Дальнейший ход спора определяется участием в деле Римского епископа, епископов восточных и императора. К папе Целестину Несторий писал дважды или трижды еще в 429 г., прося у него разъяснений, за что осуждены искавшие на Востоке защиты пелагиане (Целестий, Юлиан и другие), и сообщая о своей борьбе с арианством и аполлинарианством. Папе этот запрос не мог понравиться. Кирилл, со своей стороны, весной 430 г. отправил Целестину в переводе на латинский язык составленные им к этому времени «Пять книг против богохульств Нестория» и, излагая историю обнаружения ереси, спрашивал мнения папы, не следует ли прервать общение с Несторием и известить о том, в случае такого решения Римского престола, епископов македонских и восточных. В ответ на это послание на Римском соборе в августе 430 г. постановлено было отлучить Нестория от церковного общения, если он не принесет раскаяния в течение 10 дней со времени получения им уведомления об этом. Письмо папы об этом решении самому Несторию и константинопольскому клиру, Иоанну Антиохийскому и Ювеналию Иерусалимскому должен был сообщить Кирилл (от 11 августа). Последний, получив ответ папы, созвал (в ноябре) собор в Александрии и от имени собора вместе с папским письмом отправил Несторию послание с 12 анафематизмами против ереси, от которой тот должен был отречься ( , 30 ноября). Несторий получил его 7 декабря и в проповеди 13 числа заявил, что он не боится надвигающегося теперь и на него «египетского гонения», какому некогда подвергались Мелетий и Флавиан, Нектарий и Иоанн. На анафематизмы Кирилла он ответил своими антианафематизмами.

Убежденный сам в правоте своих воззрений, Несторий нашел поддержку в восточных епископах, принадлежавших к тому же антиохийскому направлению и видевших у него разве лишь преувеличения и неточности в терминологии, но не еретическое заблуждение. Иоанн Антиохийский, получив послание Кирилла и Целестина, убеждал Нестория от имени и других восточных епископов сделать уступку относительно слова «». Но когда сделались известны анафематизмы Кирилла, даже Иоанн не находил возможным согласиться с ними (послание Фирму о трех анафематизмах). Андрею Самосатскому поручено было восточными составить опровержение против них. Особое сочинение против них, в более резком тоне, писал также Феодорит Киррский.

Но Нестория ободряло не одно только сочувствие ему восточных. На его стороне стояла в то время и светская власть. Попытка Кирилла разъяснить неправомыслие Нестория в особых обширных трактатах, адресованных на имя императора, сестры его Пульхерии и супруги Евдокии, имело следствием на первых порах лишь выговор Кириллу за произведенное в Церквах «смятение» и за обращение ко двору: дело должно быть решено на соборе, куда и Кирилл должен прибыть с другими в то время, какое будет указано. Собора желал и сам Несторий. Указ о соборе был издан 19 ноября и разослан митрополитам. Митрополиты должны были явиться, каждый с немногими епископами своего округа, в Ефес ко дню Пятидесятницы следующего года (7 июня). Особое приглашение послано было блаж. Августину, но он, как оказалось, умер еще до издания указа (22 августа). Такое же приглашение получил Акакий Веррийский. Для наблюдения за внешним порядком на соборе назначен был комит Кандидиан. Другой сановник, Ириней, прибыл на собор с Несторием по собственной инициативе.

Ефесский собор 431 г.

Собор не мог открыться в назначенное время, 7 июня, потому что не все епископы явились в Ефес к этому сроку. Кирилл прибыл за 4–5 дней до срока, взяв с собой около 50–ти епископов (так как он, очевидно, не хотел ставить себя в один ряд с митрополитами, подчиненных же ему митрополитов в Египте не было), ставший на его сторону Мемнон Ефесский призвал до 40 асийских епископов и 12 епископов из Памфилии. После 7 числа явились Ювеналий Иерусалимский с палестинскими епископами и македонские епископы (Руфа Фессалоникийского заменял Флавиан Филиппийский). Из Африки Капреол Карфагенский смог прислать ввиду стесненных обстоятельств (вандалы) только диакона Весулу. Не прибыли даже и к 22 июня легаты папы Целестина. При открытии собора Кириллом, на первом заседании присутствовало всего 160 человек (с диаконом Весулой). Несторий явился со своими епископами (10–16) еще раньше Кирилла. Но сочувствовавшие ему епископы Восточного диоцеза, с Иоанном Антиохийским во главе, из Антиохии, по — видимому, выехали только 16 мая (по причине произошедших там волнений). Через 30 дней Иоанн в письме Кириллу, жалуясь на трудность пути, обещал прибыть через 5–6 дней. Явившиеся затем 20–21 июня в Ефес два подчиненные Иоанну митрополита (Александр Иерапольский и Александр Апамейский) заявили Кириллу, что в случае и дальнейшего промедления Иоанн предоставляет открыть собор, не ожидая его прибытия. Кирилл понял, по — видимому, опоздание Иоанна в смысле намеренного уклонения его от неприятной для него обязанности присутствовать на соборе при осуждении близкого к нему Нестория и решил немедленно же начать заседание. Что касается отсутствия римских легатов, то Кирилл считал себя более или менее уполномоченным действовать от лица папы. 68 находившихся в Ефесе епископов (в числе их — 21 митрополит, тогда как на стороне Кирилла было 16–19 митрополитов) признавали, однако, нужным дождаться восточных епископов и легатов папы и написали об этом заявление (21 июня). Когда Несторию послано было 21 числа приглашение через четырех епископов прийти на следующий день в заседание собора, он отвечал: «Посмотрю, и если нужно будет — приду», и так как Кандидиан убедил его не беспокоиться, не явился. Не явились и повторили 22 числа свой протест и другие несоглашавшиеся с Кириллом епископы, кроме двух, хотя 20 из них потом подписали соборное постановление.

Заседание 157 епископов с диаконом, представителем Карфагенского епископа, под председательством Кирилла состоялось 22 июня, в понедельник, в церкви Богоматери. Кандидиан, явившийся к началу заседания и настаивавший на отсрочке его еще на четыре дня, должен был согласиться на прочтение императорской грамоты о созыве собора (именно 7 июня) и затем удалился. К Несторию отправляемы были два посольства: один раз он велел передать послам, что придет на собор, когда прибудут все епископы, другой раз не удалось получить от него никакого ответа. Затем, по прочтении Никейского символа, были прочитаны второе послание Кирилла Несторию («») и ответ Нестория и признано православие первого и несогласие с истинной верой второго и Несторию провозглашена анафема. После того были прочитаны послания Кириллу Целестина и третье послание Кирилла Несторию и установлена нераскаянность Нестория после получения этого послания до настоящего времени (с кем уже в Ефесе вели беседы его бывшие друзья Феодот Анкирский и Акакий Мелитинский). Наконец, были приведены против его учения места из св. отцев (числом 12), также места из собственных его произведений. В заключение предъявлено послание Капреола Карфагенского. Ввиду доказанного неправомыслия Нестория собор определил лишить его сана и отлучить от церковного общения. Под определением в актах имеются подписи 198 лиц; делается при этом замечание, что подписались и некоторые другие. Приговор Несторию, «новому Иуде», отослан был на следующий день. Клиру и экономам Константинопольской церкви было отправлено особое послание. Несколько позже были посланы и императору акты собора с соответствующим письмом.

Кандидиан объявил решение собора недействительным и обратился с донесением о незаконных, по его мнению, действиях собора к императору. 26 июня, между тем, прибыл в Ефес и Иоанн. Подчиняясь влиянию Кандидиана и несторианствующих епископов, он тотчас же составил свой собор (conciliabulum) из настроенных против Кирилла за Нестория епископов. Мемнон и Кирилл были низложены, без соблюдения обычных канонических формальностей, за смуты и ересь, которую восточные находили в анафематизмах Кирилла (сходство с нечестием Ария, Аполлинария и Евномия); все прочие участники собора Кирилла отлучены. Уведомление об этом послано участникам собора и в Константинополь.

Император, получивший пока только донесение Кандидиана, отозвался на него посланием собору от 29 июня, в котором все сделанное собором отменялось и повелевалось отцам, не оставляя Ефеса, снова рассмотреть дело. Собор ответил (1 июля), что Несторий осужден вполне справедливо, как это можно видеть из посланных актов, и просил императора вызвать к себе для разъяснения дела Кандидиана и 5 членов собора; приговор Несторию произнесли более чем 200 голосов, на его же стороне теперь было только 37 человек (перечисляются опять 35). Прибытие через несколько дней римских легатов (епископов Аркадия и Проекта и пресвитера Филиппа) дало повод к продолжению заседаний. 10 июля (2–е деяние) прочитано было послание папы, 11 июля (3–е деяние) — акты первого заседания, которые были подписаны теперь и легатами; в Константинополь были отправлены об этом послания. Затем на заседании 16 июля (4–е деяние) была выслушана жалоба Кирилла и Мемнона на Иоанна Антиохийского и посланы ему два приглашения явиться на собор. На другой день (5–е деяние) приглашение было повторено, и так как Иоанн не явился, он и его сообщники (общим числом 35) были объявлены отлученными, а суд их против Кирилла и Мемнона не имеющим силы; постановлено было и об этом довести до сведения императоров. Папе теперь тоже было отправлено описание всего сделанного собором (с упоминанием о подтверждении состоявшегося на Западе осуждения пелагиан, — о чем, однако, в сохранившихся записях деяний собора не говорится). 22 июля (6–е деяние) был рассмотрен Символ Феодора Мопсуэстийского, по донесению пресвитера Филадельфийской церкви Харисия, что пришедшие в Лидию из Константинополя лица с рекомендательными письмами от близких к Несторию пресвитеров, Анастасия и Фотия, предлагали этот Символ для подписи вместо Никейского присоединявшимся к Церкви четыренадесятникам. Имя автора Символа хотя и было известным отцам собора, но не называется в деяниях. Собор запретил составлять иную веру, кроме Никейской, и учить о Воплощении так, как изложено в представленном Харисием Символе. 31 июля (7–е деяние), по заявлению Регина, митрополита Кипрского, утверждена была независимость Кипрской церкви от Антиохии (попытка Ювеналия достичь того же для Иерусалимской церкви на этом соборе не имела успеха).

Вслед за этим деянием помещается в актах энциклика собора с перечислением уже отлученных сторонников Нестория и шесть правил, в которых угрожается низложением митрополитам (1–е пр.), епископам (2–е пр.) и клирикам (4–е пр.), которые окажутся сторонниками Нестория и Целестия; клирики, подвергнутые Несторием и его единомышленниками наказаниям, восстановляются в своих правах (3–е пр.), и наоборот, восстановление, провозглашаемое еретиками, признается недействительным (5–е пр.); несогласные вообще с постановлениями Ефесского собора подвергаются: клирики — низложению, миряне — лишению общения (6–е пр.). В некоторых сборниках присоединяется, как 7–е правило, постановление по делу Харисия и, как 8–е — по делу Регина. Решены были собором, неизвестно в каких заседаниях, и некоторые другие дела (об Евстафий Памфилийском, о мессалианах, о фракийских епископах).