После с'езда Зюсс провел некоторое время в Альпах Бергамаско, проживая в хижинах пастухов. Местность эта бедная, леса скудны, а население поражено кретинизмом и зобом. Два дня ему пришлось просидеть из-за дождя в хижине старого пастуха и питаться козьим молоком и сельдереем.

Зима 1868–1869 года принесла Зюссу много дел, отвлекавших его от научной работы. По приказу императора с 1867 года в Вене начали срывать валы, засыпать рвы и застраивать гласисы прежних укреплений. Вопрос об утилизации освобождавшейся площади вызвал большие споры между военной властью и городом. Военные хотели окружить город цепью плац-парадов, казарменных построек и караульных помещений, чтобы удобнее было держать в повиновении пролетарскую часть города. Дума отстаивала площадь для нового здания университета, а на деньги, вырученные от продажи частным лицам освобожденных участков, рассчитывала возводить постройки для городских надобностей. Все эти споры и переговоры, длившиеся месяцами, отнимали много времени у Зюсса как у члена городской думы. Но, несмотря на это, Зюсс заинтересовался еще и горным делом. Наблюдение более глубоких слоев земной коры и соотношения горных пород, которые на земной поверхности часто замаскированы продуктами выветривания или растительностью, давало геологии новые факты. В случае какого-либо особого происшествия в рудниках Зюсс немедленно, даже если его и не приглашали, отправлялся туда только затем, чтобы получить интересные сведения.

В начале декабря 1868 года в самые глубокие горизонты обширных соляных копей Велички прорвалась вода. Пресная вода, проникнувшая в соляную копь, растворяет соль и ослабляет предохранительные столбы и целики, поддерживающие своды выработок. Обычно растворение продолжается только до тех пор, пока вода не насытится солью, и затем приостанавливается. Но при откачивании раствора его сменяет пресная вода, процесс растворения возобновляется и обрушение сводов становится неизбежным. Таким образом, задача оказалась очень сложной. Не все виденное в Величке понравилось Зюссу, и по возвращении он сделал в Геологическом комитете два доклада о подготовке горных инженеров, критикуя существующую систему образования. В марте 1869 года министр народного просвещения пригласил Зюсса на совещание по вопросу о подготовке горных работников. Оно состоялось в апреле. Защитником существующего порядка оказался директор горного института в Леобене Туннер, которому Австрия обязана развитием производства железа. Он требовал строгой дисциплины и введения экзаменов. «Порядки, вроде университетских, — говорил он, — где полгода продолжаются каникулы, могут привести к полному упадку горного образования». Зюсс возразил, что для того, кто хочет учиться, и в университете нет каникул, а для того, кто не хочет, — каникулы всегда. Таким образом происходит естественный отбор, который достигает цели лучше всяких школьных экзаменов.

На следующий день министр предложил Зюссу место директора института в Леобене. Но Зюсс был слишком связан с Веной и отказался от этого назначения. В это же время он принимал участие в хлопотах по учреждению городского педагогического института и в выработке новых школьных законов. Так как реальное среднее образование в Австрии было недостаточно популярно, Зюсс согласился на время принять должность школьного инспектора и поручение провести экзамены на аттестат зрелости в реальных училищах Верхней и Нижней Австрии.

Об'ехав реальные училища Нижней Австрии, Зюсс убедился, что директора имели слишком слабое влияние на ход преподавания, занимаясь главным образом хозяйственными делами. Таким образом, не было инстанции, заботившейся о единстве преподавания и ответственной за его успехи. В двух школах учителя математики старались щегольнуть перед Зюссом тем, что ученики знают бином Ньютона, и были немало удивлены, когда он сказал им, что это выходит за пределы программы средней школы. В другом реальном училище учитель географии заставлял учеников заучивать названия самых мелких речек в Греции, а название столицы Португалии они не знали. Учитель оправдывался тем, что, так как реалисты лишены преимуществ классического образования, он старался хоть отчасти компенсировать этот пробел. По большинству предметов испытание на аттестат зрелости сводилось к упражнению памяти. Чтобы выяснить степень развития учеников, Зюсс прибегнул к другому методу. Он заставлял их читать немецкую прозу известных писателей и просил подчеркивать в прочитанном самое существенное. Этот способ дал ему возможность судить о развитии учеников лучше, чем ответы на экзаменах.

Ознакомившись с положением дела, Зюсс пришел к выводу, что директора должны гораздо больше влиять на ход преподавания и отвечать за его успехи, что испытания на аттестат зрелости необходимы для равномерности преподавания во всех школах, что немецкой литературе, согласно требованиям времени, надо уделять больше внимания и преподавание географии следует улучшить.

Зюсс скоро убедился, что интересная и значительная деятельность инспектора все же мало соответствует его наклонностям, и осенью вернулся к своей профессуре в университете. После смерти депутата Зелинки на его место 23 августа 1869 года почти единогласно был избран Зюсс.

Кроме постройки водопровода Зюсс был занят вопросом о регулировании Дуная. Ежегодно, во время весеннего половодья, Вена подвергалась более или менее значительному наводнению. Кварталы Бригеттенау, Россау, Эрдберг, Шюттель и др., населенные исключительно беднотой и расположенные на низменном берегу реки, затоплялись иногда до уровня вторых этажей. Люди спасались на чердаки и крыши, а часть их жалкого имущества уносилась водой. После спада воды им приходилось возвращаться в свои жилища, которые, едва просохнув за лето, нередко опять намокали на всю зиму во время под'ема воды после осенних дождей. Особенно остро стал вопрос после весеннего наводнения в 1862 году, во время которого была затоплена вся низменная часть Вены. Зюсс жил в это время на улице Пратер и видел, как вслед за убегавшими прохожими широкими волнами вливалась в улицы вода вздувшейся реки.

Вопрос о борьбе с наводнениями был наконец-то поставлен на обсуждение в городской думе.

Отстаивая на заседании думы проект спрямления Дуная, Зюсс картинно обрисовал перед собранием ежегодные бедствия многих тысяч граждан. Он говорил также и о последствиях этих наводнений, о болезнях, быстро развивавшихся в сырых помещениях, об ухудшении санитарного состояния всего города, что вызывает лишние расходы со стороны городского управления. Члены думы хорошо понимали, что плохое санитарное состояние бедных кварталов города угрожало также и владельцам богатых особняков и квартир: инфекционные болезни проникают и за дубовые двери буржуа и важных чиновников. Зюсс, познакомившийся незадолго до этого заседания с работами на Суэцком канале, в заключение своей речи воскликнул: «Тот, кто слышал скрежет землечерпалок, кто пережил волнения ночных защитительных работ на плотинах и моменты триумфа при успехе дела, об'единяющего всех участников труда — от высших руководителей до землекопа, — тот сделается на всю жизнь горячим защитником подобных предприятий, обуздывающих грозные силы природы на благо человека». Зюссу удалось в конце концов склонить большинство думы на свою сторону. Оставалось выбрать наиболее целесообразный проект.

Выше Вены Дунай выходит из горной долины на равнину и делится на рукава. Главное русло описывает громадную дугу к северу. Вдоль высот правого берега, на которых находится крепость, тянется узкий рукав, называемый каналом. В промежутке между ним и дугой, среда заболоченных лугов, расположены большой извилистый рукав Кайзервассер и много мелких каналов. Город, постепенно разрастаясь, захватил эту равнину между рукавами, через которые построили деревянные мосты. Во время половодий значительную часть города затопляло, а мосты сносило. Уже с 1811 года возникали проекты регулирования Дуная, сведения его рукавов в одно русло и постройки постоянного моста. После наводнения 1862 года вопрос снова стал на очередь. Но прошло семь лет, пока государство, провинция Нижней Австрии и Вена сговорились учредить комиссию, которая должна была рассмотреть существующие проекты. В состав комиссии вошел и Зюсс как представитель Леопольдштадта — части Вены, наиболее страдавшей от наводнений.