У Геннадия остались причины опасаться верховной светской власти и враждовать с ней, однако с определенного момента он не решался вступать с ней в открытое противоборство, хотя прежде откровенные знаки неудовольствия со стороны Ивана III и митрополита Геронтия, а также фактическая опала не мешали досточтимому архиерею предпринимать шаги, за которые иные иерархи церкви и в иных обстоятельствах могли лишиться сана.

Значит, прежде действовал некий фактор, который подталкивал владыку к антиеретическим по форме и оппозиционным по сути выступлениям и позволял ему рассчитывать на то, что они останутся без последствий. «Вычислить» этот фактор не составляет труда. Период активного участия Геннадия в гонениях на жидовствующих совпадает со временем пребывания в Новгороде в качестве наместника Якова Захарьина (с августа 1485 по июнь 1493 г.), который к тому же в 1487–1489 годах начальствовал над городом вместе со своим братом Юрием. Именно на эти годы безраздельного правления Захарьиных, принадлежавших к старомосковскому роду Кошкиных-Кобылиных, приходится пик инквизиторской активности новгородского архиерея.

Начало преследования еретиков в 1487 году совпадает с разгаром движения горожан, недовольных самоуправством Якова Захарьина. Типографская летопись помещает известие о репрессиях среди новгородской знати сразу же после записи о том, что зимой из Новгорода привели «боле седми тысящ житих людей на Москву, занеже хотели убити Якова Захарича, наместника новгородцкого, и инных думцев много Яков пересече и перевешал». Следующая волна «выводов» падает на 1488 год, когда смерть от рук возмущенных новгородцев теперь якобы грозила уже Юрию Захарьину. Зимой 1488 года Иван III «переведе… многых бояр и житьих людей, гостей, всех голов болши тысячи…; а в Новгород в Великый на их поместья послал московскых многих лутших гостей и детей боярскых и из иных городов».

Трудно сказать, насколько агрессивный и массовый характер в действительности носило выступление новгородцев против братьев-наместников, в какой степени его спровоцировали злоупотребления Захарьиных, либо недовольство новыми порядками и подчиненным положением не позабывших о своих вольностях новгородцев. Была ли это сознательная или невольная провокация со стороны наместников, но разоблачение ереси Геннадием очень «органично» сочетается с гонениями на возмущенных горожан. Архиепископу и Захарьиным пришлась по вкусу эффектная роль гонителей зла — будь то в виде вспышки народных волнений или проявлений дерзкого вольнодумия.

Проводя жесткий правительственный курс, братья не забывали о своем кармане. Якову Захарьину в Вотской и Шелонской пятинах принадлежало 800 коробей земли. Наместники получали значительные кормы с местного населения, распоряжались судебно-административными делами. Возможностей для злоупотреблений имелось предостаточно, и Захарьины, скорее всего, ими пользовались весьма широко. Трудно было найти лучший способ сохранить расположение Ивана III и отмести любые подозрения в различного рода провинностях, чем раскрыть заговор против верховной власти и примерно наказать мятежников. Задача облегчалась тем, что великий князь новгородцев явно недолюбливал и охотно подозревал их во всевозможных шатостях и изменах.

Геннадию появление врагов в лице жидовствующих пришлось как нельзя кстати. Его предшественника Сергия — первого присланного из Москвы главу Софийского дома — фрондирующие местные клирики вынудили оставить кафедру. Сергий разобидел новгородцев своим высокомерием. Так, еще по дороге к месту назначения он отказался поклониться мощам новгородского владыки Моисея. Геннадий учел эти ошибки и действовал осмотрительнее. Новый владыка при каждом удобном случае подчеркивал свое уважение к новгородским обычаям и, в частности, первым из московских архиереев стал носить традиционный белый клобук новгородского архиепископа. В дальнейшем он воспользовался местной новгородской легендой, связанной с происхождением этого головного убора, для поднятия престижа кафедры.

Новому архиерею помимо пряников требовался и кнут для строптивых аборигенов. Разоблачение ереси оказалось весьма действенным инструментом давления. Возможно, лица, входившие в клуб вольнодумцев, держались чересчур независимо с новым владыкой, памятуя о перебравшихся в столицу товарищах, чью влиятельность и особенно готовность заступаться за давних знакомцев они явно переоценивали. А недовольных новым архиереем в епархии имелось предостаточно — заняв кафедру, Геннадий затеял некую «переаттестацию» среди местных клириков, введя в практику выдачу ставленных грамот — разумеется, не за бесплатно. Подобное новшество, разумеется, не могло понравиться духовенству, не говоря уже о том, что оно шло вразрез с новгородской традицией выборности священников. Псковичей Геннадий возбудил против себя настолько, что они запретили своим священникам служить вместе с владыкой.

Геннадию удалось прижать к ногтю наиболее нелояльных клириков, продемонстрировав всем прочим недовольным мрачную перспективу оказаться в рядах гонимых в качестве еретиков. Так, собственно, и произошло с чернецом Захаром, которого в собственно жидовстве никто не обвинял. Провинился он тем, что с 1486 года слал повсюду по новгородской земле, а также в Москву обличения владыки Геннадия в симонии. Решительного критика архиепископа не только осудили заодно с попами, к кружку которых и к чьим воззрениям он не имел ни малейшего касательства, но и для пущей важности объявили наряду с Курицыным начальником всех ересей.

Но только ли личными сиюминутными конъюнктурными соображениями объясняется репрессивный напор Геннадия Гонзова и братьев Захарьиных? У последних имелись свои резоны всемерно поддерживать изыскания архиепископа. Вернемся в начало столетия — во времена княжения Василия I Дмитриевича, когда наиболее влиятельным лицом на Москве считался Иван Федорович Кошка, коего крымский хан Едигей называл его старейшиной бояр и единственным советником великого князя. Но после появления в Москве Патрикеевых и прочих «выезжан» влияние боярина Кошки заметно падает. Следующее поколение Кошкиных не оставило заметного следа в истории.