Леонардо бедствует, болеет. Некоторые ученики предают его, бегут к Рафаэлю. Сам художник с восхищением рассматривает фрески Микеланджело, чувствуя, с одной стороны, что тот превзошел его, а с другой, что в замыслах он, Леонардо, был сильнее.

Чтобы избежать насмешек, инспирируемых самим папой, Леонардо поступает на службу к французскому императору Франциску I. Здесь он имеет успех. Король дарит ему замок во Франции. Леонардо много работает (впрочем, его смелые проекты, как правило, так и не приводятся в исполнение), начинает писать Иоанна Предтечу, похожего на Андрогина и Вакха. Франциск, посетив мастерскую Леонардо, очень дорого покупает у художника «Предтечу» и портрет Джоконды. Леонардо просит оставить «Мону Лизу» у него, пока он не умрет. Король соглашается.

На празднествах по случаю рождения у короля сына во Францию съезжается много гостей — в том числе и из России. В посольстве есть несколько иконописцев. Многие «развращены» западным искусством, идеей перспективы, разными ересями. Русские обсуждают «слишком человеческую» западную живопись, противопоставляя ей строгую византийскую иконопись, спорят, писать ли иконы по «Подлиннику» или — как портреты. Евтихий, один из мастеров, пририсовывает к иконе «Всяко дыхание да славит Господа» языческие аллегорические изображения. Леонардо рассматривает иконы, «Подлинник». Не признавая эти картины за настоящую живопись, он чувствует, что по вере они гораздо сильнее западных икон-портретов.

Так и не построив своей летательной машины, Леонардо умирает. Евтихий, потрясенный «Предтечей» Леонардо, пишет своего, совершенно другого Иоанна — с крыльями, похожими на летательную машину Леонардо. Иконописец читает «Повесть о вавилонском царстве», предвещающую Русской земле царство земное, и «Повесть о Белом Клобуке» — о будущем небесном величии России. Евтихий размышляет над идеей Третьего Рима.

В Петербурге в 1715 г. царевич Алексей слушает проповедь старика Лариона Докукина, предвещающего явление Антихриста и проклинающего Петра. Алексей обещает ему, что при нем все будет иначе. Сам он в этот день должен присутствовать на празднествах в Летнем саду — по случаю установки там статуи Венеры. Бродя по парку, он сталкивается сначала с отцом, затем — слушает чиновника Аврамова, утверждающего, что вера христианская забыта и что сейчас поклоняются богам языческим. Царь Петр сам распаковывает статую. Это — та самая Венера, которой когда-то молился будущий император Юлиан и на которую смотрел ученик Леонардо. Все присутствующие обязаны поклониться Венере. Начинается роскошный фейерверк. На бочках приплывают петровские собутыльники — члены Всешутейского Собора, выряженные Бахусами. Произносятся церемониальные речи. В общий разговор вступает Аврамов, заявляющий, что языческие боги — не просто аллегории, но живые существа, а именно — бесы. Беседа заходит о ложных чудесах; Петр приказывает, чтоб принесли якобы чудотворную икону, секрет которой он раскрыл; царь показывает всем механизм, позволяющий иконе «плакать». Проводится эксперимент. Гремит гром, начинается гроза. Люди в панике разбегаются; Алексей с ужасом наблюдает, как брошенная икона валяется на земле, никому не нужная. Кто-то наступает на нее, она раскалывается.

В это же время на другом берегу Невы у костра сидит компания, состоящая из кликуш, беглых матросов, раскольников и прочих маргиналов. Разговор идет о Петре, которого считают Антихристом; толкуется Апокалипсис. Все надежды возлагаются на кроткого наследника — царевича Алексея.

Беседующие расходятся по домам. Старец Корнилий зовет своего ученика Тихона Запольского (тот — сын казненного Петром стрельца, прошедший весь обычный путь русского дворянина при царе-плотнике: насильное обучение, Навигацкая школа, заграница) бежать из Петербурга. Тихон вспоминает разговоры со своим немецким учителем Глюком, его беседы с генералом Брюсом о комментариях Ньютона к Апокалипсису. Глюк зовет Тихона в Стокгольм — дальше идти по пути Петра. Тихон выбирает Восток и уходит со старцем искать град Китеж.

Алексей посещает полубезумную царицу Марфу Матвеевну, вдову Федора Алексеевича. Здесь ему передают письма от насильно постриженной в монахини матери. Царевича уговаривают не сдаваться, ждать смерти отца.

Книга третья написана в форме дневника дамы Арнгейм — фрейлины жены царевича Шарлотты. Она — просвещенная немка, знакомая с Лейбницем. В своем дневнике она пытается понять, как может сочетаться в русском царе дикое варварство с стремлением к европеизации. Арнгейм рассказывает о странном нраве Петра, о том, как строился Петербург; пишет об отношениях царевича с нелюбимой женой. В дневник включено описание смерти и похорон Марфы Матвеевны — последней русской царицы. Новая Россия хоронит старую, Петербург — Москву.

Приводится и дневник самого Алексея, в котором он сокрушается о подмене православия лютеранством, комментирует петровские указы, пишет о положении церкви при Петре-Антихристе.

Несмотря на предупреждение о начинающемся наводнении, Петр устраивает в доме Апраксина ассамблею. В самый разгар бесед с архимандритом Феодосием, призывающем закрыть монастыри и уничтожить иконопочитание с разными ересиархами и прочими ненавистниками православия, в дом врывается вода. Петр участвует в спасении людей. Проведя много времени в холодной воде, парь сильно простужается. Ходят слухи, что он при смерти. К царевичу, наследнику, то и дело являются разные чиновники с уверениями в своей лояльности. О. Яков Игнатьев настаивает, чтобы Алексей не отступался.

Царь выздоравливает; ему известно все о поведении сына во время болезни. На исповеди духовник Алексея о. Яков отпускает царевичу грех желания смерти отцу, но сам Алексей чувствует, что церковь зависит от политики; его совесть нечиста. Петр гневается на сына, грозит лишением наследства. Алексей просит отправить его в монастырь, но Петр понимает, что это не решит проблему: он предлагает сыну либо «исправиться», либо грозит «отсечь, как уд гангренный».

Петр за границей; Алексей тем временем едет в Москву, бродит по заброшенному Кремлю, вспоминает свое детство, историю взаимоотношений с отцом, свои чувства к нему — от любви до ненависти и ужаса. Во сне он видит себя идущего вместе с Христом, и целое полчище Антихриста с отцом во главе. Алексей понимает, что видит Поклонение мира Зверю, Блуднице и Хаму Грядущему.

Петр вызывает сына к себе в Копенгаген; тот едет, но по дороге решает бежать и сворачивает в Италию, где вместе со своей любовницей Евфросиньей живет под покровительством австрийского цесаря, скрываясь от отца. В Неаполе Алексей пишет сенаторам в Петербург подметные письма против Петра. В своей любовнице Алексей вдруг признает древнюю Венеру — Белую Дьяволицу. Напуганный, он тем не менее решается поклониться ей.

Петр посылает в Италию «российского Макиавеля» Петра Толстого и графа Румянцева. Те угрозами и обещаниями добиваются того, что Алексей вернется домой. В письме отца ему гарантировано полное прощение.