Власть Византии, как и в других областях Среднего Востока, была подорвана серией катастроф, начавшихся с середины VI века. В 541 году Египет стал первой из стран в бассейне Средиземноморья, пострадавших от чумы, вызвавшей громадные опустошения повсюду. За первой вспышкой эпидемии последовали новые, и предполагают, что население в результате сократилось до трех миллионов человек. Великие персидские войны, начавшиеся в 602 году, тоже сказались на Египте. Сначала военная кампания ограничивалась севером Сирии и Анатолией, но после падения Иерусалима в мае 614 года Египет попал во фронтовую полосу. Страну заполонили беженцы, спасающиеся от персов. В 617 году персидская армия вторглась в Египет по прибрежной дороге из Палестины. Персы захватили Пелизиум, разграбили монастыри и направились на юг в верховья дельты Нила. Неизвестно, оказал ли сопротивление Вавилон Египетский с древним римским фортом, охранявшим этот важный стратегический пункт. Миновав его, персидское войско направилось на северо-запад вдоль западного края дельты к Александрии. Здесь персы впервые за всю кампанию столкнулись с серьезным сопротивлением. Городская стена явно была в хорошем состоянии. Современный сирийский источник сообщает, что город «был выстроен Александром согласно советам его учителя Аристотеля, опоясан стеной, окруженной водами Нила, и снабжен крепкими воротами». Эти стены активно оборонялись, и персидская армия встала в осаду. При этом она, пользуясь случаем, захватила и разграбила окружавшие город монастыри. Возможно, горожане пали духом, оказавшись отрезанными от подвоза продовольствия и без надежды на помощь из Константинополя, но известны также и предания об измене и предательстве одного из жителей города. В конце концов персидское войско, видимо, вошло в город через гавань и водоводы, оборонявшиеся слабее, чем стены. В 619 году персы овладели Александрией. Затем персидское войско ушло на юг, грабя селения и захватывая многочисленные монастыри, пока не покорило всю страну в долине Нила до самого Асуана.

Поначалу персы, захватывая Египет, как и Палестину, кажется, не щадили ни людей, ни имущества, ни, тем более, церквей и их сокровищ, однако, установив свою власть, они стали править более легкой рукой: отсутствуют свидетельства, что они принуждали кого-либо принять зороастрийскую религию или хотя бы призывали к обращению в новую веру Персы, несомненно, оставались в стране чуждым и отдельным меньшинством без глубоких корней.

Нам мало известно об одиннадцати годах персидского правления, окончившегося вполне мирно. В июле 629 года император Ираклий, к тому времени вступивший в Персию и захвативший Ктесифон, встретился с персидским военачальником Сарваразом (Шахбаразом) в Арабиссосе на юго-востоке Турции и заключил соглашение о выводе всех оставшихся в Египте войск.

Восстановление административной власти Восточной Римской империи само по себе не нарушило мира и гармонии. В этот период, как и во многих других случаях, ожесточение вызывалось враждой между различными христианскими сектами: в данном случае — между преобладающей монофизитской коптской церковью и малочисленными халкедонцами, пользовавшимися поддержкой константинопольских властей. В Египте вражда еще подогревалась жестким личным соперничеством. Коптский патриарх Вениамин происходил из семьи богатых землевладельцев. На Рождество 621 года, во время персидского владычества, он вступил в монастырь под Александрией, где скоро выделился своей ученостью и благочестием. По словам преклоняющегося перед ним биографа, он был «красив и красноречив, и речи его были сдержанны и полны достоинства». Он скоро переселился в город как главный помощник коптского патриарха Андроника, и тот перед кончиной в 623 году назначил Вениамина, которому тогда было около 35 лет, своим преемником. При сравнительно мягком отношении персидского правительства новый патриарх принялся за реформацию церкви, отправившись в инспекционную поездку в Вавилон и Хулван, где народ радушно принимал его.

Восстановление власти Византии положило конец эпохе веротерпимости. Ираклий в Египте, как и в Сирии, решительно стремился объединить церковь под властью империи. Для этой цели он назначил некоего Кира, по непонятным причинам называемого в арабских источниках Аль-Мукавкисом. Тот, как многие сторонники Ираклия, был уроженцем Кавказа и до тех пор епископствовал в Фасисе. У него, в отличие от Вениамина, не было египетских корней, и страны он не знал, теперь он оказался на посту патриарха Александрии и одновременно гражданского правителя Египта, практически наместника.

С прибытием Кира осенью 631 года Вениамин бежал из города, получив, как рассказывали, предупреждение от явившегося во сне ангела. Перед бегством он призвал священство и мир крепко держаться своей веры и написал ко всем епископам, советуя им бежать в горы и пустыни, чтобы скрыться от грядущего гнева. Затем он ночью выбрался из города и направился сначала к поселению Map Мина, а оттуда, следуя вдоль западного края дельты Нила, добрался до маленького монастыря близ Куса в Верхнем Египте, прославленного в будущих веках как его убежище.

Кир прибыл во всеоружии имперской власти и взялся за задачу по объединению халкедонян-диофизитов и коптов-монофизитов в изобретенной императором монофелитской теологической формуле, которая стремилась отыскать общую почву для обоих течений. Насколько мы можем судить, Кир был человеком решительным, но довольно жестким, и приказывать для него было естественнее, чем убеждать. Он созвал собор в Александрии, но собрание не достигло успеха. Сторонники Халкедонского собора считали, что должны слишком многим поступиться, и оказывали очень вялую и неохотную поддержку. Копты же напрочь отвергали новое учение. Для них эта формула была вовсе не компромиссом, а новой попыткой провести ненавистную доктрину Халкедонского собора. Сгладить противоречия не удалось, и пропасть между грекоязычным военным и правящим классом Александрии и большинством коптского населения осталась столь же глубокой и непреодолимой, как прежде.

По всей стране расставили ромейские гарнизоны, и Кир начал силой устанавливать власть империи. Коптские источники — жития святых и патриархов — рисуют живую картину беспощадных и систематических преследований, а Кира ставят чуть ли не на одну доску с языческими императорами, подвергавшими гонениям христиан в III веке. Коптская церковь не выиграла от замены власти персов на христианскую. Как говорит Батлер: «Наказание бичами сменилось на наказание скорпионами». Множились рассказы о жестокости Кира и византийских властей и о героическом сопротивлении коптов. Родной брат Вениамина Мина стал мучеником, и верующие с трепетом описывали страдания, принятые им за веру. Сначала его пытали огнем, «пока жир не стал капать с его боков на землю». Затем ему вырвали зубы. Затем его засунули в мешок, полный песка. Всякий раз ему предлагали сохранить жизнь, если он примет решение Халкедонского собора, и всякий раз он отказывался. Наконец его вывезли на семь полетов стрелы в море и утопили. Биограф Вениамина не сомневается в том, за кем осталась победа: «Не они торжествовали над Миной, но Мина своим христианским долготерпением победил их».

Рассказывают, что гонения продолжались десять лет. Действительно ли они были так жестоки и беспощадны, как рисуют их жития мучеников, мы не знаем, но описания передают атмосферу страха и глубоко укоренившейся враждебности к имперским властям. Вероятно, многие копты считали, что любая перемена будет к лучшему.

На этом-то фоне, при совсем недавно восстановленной администрации Веточной Римской империи и резком расколе между нею и коптами, началось мусульманское завоевание Египта. Пока Кир без особого успеха пытался подчинить Египет своей воле, мусульмане занимали Сирию. К 636 году, когда Г&за и большая часть палестинского побережья оказались в их руках, власти Александрии должны были забеспокоиться. Реакция на новую угрозу оказалась смешанной. Кир готов был платить мусульманам дань в обмен на пакт о ненападении, и даже предлагал закрепить союз женитьбой дочери императора Евдокии и Амра ибн аль-Аса, командовавшего мусульманскими силами на юге