Турецкий фактор стал сказываться на московских делах — прежде всего торговых — чуть позже после захвата Кафы османами в 1475 году. Первый контакт москвичей с подданными султана состоялся десятилетие спустя и то благодаря стечению обстоятельств — русское посольство возвращалось из Венгрии через Аккерман (ныне украинский Белгород-Днестровский), который незадолго до этого турки отбили у волошского господаря Стефана Великого. После этого, а именно в 1486 году, московский посол Юрий Траханиот в переговорах с Венецией, Миланом, Римом затрагивал тему турецкой угрозы.

Тем не менее османский вопрос до середины XVII века останется для Москвы второстепенным: границы владений султана и великого князя московского разделяло огромное расстояние, внешнеполитические интересы двух государств почти не пересекались и не вступали в жесткое противоречие друг с другом.

Великая княжна Софья и «мнози Греци, иже приидоша, служаще царевне», не развернули русскую внешнюю политику в нужном Венеции направлении, да и вряд ли прилагали к этому особые усилия. Зато у Деспины и ее окружения появилось достаточно времени и возможностей активно включиться во внутриполитическую жизнь Московского государства. У великого князя к тому времени имелся наследник — Иван, прозванный Иваном Молодым, родившийся от Марии Борисовны Тверской в 1458 году. Начиная с 1470 года Иван Молодой считался соправителем государя и титуловался великим князем. Иван III, как в свое время его отец Василий Темный, посчитал, что будущего правителя надо сызмальства приучать к навыкам управления страной.

Неудивительно, что отношения пасынка с мачехой оставляли желать лучшего, и на этой почве у взрослеющего наследника возникали недоразумения с отцом. Контарини, побывавший в Москве в конце 1476 года, отмечал, что Иван Молодой находится «в немилости у отца, так как нехорошо ведет себя с Деспиной». Очевидно, в первые годы супружества Иван Васильевич благоволил Софье Палеолог; его раздражало непочтительное отношение к ней старшего сына. Тем не менее до поры до времени статусу будущего правителя государства ничего не угрожало. Ситуация изменилась в 1479 году, когда у Софьи родился мальчик, потомок византийских императоров.

В Шумиловском списке Никоновской летописи содержится рассказ «О чюдесном зачатии и рождении великого князя Василия Ивановича», в котором говорится о том, что Софья родила «три дочери изрядны, сына же тогда не успе роди не единаго». Летописец сообщает, что супруги «о сем скорбь имяху и Бога моляху, дабы даровал имъ сынове родити в наследие царству своему, еже и получиша». Странно, что Иван Васильевич переживает об отсутствии наследника, который у него в то время уже имелся — очевидно, это вставка более позднего периода, а вот чувства Софьи волне понятны.

Как справедливо замечает С. М. Каштанов, «второй брак Ивана III с самого начала таил в себе смертельную опасность для Ивана Молодого, так как рано или поздно должна была возникнуть борьба за право престолонаследия между ним и сыном Софьи. Палеологи не могли не хотеть избавиться от Ивана Молодого при жизни Ивана III, когда сын Марии Борисовны не имел еще основания занять престол». Но сын этот появился только в 1479 году. В это самое время, по выражению Л. В. Черепнина, оппозиционные элементы «завязали какие-то отношения с Софьей Палеолог». Нам предстоит найти ответ на вопросы: что за оппозиционные элементы в верхушке страны противостояли режиму Ивана III и какие отношения их связывали с Софьей Палеолог.

В описываемую эпоху в политической элите Московского государства происходили серьезные подвижки. С половины XV столетия состав московского боярства глубоко изменяется: из 200 родовитых фамилий конца XVI века более 150-ти вошли в состав московского боярства именно с середины XV века. В течение двух-трех десятилетий московская элита обновилась более чем на три четверти. «Служилое князье если не задавило, то закрыло старый слой московского нетитулованного дворянства», — резюмирует В. О. Ключевский.

Служилое княжение рассматривалось в Москве как наследственная вотчина (перешедшая от предков слуги или пожалованная ему великим князем) и обуславливалось несением военной службы князем. По неписаному праву служилые князья обязаны были участвовать только в тех войнах великого князя, которые так или иначе затрагивали их интересы как владельцев определенных территорий.

Служилые князья приходили на службу к московскому государю обычно из Литвы. Помимо дискриминации православной веры к исходу их подталкивали последствия ударных темпов формирования литовской державы. Небольшая «метрополия» напоминала остров, окруженный океаном земель бывшей Киевской Руси. Коренная Литва, составлявшая 1/10 часть от попавших под ее власть территорий русских княжеств, так и не стала ядром крепкого централизованного государства.