Перед собором выступал затем с письменной жалобой против Феодорита и Домна антиохийский монах пресвитер Пелагий, который сам считал себя богословом, призванным к диспутам для защиты веры, между тем как в Антиохии ему строго запретили вмешиваться в дело учительства и поднимать споры и взяли даже подписку о том. «Толкуй трактаты Платона и Аристотеля и врачей, а к писаниям и не приближайся», — сказал ему однажды Феодорит. Пелагий просил «разрешить для исповедания истины язык его» и в доказательство неправомыслия Феодорита представил одно из писем последнего и его апологию «героев веры» Диодора и Феодора (прочитаны 15 отрывков). Диоскор объявил, что Феодорит, как виновник гибели бесчисленных душ и возмутитель всех Церквей Востока и как учащий несогласно с блаженнейшим Кириллом, должен быть лишен сана и церковного общения, императоров же нужно просить и предания огню его писаний; о всем, что сделано в настоящем заседании, немедленно довести до сведения Домна, чтобы он открыто высказался о своем отношении к этому. Собор признал такой суд правильным, так как Феодорит продолжал пребывать в ереси Нестория.

Домн, выслушав сообщение о суде собора над всеми поименованными выше лицами, выразил посланным к нему нотариям полное согласие со всеми постановлениями собора и готовность подтвердить их.

Это, однако, не спасло и его от той же участи. Диоскор очень хорошо помнил совершенно иной тон недавних посланий к нему Домна и вынужденной уступчивости его теперь придал очень мало цены. Пресвитер Кириак указывал в своей записке против него на его особую близость к Феодориту; представлены и прочитаны были также разные еще документы для характеристики его предыдущей деятельности, между прочим и его переписка с Диоскором, где он не соглашался принять анафематизмы Кирилла. Собор провозгласил анафему тому, кто стал бы отвергать главы Кирилла, и постановил, после того как раскрылись из писем Домна его истинные взгляды, низложить его.

Император утвердил указом на имя Диоскора осуждение Флавиана и Евсевия, как «возобновителей ереси Нестория», и их «помощников» — Домна и Феодорита и некоторых других, и постановление собора о неизменяемости Никейской веры; Диоскору поручалось обратиться к епископам с энцикликой обо всем сделанном для подписи ее и для прочтения в церквах; книги с несторианским учением епископы должны отбирать и предавать сожжению. На место Флавиана, который вскоре после собора умер на пути из Ефеса (в Лидии), поставлен был Диоскором в Константинополе (в декабре?) бывший здесь его апокрисиарием епископ из его клира Анатолий. Анатолий, вероятно, рукоположил в Антиохию Максима. Ива в Эдессе заменен был Нонном. Феодорит должен был, по — видимому, удалиться в монастырь, но преемника ему не поставили.

Недовольных собором было, разумеется, очень много, особенно в Восточном диоцезе, в сфере влияния Антиохийской школы. Понтийские и асийские епископы тоже в большинстве были против собора. На стороне Диоскора, кроме египетских, были палестинские и иллирийские епископы. Какой — нибудь протест на Востоке, ввиду решительного покровительства Диоскору двора, не имел бы успеха. Однако и правительство едва ли успело и считало удобным предпринять что — либо серьезное и в широких размерах для утверждения в Восточной церкви «диоскоровского правоверия», так как сразу же после собора открылось против него противодействие со стороны Запада.

Папа Лев Великий немедленно узнал о происшедшем в Ефесе от своих легатов. Кроме того, он получил апелляции от Флавиана и Евсевия (изд. Amelliy 1882,1890; Grisar, 1882; Leommeren, 1886); Флавиан просил, между прочим, о созвании собора западных и восточных отцев. Феодорит также писал папе, томос которого ему стал известен, и предоставлял свое дело всецело на суд папы. Лев на Римском соборе (cum omni occidentali consilio) признал недействительными ефесские постановления и просил императора (13 октября) о созвании нового собора в Италии, ссылаясь на апелляции Флавиана и правила Никейского собора (Сердикского). Он писал императору еще дважды об этом (25 декабря и 16 июля 450 г.), побудил писать о том же западных правителей (Валента III, Евдоксия и Галлу Плакидию) (ок. 22 февраля 450 г.), обращался с письмами к разным другим лицам на Востоке. Но император держался убеждения, что в Ефесе дело велось совершенно свободно и правильно (cum multa libertate ас Integra veritate) и Флавиан справедливо лишен кафедры (ответ правителям около 16 апреля 450 г.), и просил папу о признании Анатолия Константинопольским епископом. Лев соглашался на это, если Анатолий выскажется о принятии изложений правой веры — послания Кирилла к Несторию («»), деяний собора 431 г. и затем его собственного томоса (16 июля).

Неизвестно, чем бы закончились эти переговоры, если бы неожиданная смерть Феодосия, неудачно упавшего с лошади 28 июля 450 г., не положила конец его религиозной политике. Преемницей его явилась его сестра Пульхерия, сделавшая своим соправителем, путем номинального брака, старого полководца Маркиана (коронован 25 августа), пользовавшегося общим уважением. Влиявший на Феодосия Хрисанфий, покровитель Евтихия, был за разные проступки казнен. Пульхерия еще раньше отвечала Льву Великому в благоприятном смысле, и теперь установилось при дворе другое направление. Тело Флавиана, как извещала папу Пульхерия 22 ноября, по приказанию императора было принесено в Константинополь и торжественно положено в храме св. Апостолов вместе с другими Константинопольскими епископами. Анатолий принял томос. Маркиан, несколько раз писавший папе, охотно соглашался на созвание собора, но не на Западе, а на Востоке, где он сам найдет удобным. Но папа вдруг стал теперь очень холодно относиться к идее о соборе. На Востоке ему труднее было проводить свое влияние; томос его между тем был принят не только Анатолием, но подписывали его и другие епископы; представлялось более удобным обойтись теперь без собора. Он просил еще 9 июня 451 г. по крайней мере отсрочить собор ввиду опасности от Атиллы. Но еще 17 мая в Константинополе издана была сакра о Вселенском соборе в Никее, который должен был открыться 1 сентября. Лев должен был согласиться на это, хотя и выражал не один раз в письмах к императору недовольство и местом, и временем собора. В действительности собор состоялся в Халкидоне и открылся только 8 октября. Хотя отцы и собрались к назначенному времени в Никее, и Пульхерией было уже дано распоряжение удалить из города явившихся сюда без зова клириков, монахов и мирян, которые могли бы препятствовать скорейшему ведению дела, но сами правители не могли быть здесь в скором времени ввиду неотложных обстоятельств тогдашнего военного времени (нападение гуннов). Между тем римские легаты присутствие императора в Никее во время собора ставили даже условием своего участия в нем. Ввиду жалоб отцев на неудобства, испытываемые ими в Никее вследствие непредвиденной отсрочки, император пригласил (в двух посланиях, последнее — от 22 сентября) их в Халкидон, находившийся возле Константинополя, на противоположном берегу Босфора, обещая прибыть сюда, несмотря на все препятствия и устраняя их опасения относительно волнений со стороны константинопольских евтихиан.

Всех присутствовавших на Халкидонском соборе (епископов и их представителей) было более шестисот (630 указаны в послании епископов Геллеспонта 458 г.; 520 — в послании собора Льву; 600 — такую цифру дают Лукентий и Лев; списки имен не полны). С Запада, кроме трех папских легатов, были еще лишь два африканских епископа, Аврелий Адруметский и Рустик. Заседавшие в церкви св. мученицы Евфимии члены собора в самом внешнем своем расположении выразили принадлежность к тому или иному направлению. На левой стороне поместились прежде всего легаты: Пасхазин, епископ Лилибейский (в Сицилии), Лукентий, епископ Аскульский, и пресвитер Бонифатий. Юлиан Косский тоже выступал в качестве представителя папы, но сидел в ряду других восточных епископов. Далее следовали: Анатолий Константинопольский, Максим Антиохийский, Фалассий Кесарийский и Стефан Ефесский, как представители диоцезов Фракийского, Восточного, Понтийского и Асийского, с подчиненными им епископами (кроме палестинских епископов Восточного диоцеза). По правую сторону сели: Диоскор, Ювеналий Иерусалимский и, как представитель Анастасия Фессалоникийского, Квинтилл Ираклидский, и с ними епископы Египта, Палестины и Иллирика. Середину заняли уполномоченные от императора: шесть высших должностных лиц от министерства ( — между ними префект претории и префект Константинополя) и десять сенаторов (между ними Флорентий). Им принадлежало руководительство внешней стороной заседаний (открытие и закрытие их, сбор и подсчет голосов, допущение к голосованию мнений). Римские легаты подавали голоса первые и в случае отсутствия представителей императора выполняли председательские функции. Как и на соборе 431 г., впереди посередине храма было положено св. Евангелие.

Число заседаний, или деяний, от 8 октября до 1 ноября обычно принимается 16 (вслед за редакцией латинского перевода Рустика). В действительности (по Ballerini и Hefele) можно насчитать их до 21, с распределением на 14 (по латинским рукописям — 13) дней. В некоторых рукописях имеются лишь первые шесть (или восемь, от 8 до 25 октября), как наиболее важные. Главное внимание собора сосредоточивалось: А) на догматическом вопросе, причем, в частности, отцам собора пришлось а) высказаться о лицах, бывших участниками того богословского спора, которым вызван был собор (Диоскор — деяние 1–е, 3–е, 4–е; Евсевий и Флавиан — 1–е; Феодорит, Ива — 8–е, 9–10–е), и б) выработать свою догматическую формулу, решавшую этот спор (деяния 2–е, 5–е, 6–е); затем Б) отцы решали вопросы, касавшиеся церковного управления а) в Антиохийском патриархате (4–е, 7–е, 14–е), б) в Константинопольском (11–13–е; 15–16–е).