В марте 1921 г. ташкентский муфтий Шарифходжаев, как руководитель «Комитета национального объединения», написал письма английскому и японскому консулам в Кульдже с просьбой об усилении помощи басмачам (оружием и другими средствами). Эти письма в Кульджу должны были доставить члены организации Каримов и Курбанов. Когда эти лица по пути приехали в Аулие-Ату (ныне Джамбул), Шукур Мухамедов поручил Хамиду Расулькариеву, как «члену организации», помочь приехавшим беспрепятственно перебраться через границу. Молодой чекист согласился сопровождать посланцев «Комитета национального объединения», выехал с ними на лошадях, избрав путь мимо здания Чрезвычайной комиссии. У этого здания он остановился, арестовал посланцев «Комитета» и сдал их в ЧК вместе с письмами.

«Комитет национального объединения» и после этого частичного провала продолжал подрывную антисоветскую деятельность.

Осенью 1921 г. Энвер-паша прибыл в Бухару. Он предложил бухарскому советскому руководству услуги в качестве инструктора по формированию национальных частей Красной Армии. Получив такой пост и хорошо изучив обстановку, Энвер-паша бежал из Старой Бухары в Восточную, к Данияр-беку, бывшему командующему национальным отрядом армии Бухарского советского правительства, изменившему Советской власти.

В конце 1921 г. Энвер-паша стал «главнокомандующим вооруженными силами ислама и наместником эмира Бухарского» (на серебряной печати, заказанной Энвером, была выгравирована надпись: «Верховный главнокомандующий войсками ислама, зять Халифа и наместника Магомета»). При содействии «Комитета национального объединения» Энвер-паша заключил соглашение с Курширматом, с главарем хорезмских басмачей Джунаид-ханом, другими басмачами и координировал их действия против Красной Армии. Энвер занял почти всю территорию Восточной Бухары, окружил Душанбе и после двухмесячной осады занял его.

4 августа вблизи афганской границы во время стычки с отрядом 8-й советской кавалерийской бригады Энвер-паша был убит. Командование басмачами перешло к Данияр-беку, который также вскоре был убит. Басмаческое движение пошло на спад и в Бухаре. В 1922 г. чекисты ликвидировали организации «Комитета национального объединения».

Ликвидация басмачества в Туркестане была осуществлена благодаря успехам новой экономической политики. Хозяйственно-политические мероприятия здесь строились на внимательном учете национальных особенностей коренного населения, решительной борьбе с остатками колонизаторских пережитков, привлечении к советской работе и к борьбе с басмачами значительных слоев местного населения. Одним из важных документов, определявших линию Коммунистической партии в этих вопросах, явилось циркулярное письмо ЦК РКП (б) от 11 января 1922 г. Коммунистической партии Туркестана. «Вы должны отдавать себе ясный отчет в том, — указывалось в этом документе, — что полное изживание колонизаторского уклона (который есть прямая измена коммунизму и бесстыдное надругательство над принципами III Интернационала) должно быть и может быть достигнуто сравнительно в наименьший срок и является основой оздоровления национальных отношений и роста доверия трудящихся масс местных наций к Коммунистической партии и Советской власти».

В письме особо подчеркивалось значение новой экономической политики для ликвидации басмаческого движения. «Органы Советского государства, — говорилось в письме, — применяясь к законам рынка, должны экономически связаться с мелкими производителями и, дав им выход, избавляющий их от капиталистической кабалы, найти в них прочную политическую опору, обеспечить в них верных и убежденных союзников партии пролетариата. В частности, новая хозяйственная политика, дополненная усиленной политработой среди узбеков, поможет в Фергане окончательно вырвать почву из-под ног басмачества, являющегося теперь одним из важных факторов хозяйственного разложения».

Соблюдение этих указаний ЦК РКП(б), исполнение их сыграли решающую роль в ликвидации басмачества.

10 июня 1922 г. против Муэтдина были начаты военные действия, которые вызвали волну сдачи частям Красной Армии как отдельных басмачей, так и целых их групп. В течение 1922 г. на сторону Советской власти перешли 137 курбашей и 2420 рядовых басмачей, сдавших оружие. Муэтдин был взят в плен и предан суду.

В сентябре 1922 г. Военно-революционный трибунал Туркестанского фронта под председательством П. А. Камерона при огромном стечении населения рассмотрел дело о злодеяниях Муэтдина и семи его ближайших сообщников. Присутствующий на суде участник борьбы против басмачей Ф. П. Шацилло написал в свое время репортаж, который ярко отражает перемену отношения местного населения к преступлениям басмачей:

«Громадный двор мечети Азрет в городе Оше. Тысячная толпа. Здесь и местные жители, здесь и приехавшие за сотни верст любопытные и делегаты; каждый стремится пробраться вперед и увидеть, хоть на один момент, скамью подсудимых, на которой сидит царек Ошского района Муэтдин, или, как он именовал себя, Эмир-ляшкар-баши Муэтдин-катта-бек Усман Алиев, что в переводе значит: верховный главнокомандующий, непобедимый Муэтдин, большой господин Усман Алиев.

Вокруг Муэтдина — ближайшие помощники его. Здесь и известный палач Камчи Темирбаев…

Несколько дней тянулись свидетельские показания. Свидетели — живые страницы жуткой летописи о кровавом разгуле. Вот толстый арбакеш. Он вез, под охраной 45 красноармейцев, транспорт.

— В транспорте, — рассказывает он, — было до шестидесяти человек граждан; среди них были женщины и дети. По нашим законам беременная женщина считается святой. Но для Муэтдина нет ничего святого — он уничтожал всех. Беременным женщинам вскрывали животы, выбрасывали плод и набивали животы соломой. Детям разбивали головы о колеса арб или устраивали из них козлодранье, и они разрывались на части. Красноармейцев сжигали на костре…