При возобновлении военных действий, осенью 1809 г. Дунайская флотилия, действовавшая совместно с сухопутной армией, оказывала ей существенную помощь, разрушая неприятельские береговые укрепления, нанося сильные поражения их лагерям, располагавшимся близ берега, и не допуская к месту военных действий турецких судов. Не менее важно и полезно было успешное содействие флотилии при переправе наших войск через Дунай, где ей поручалось наведение и охрана мостов и т. п.

В апреле отряд флотилии под командованием капитан-лейтенанта Д.С Акимова бомбардировал Браилов, а 20 апреля огнем прикрывал отход войск после неудачного штурма. В конце июля флотилия блокировала крепости Тульча и Исакча, которые вскоре были взяты армией.

С 20 августа по 14 сентября большой отряд Дунайской флотилии под командованием капитана 2-го ранга С.А. Попандопуло содействовал сухопутным войскам при осаде и взятии Измаила. Суда артиллерийским огнем разрушали крепостные укрепления. 14 сентября крепость сдалась.

1 октября флотилия блокировала осажденный войсками Браилов, перекрыв все сообщения крепости водой и энергично действуя со стороны реки. Суда ее бомбардировали крепость в течение десяти дней, что способствовало ее сдаче 21 ноября. Взятые в Измаиле и Браилове турецкие военные суда поступили в состав флотилии.

Успешная боевая деятельность флотилии на Дунае заслужила высокую оценку со стороны высшего сухопутного начальства. Доказательством служит письмо бывшего тогда помощником главнокомандующего знаменитого впоследствии М.И. Голенищева-Кутузова Д.С. Акимову, одному из отрядных начальников флотилии, отличавшемуся выдающейся военной предприимчивостью и вообще успешной деятельностью. « Всё, что вы ни делаете, — писал Кутузов, все ваши предприятия не иначе приемлю я, как с истинным чувством должного к вам уважения, и могу вас уверить, что и главнокомандующий разделяет, общее со мной: мои к вам чувствования».

Дунайская флотилия в 1810 году содействовала армии при осаде и блокаде крепостей Силистрии и Рущука. Участвуя 26 августа в кровопролитном сражении под Батином, флотилия заставила уклониться от боя турецкие суда, из которых два были потоплены и пять взяты в плен. Последствиями этого сражения была сдача Систова, Журжи, Турно и самого Рущука.

26 июня 1811 г. при эвакуации Рущука суда флотилии, пройдя сквозь пылающий мост, забрали все оставшиеся там наши войска и перевезли на другой берег. В июле отряд флотилии, под начальством того же Акимова, поднимался вверх по Дунаю к городу Лом-Паланку, в котором были сожжены значительные хлебные магазины неприятеля. Находившаяся там турецкая флотилия из 120 судов поспешно ушла в Видин. Акимов, подойдя с 15 судами к стоявшему на берегу лагерю турецких войск, нанес им большой урон и потом огнем своей артиллерии заставил замолчать расположенные на берегу батареи и разрушил их до основания. Он также разгромил три батареи, построенные близ Рущука, и заставил бежать их гарнизоны. В то время когда была захвачена роскошная ставка главной квартиры великого визиря, расположенная у Рущука на правом берегу Дуная, а лагерь турецкой армии, находившийся на левом берегу, напротив Рущука, был окружен нашими войсками, Акимов 3 октября, поставив флотилию против центра лагеря, открыл по нему сильный огонь, продолжавшийся целый день; а к ночи, приблизившись к берету, выгнал неприятеля из береговых ретраншементов и, действуя по лагерю, пронизывал его из конца в конец ядрами и бомбами, наносившими страшный вред и не допускавшими турок возобновлять разрушаемые укрепления.

В начале октября флотилия переправила через Дунай корпус генерал-лейтенанта Е.И. Маркова у Петрошани. В приказе по армии М.И. Кутузова, уже назначенного главнокомандующим, от 7 октября было сказано: « Отличное действие флотилии Дунайской, при Рущуке находящейся, обязывает меня, прежде нежели буду иметь честь донести о подвигах ее государю императору, изъявить ей совершенную мою благодарность». 12 октября начались мирные переговоры, флотилия, поставленная в линию поперек Дуная, дала возможность совершенно прервать всякие сообщения неприятеля между обоими берегами реки и окруженной нашими войсками турецкой армией.

Разгром турецких войск при Слободзее в ноябре 1811 г. решил исход русско-турецкой войны. Начались мирные переговоры. Они продолжались шесть месяцев, и только благодаря успешной дипломатической деятельности М.И. Кутузова 16 мая 1812 года в Бухаресте был заключен мирный договор между Россией и Турцией. По нему Россия приобретала Бессарабию с границей по реке Прут, крепости Аккерман, Килию, Измаил и право свободного плавания русских судов по Дунаю. Россия возвращала Турции взятые во время войны крепости Анапа, Суджук-кале и Поти. Измаил стал главной базой Дунайской флотилии.

Бухарестский мирный договор, подписанный за месяц до нашествия Наполеона на Россию, лишил Францию ее союзника на юге, обеспечил безопасность южных границ России.

В продолжение этой войны, тогда как Черноморский гребной флот (Дунайская флотилия) отличался примерной отвагой и энергией, в действиях же корабельного, за исключением нескольких отдельных успехов, в общем ходе дел отмечалась какая-то странная вялость, нерешительность и крайняя осторожность отдельных командиров, заставлявшая их избегать малейшего риска, что в значительной степени объяснялось печальным состоянием флота.

Но главный урон неприятелю на море нанесла, конечно, эскадра Д.Н. Сенявина. В Афонском сражении она нанесла туркам такое поражение, после которого турецкий флот не мог оправиться до конца войны, избегая встреч с русским флотом.

Действия Черноморского флота в эту войну показали необходимость поддерживать боеспособность флота и в мирное время — корабли и суда должны быть в хорошем техническом состоянии, экипажи иметь полный комплект и проходить регулярную боевую подготовку, которую можно получить только в море.