После собора 1490 года новгородский архиепископ, постепенно отходя от борьбы с еретиками, все большее внимание уделял трудам на ниве просвещения: сначала засел за составление новой Пасхалии, а затем и вовсе принялся за грандиозный труд — подготовку и издание Библейского свода — первого на Руси и во всем славянском мире полного собрания библейских книг в славянском переводе. Впрочем, исследователи отмечают, что создание славянской Библии как раз вызвано полемикой с жидовствующими и является реакцией на караимскую проповедь со стороны Церкви. Еще Татищев сообщал о том, что Схария «имеяше язык свой, яко уду, вельми сладкоречив, и глаголы его вся Библиею преисполнены…».

Помощниками Геннадия в деле составления славянской Библии стали весьма примечательные личности. Начав работу над Библией, Геннадий пригласил на службу католика, доминиканского монаха из Хорватии — Вениамина. «Презвитер паче же мних обители святого Доминика, именем Веньямин, родом словенин, а верою латынянин», был, по его собственным словам, знатоком латинского языка и «фряжска». Вениамину принадлежала ведущая роль в составлении новгородского библейского свода. Примечательно, что доминиканец целиком ориентировался на латинские рукописи, часть из которых он привез с собой.

Между тем в описываемую эпоху, как свидетельствует церковный историк митр. Макарий, на латинян у нас смотрели как на отступников от истинной веры, раскольников и еретиков. «Эта отчужденность от латинян, эта неприязнь к ним, переданная нам греками и воспитанная историческими обстоятельствами, простиралась до того, что самое имя католика было ненавистно русским, и если кто из них желал другому зла, то говорил: "Чтоб тебе сделаться латинянином!", а в летописях наших и других сочинениях встречаются даже выражения "поганая латына", "безбожная латына", "проклятая латына" и подобные».

Сегодня мы можем воздать должное смелости и широте воззрений Геннадия, но удивительно, что к его уникальной для тех времен толерантности так снисходительно отнеслись в Москве конца XV века. Ведь ничто не мешало, найдись на самом деле среди высших государственных и церковных чинов соумышленники жидовствующих, призвать Геннадия к ответу по всей строгости. Тем более что если составлением Пасхалии архиепископ занимался по благословению митрополита Зосимы, то работа над Библейским сводом — исключительно «частная инициатива» Геннадия.

Видным сотрудником новгородского владыки оказался еще один католик — ученый из Любека Никола Булев. Он выказал себя рьяным противником жидовствующих и перевел с латинского языка сочинение Самуила Евреина против иудаизма. Впоследствии Булев с подачи братьев Траханиотов перебрался в Москву и стал любимым врачом великого князя Василия III Ивановича. Этот Булев, «хульник и латынномудренник», по выражению прп. Максима Грека, «писал развращенно на православную веру», проповедуя соединение церквей. Он даже написал и послал ростовскому епископу Вассиану послание о перспективах заключения унии. Выбор адресата не случаен — Вассиан брат Иосифа Волоцкого и соратник Геннадия Новгородского. Наблюдая смычку униатов из окружения Софьи Палеолог и группы видных православных иерархов, Булев сделал вывод о том, что решения Флорентийского собора могут быть претворены в жизнь.

Против Булева было направлено и «Послание на звездочетцев» известного старца Филофея. Благочестивые московские люди утверждали, будто бы под влиянием означенного Булева один из видных придворных деятелей боярин Федор Карпов «залатынился», начал «прилежать звездозаконию, землемерию» — геометрии, «остроумии» — астрономии и чародейству, и чернокнижию, и «многим эллинским баснотворениям», стал держаться книг еретических, церковью отреченных, и «всяких иных составов и мудростей бесовских, которые прелести от Бога отлучают».

Как мы видим, Булев, судя по содержанию его «просветительской программы», ничем не отличался от Схарии, — это такой же ересеучитель с обычным для того времени набором лжеучений, только не в караимской, а в католической упаковке, так же исполненный предрассудками, характерными для эпохи Ренессанса. Вдобавок к этому, Булев проповедовал ненавистную на Руси идею церковной унии. Карпов предстает перед нами таким же активным адептом еретического учения, каким в свое время изображался Курицын. Однако ни Карпову, ни Булеву, ни его покровителям — Траханиоту и Геннадию — никто не спешил предъявлять обвинения в связях с врагами православия.

Явственно прослеживаются связи с окружением Деспины владыки Геннадия, чья эпистолярная активность выходит далеко за рамки епархиальных забот. Так — новгородский архиерей запрашивает государева посла Дмитрия Траханиота о том, как вопрос о счислении лет решается католической церковью. Благодаря посредничеству Юрия Траханиота Геннадий вступил в контакт с имперским послом Георгом фон Турном, прибывшим на Русь в 1490 году, и получил у него подробную информацию о преследовании тайных иудеев в Испании.