 1980 г.) оппозиция пыталась противостоять советским войскам достаточно крупными силами, но уже через несколько месяцев из-за больших потерь в людях перешла главным образом к действиям мелкими группами, то есть стала применять партизанскую тактику действий.

Вместе с тем в приграничных с Пакистаном провинциях Кунар, Нангархар, Пактия, Пактика, округе Хост и в районе Кандагара отмечалось сосредоточение и использование оппозицией крупных группировок (до 4–6 тыс. в течение всех девяти лет войны). Здесь мятежники, как правило, могли не опасаться окружения и полного разгрома, так как в случае появления такой угрозы могли легко уйти в Пакистан. В центральных, северных и западных районах моджахеды постоянно действовали мелкими группами, укрываясь при необходимости среди мирного населения или в труднодоступном для тяжелой техники высокогорье. Сама вооруженная борьба условно делилась на три стадии.

Первая — организационная, с незначительной активностью боевых действий, удержанием отдельных пунктов и районов, проведением широких агитационно-пропагандистских мероприятий среди населения и привлечением его на свою сторону.

Вторая — наращивание активности боевых действий за счет диверсионно-террористических актов, совершения налетов на гарнизонные посты правительственных войск, нападений на колонны, основная цель — захват оружия, боеприпасов и различных материально-технических средств. Третья — полное и повсеместное уничтожение противника.

Главными принципами ведения боевых действий являлись: избегать прямых столкновений с превосходящими силами регулярных войск; не превращать боевые действия в позиционную войну, отказываться от удержания занимаемых районов в течение длительного времени; нападать внезапно, широко использовать приемы басмаческого движения, а также террор и идеологическую обработку личного состава афганской армии и населения.

Общее руководство мятежным движением на территории Афганистана и в других странах осуществляли штаб-квартиры оппозиционных организаций, находившиеся в Пакистане и Иране. В их состав, как правило, входили несколько комитетов (отделов): военный, разведки и контрразведки, информации, пропаганды, административно-хозяйственный, судебный, финансовый, медицинский и др. Для более гибкого и оперативного управления действиями мятежников в приграничных районах Афганистана, в городах Пакистана (Кветта, Парачинар, Тери-Мангал, Мирамшах и др.) и Ирана (Мешхед, Заболь и др.) большинством оппозиционных партий были созданы свои представительства, которые являлись филиалами их основных штаб-квартир. К числу главных задач, решаемых штаб-квартирами и их представительствами, относились: контроль за действиями вооруженных формирований на территории Афганистана и обстановкой в зоне их ответственности; планирование и проведение вооруженных акций; подготовка и переброска караванов с оружием, боеприпасами и средствами материально-технического обеспечения (МТО) на территории ДРА; финансирование вооруженных групп; создание баз, строительство укреплений, складов различного назначения; организация взаимодействия между формированиями различной партийной принадлежности и т. д.

Непосредственное руководство деятельностью оппозиционных сил на территории Афганистана осуществляли исламские комитеты, созданные в провинциях, уездах, волостях, районах, находившихся под контролем мятежников, а также штабы крупных формирований, объединяющие несколько отрядов и именуемые «фронтами». В функции исламских комитетов и штабов «фронтов» как органов управления на местах входило руководство вооруженными отрядами и координация их действий, осуществление военного и административного контроля в зонах ответственности, проведение вооруженных акций, а также организация антиправительственной пропаганды, пополнение мятежных групп за счет местного населения с последующей отправкой их в центры подготовки, сбор налогов и т. д.

В целях организации более стройной системы управления боевыми действиями вооруженных отрядов, входящих в состав «фронтов», а также централизации материально-технического обеспечения в 1985 г. руководство афганской оппозиции приняло решение об активизации деятельности по созданию на их базе военизированных формирований типа полков. По мнению лидеров оппозиции, формирование таких полков упорядочивало управление действиями мятежников и усиливало их боевую мощь.

В период ведения боевых действий военные комитеты штаб-квартир осуществляли руководство формированиями с передовых командных пунктов, создаваемых в приграничных с Афганистаном районах Пакистана, как правило, в районах расположения полков. Они же организовывали переброску боевых групп, оружия и боеприпасов, осуществляли взаимодействие.

Руководство исламскими комитетами и полками штаб-квартиры оппозиции осуществляли через своих уполномоченных, которые на месте решали проблемы, возникавшие у мятежников, и конкретизировали их задачи по ведению боевых действий.

В целях повышения гибкости управления, оперативности и обмена информацией, быстрого доведения до исполнителей указаний использовались технические средства связи. В высшем звене (связь штаб-квартир с исламскими комитетами и командованием «фронтов» и полков) — радиосвязь в коротковолновом (KB), в низшем звене (связь исламских комитетов с «фронтами» и полками, а также командования «фронтов» и полков с подчиненными подразделениями) — в ультракоротковолновом (УКВ) диапазонах.