Движение «обновления» все же влияло и на патриарха. 8 ноября 1923 г. Священный синод под его руководством вынес постановление, осудившее политическую, антисоветскую деятельность церковников.

21 марта 1924 г. Президиум ЦИК СССР, учитывая публичное раскаяние патриарха Тихона, принял такое постановление: «Принимая во внимание, что гр. В. И. Белавин, бывший патриарх Тихон, публично раскаялся в своих контрреволюционных выступлениях против власти рабочих и крестьян, что среди широких масс рабочих и крестьян проявляется усиленная тяга от религиозных суеверий в сторону науки и просвещения, что тем самым влияние так называемой православной церкви на широкие массы рабочих и крестьян решительно ослаблено и что вследствие этого гр. Белавин, бывший патриарх Тихон, и привлеченные с ним граждане не могут быть социально опасными для Советской власти, Президиум ЦИК Союза ССР постановил: дело по обвинению граждан Белавина В. И. (бывшего патриарха Тихона), Феноменова Н. Г., Стадницкого А. Г. и Гурьева П. В. в преступлениях, предусмотренных ст. ст. 62 и 119 Уголовного Кодекса РСФСР, производством прекратить».

Патриарх Тихон все более переосмысливал отношение руководимой им церкви к Советскому государству. В завещании от 7 января 1925 г. он призвал верующих и духовенство православной церкви «со спокойной совестью, без боязни погрешить против святой веры, подчиняться Советской власти не за страх, а за совесть».

В конце 1921 г. Всероссийской чрезвычайной комиссии стали известны факты, которые по-новому осветили контрреволюционную деятельность эсеровской партии. Ряд данных о преступных действиях лидеров этой партии сообщили ВЧК бывшие эсеровские активисты Г. И. Семенов (Васильев) и Л. В. Коноплева. 15 января 1922 г. Коноплева написала заявление в ЦК РКП (б) и дала показания в ВЧК, а Семенов, кроме того, в феврале того же года опубликовал за границей разоблачительную брошюру «Военная боевая работа партии социалистов-революционеров за 1917–1918 гг.». Будучи в прошлом непосредственными участниками преступлений, Семенов и Коноплева открыли факты использования эсерами в борьбе с Советской властью диверсий, экспроприации и индивидуального террора в отношении виднейших деятелей большевистской партии и Советского государства.

27 февраля 1922 г. президиум Государственного политического управления сообщил, что оно располагает рядом материалов, подтверждающих имевшиеся ранее сведения о террористической и боевой деятельности партии социалистов-революционеров в годы гражданской войны. В качестве одного из этих материалов указывалась и брошюра Семенова (Васильева), бывшего начальника центрального «летучего» боевого отряда партии эсеров и руководителя террористической группы, организовавшей, в частности, покушения на жизнь В. И. Ленина и В. Володарского. «Ввиду того, что имеющиеся в распоряжении ГПУ материалы с несомненностью устанавливают преступления партии с.-р. перед пролетарской революцией, — говорилось в сообщении, — Центральный комитет этой партии и ряд ее активных деятелей предаются суду Верховного революционного трибунала. Государственное политическое управление призывает гражданина Семенова (Васильева) и всех с.-р., причастных к деяниям этой партии, но понявших ее преступные контрреволюционные методы борьбы, явиться на суд над партией социалистов-революционеров».

Разоблачения Семенова и Коноплевой потрясли советский народ и прогрессивную общественность мира. Однако главные обвиняемые — члены Центрального комитета партии эсеров, находившиеся под стражей, а также эмигрировавшие активисты этой партии — не признавали своей вины и решили превратить предстоящий суд в трибуну для пропаганды и оправдания политики своей партии в русской революции. Эмигрантская группа членов ЦК партии эсеров выступила за границей с опровержением разоблачений Семенова и Коноплевой и попыталась изобразить готовившийся процесс как расправу. Эсеры клеветнически утверждали, будто суд незаконен, так как за свою прошлую деятельность эсеры в феврале 1919 г. были Советским правительством амнистированы; что подсудимым предрешен смертный приговор. Подняв шумную кампанию, эсеры обратились за поддержкой к «социалистическим партиям всего мира». В то время III, Коммунистический Интернационал намечал тактику единого рабочего фронта и предложил созвать всемирный конгресс из представителей всех международных объединений рабочего класса для выработки плана совместных действий в борьбе с капиталом. Воспользовавшись собравшейся в связи с этим 2–3 апреля 1922 г. в Берлине конференцией трех Интернационалов, лидеры реформистских II и II 1/2 (Венского) Интернационалов, взявшие под защиту эсеров, потребовали от делегации Коминтерна в качестве непременного условия соглашения о совместных действиях согласия на допуск представителей обоих реформистских Интернационалов в качестве защитников на судебный процесс и письменного заверения, что в отношении обвиняемых не будет применена смертная казнь. Представители РКП (б) в Коминтерне Бухарин и Радек дали от имени Коминтерна соответствующие обязательства. В статье «Мы заплатили слишком дорого», опубликованной в «Правде» 11 апреля 1922 г., В. И. Ленин подверг критике этот шаг, квалифицируя его как политическую уступку, сделанную пролетариатом без какой-либо компенсации со стороны международной буржуазии по отношению к революционному пролетариату.

В ответ на провокационные заявления эмигрантских кругов о незаконности предстоящего суда ввиду амнистии 1919 г. народный комиссар юстиции Д. И. Курский заявил, что амнистия касалась лишь тех правых эсеров, участвовавших в вооруженной борьбе с Советской властью, которые пересмотрели свое поведение и отказались от продолжения борьбы. Те же обвиняемые, которые не отказались от террора, диверсий и экспроприации, не подлежат амнистии.

Когда рассматривалось дело правых эсеров, в Советской стране были провозглашены новые начала революционной законности, которые в судебной области означали предоставление подсудимым больших прав на защиту, большую гласность процесса. Эти начала, зафиксированные в первом Уголовно-процессуальном кодексе РСФСР, принятом ВЦИК 25 мая 1922 г., формально вводились в жизнь с 1 августа, но фактически влияли на практику уже с момента их провозглашения. Поэтому, хотя судебный процесс (8 июня — 7 августа) проводился по правилам судопроизводства, предусмотренным Положением о революционных трибуналах, фактически на процесс по делу правых эсеров оказывали сильное влияние новые начала революционной законности.

Расследование по делу эсеров вело сначала ГПУ, а затем по постановлению пленума Верховного революционного трибунала от 29 апреля группа следователей трибунала во главе с Е. Ф. Розмирович.

Следователи допросили сотни свидетелей и обвиняемых, приобщили к делу партийные решения, письма и т. д., материалы многих судебных процессов по делам о контрреволюции. Число обвиняемых достигало 218 человек. Следователи и Верховный трибунал исключили из процесса неразысканных обвиняемых, находившихся за границей, лиц, которые подлежали амнистии (они давали подписку об отказе от вооруженной борьбы с Советской властью); из основного дела выделили материалы для отдельных производств. В конечном итоге суду Верховного революционного трибунала по основному делу были преданы 34 человека. Обвинительное заключение представляло собой книгу, изданную типографским способом, объемом в 117 страниц.

За время расследования среди обвиняемых произошло резкое политическое размежевание. Члены ЦК и другие ответственные работники партии эсеров (А. Р. Гоц, Д. Д. Донской, Е. М. Тимофеев, Л. Я. Герштейн, М. А. Лихач, Е. М. Ратнер-Элькинд, М. А. Веденяпин, М. Я. Гендельман-Грабовский, Н. Н. Иванов, Д. Ф. Раков, Ф. Ф. Федорович, С. В. Морозов и другие — всего 22 человека) упорно защищали провалившуюся политику своей партии и не отказывались от продолжения борьбы с Советской властью; активисты же и рядовые члены боевых отрядов эсеровской партии (Г. И. Семенов, Л. В. Коноплева, И. С. Дашевский, Г. М. Ратнер, К. А. Усов, Ф. В. Зубков, Ф. Ф. Федоров-Козлов, П. Т. Ефимов, П. Н. Пелевин и другие), убедившиеся в ошибочности политики эсеровского руководства, порвали с партией. Это политическое размежевание существенно отразилось на ходе расследования и суда. Первая группа обвиняемых вела себя вызывающе. Большинство членов этой группы не давали показаний на предварительном следствии, заявив, что объяснения будут давать только на гласном суде. По окончании предварительного следствия они ознакомились с делом и тщательно подготовились к выступлениям. Вторая же группа обвиняемых разоблачала эсеровские преступления. Конкретные показания этих подсудимых являлись существенной частью доказательственного материала.