Не было ни одного крупного антисоветского заговора, в котором бы не участвовали реакционные церковники. Патриарх Тихон выступал против Брестского мира. 18 марта 1918 г. в своем очередном послании он писал, что «церковь не может благословить заключенный ныне от имени. России позорный мир». Как установлено при расследовании заговора Локкарта, Тихон дал дипломатическим заговорщикам стран Антанты «благословение» на совершение антисоветского переворота в России и собирался во имя успеха дела отслужить всенародный молебен. Из книги сына английского «дипломата» Локкарта мы узнаем, что в августе 1918 г. английские разведчики Сидней Рейли и Хилл передали патриарху Тихону 5 миллионов рублей из средств, собранных Локкартом для финансирования русской контрреволюции. Патриарх был связан с Колчаком и Деникиным, с лидерами «Национального» и «Тактического» центров. Многие служители культа являлись непосредственными участниками вооруженных антисоветских выступлений. Во время ярославского восстания священник Владимирской церкви с колокольни стрелял из пулемета по красноармейцам. В муромском восстании участвовали монахи, а престарелый епископ Митрофан дал мятежникам «благословение» и собрал в их пользу среди богатеев города крупную сумму денег. Владимирский губернский революционный трибунал, рассмотрев дело об этом восстании, освободил Митрофана от наказания, учитывая его преклонный возраст, и ограничился выселением его из Мурома; муромский же монастырь, как очаг контрреволюции, был закрыт. Одним из руководителей кулацкого восстания в селе Беловодском (Семиречье) являлся местный священник — черносотенец Иван Ткачев, который на сходе крестьян выступил с погромной речью. Этот воинственный поп организовал «черный отряд для истребления антихристов-большевиков».

Еще более зловещей была деятельность контрреволюционных церковников на территории, занятой белогвардейцами и интервентами. Архангельское духовенство во главе с епископом Павлом (П. А. Павловским) поддерживало белых и интервентов. 15 августа 1918 г. в № 14 архангельских «Епархиальных ведомостей» церковники «поздравили» верующих с падением Советской власти и прибытием в город «союзников» — англичан, французов, американцев и призвали всех: «Поднимайтесь на защиту родины! Не ждите приказа о наборе. Идите сами доброй волей!» 18 августа они устроили на Соборной (ныне Октябрьской) площади торжественный благодарственный молебен с участием крестных ходов от всех приходов и всего городского духовенства «по случаю избавления города от насилия и перемены власти». Знаменитый в истории северной контрреволюции протоиерей Иоанн Лелюхин произнес здесь яростно враждебное по отношению к Советской власти «слово». Церковники собирали деньги и вещи для белой армии; посылали на фронт проповедников с погромной литературой. Когда по требованию английских рабочих интервенционистские войска должны были покинуть Архангельск, «Союз духовенства и мирян» делегировал в сентябре 1919 г. протоиерея Лелюхипа в Англию к архиепископу Кентерберийскому с просьбой воздействовать на английское правительство, чтобы оно не отзывало свои войска и продолжало войну с Советской Россией. Мало того, чтобы подогреть воинственно антисоветское настроение верующих, протоиерей Воскресенской церкви М. И. Попов сочинил «акт о явлении под Архангельском богоматери», благословляющей белую армию и интервентов. В этом акте от 27 августа 1919 г. говорилось, что группа детей — гимназистов и гимназисток от 10 до 13 лет — 3 августа в восьмом часу вечера «…видела невысоко над горизонтом к Почтамтской ул. на северо-западной стороне пресвятую деву Марию в сидячем положении и не во весь рост с богомладенцем Иисусом Христом. Она простирала обе руки вперед ладонями вниз и покрывала город. Младенец часто двигал руками, а потом сделал движение правой рукой, как благословляют. Видение продолжалось 20–30 минут и затем постепенно стало исчезать». Несмотря на явную вздорность «видения», архангельский епископ Павел положил на акте резолюцию: «Милость божия и заступление божией матери да будет с нами и над градом нашим». Акт о «дивном видении» был опубликован в архангельских «Епархиальных ведомостях» № 19–20 за 1919 г.

Уфимский епископ Борис (Шипулин) во время торжественной встречи Колчака в Пермском кафедральном соборе обратился к нему с речью как к «освободителю от большевиков», призывал население жертвовать на армию Колчака и бороться с Советской властью. Екатеринбургский и Ирбитский архиепископ Григорий (Яцковский) и другие «отцы церкви» также помогали Колчаку. В ряде мест в Сибири реакционные церковники формировали из монахов и религиозных фанатиков-мирян вооруженные отряды, так называемые «иисусовы полки», «дружины святого креста», для борьбы против Советской власти.

В ноябре 1918 г. в Томске состоялось Сибирское церковное совещание, в котором участвовали 39 высших иерархов православной церкви и монархистские деятели. Совещание образовало «для управления епархиями Сибири, Приуралья и другими освобожденными от советско-большевистской власти частями России» высшее временное церковное управление, главою которого был избран омский архиепископ Сильвестр. Совещание издало обращение с призывом к поддержке белогвардейского правительства Колчака и к борьбе с Советской властью. Избранное церковное управление и его местный довольно мощный аппарат состояли на содержании колчаковского правительства.

В Ставрополе по инициативе Деникина в мае 1919 г. церковниками был созван Юго-восточный поместный собор русской православной церкви, который избрал Высшее церковное управление Юго-Востока России, состоявшее из реакционных деятелей (архиепископа донского и новочеркасского Митрофана и других). Церковное управление южных губерний было откровенно политическим органом борьбы с большевизмом и Советской властью. Оно определяло роль церкви так: «Гидра большевизма и после всех ударов, нанесенных ей нашими доблестными армиями с их беспримерными вождями-патриотами христианами, стоит еще с поднятой головой… Церковь должна поднять и крест и палицу свою против этой гидры, как подняла бы она все оружие свое против антихриста…»

В одном из обращений к красноармейцам церковники устрашали их:

«Долготерпелив господь, но страшен гнев его. Возмездие земное уже близится… Близится час, когда силою оружия благословляемые церковью русские полки с крестом и священными знаменами войдут в Кремль Москвы. Наступит час расплаты».

При штабе Деникина было образовано церковное ведомство, которым руководил бывший протопресвитер царской армии Георгий Шавельский. Это ведомство «воодушевляло» солдат на борьбу с Советской властью и вело слежку за ними. На Юго-Востоке России при деникинщине отличился воинствующий священник Владимир Востоков, открыто проповедовавший погромные идеи монархистского «Союза русского народа» и организовавший так называемое «Братство животворящего креста» — дружины для борьбы с Советской властью. На Украине действовал известный монархист митрополит Антоний (Храповицкий) — один из главарей черносотенного «Союза русского народа».

Уважая религиозные чувства известной части трудящихся, Советское правительство не применяло репрессий по делам о противодействии декрету об отделении церкви от государства. Лишь в случаях серьезных беспорядков революционные трибуналы наказывали зачинщиков, обычно кулаков и представителей реакционной части церковников. Что же касается темных, спровоцированных на выступления людей, трибуналы ограничивались минимальными наказаниями и условным осуждением. Всероссийская чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией 11 июня 1918 г. оповещала население: «…ни один священник, епископ и т. д. не был и никогда не будет арестован только за то, что он духовное лицо; те же, кто ведет контрреволюционную деятельность, независимо от своей принадлежности к духовному званию, будут привлекаться к ответственности, но не за религиозную, а за антиправительственную деятельность».

Примером карательной линии органов советского правосудия в такого рода делах может послужить приговор Новгородского губернского революционного трибунала от 12 февраля 1921 г. по делу митрополита новгородского и старорусского Арсения (А. Г. Стадницкого), епископа Алексия (С. В. Симанского) и других, обвиняемых в систематическом нарушении декрета об отделении церкви от государства. Суд признал установленным, что, несмотря на запрещение, церковники обложили все население губернии, в том числе и детей, подушным сбором на епархиальные учреждения, требовали, чтобы трудовые артели точно исполняли монастырский устав, подчинялись во всем настоятелям монастырей, рассылали указы касательно бракоразводного процесса, в «Епархиальных ведомостях» помещали статьи явно контрреволюционного характера, доходящие порой до призыва к восстанию. Признав, что все эти преступления производились под руководством митрополита Арсения, епископа Алексия и других священнослужителей, губернский революционный трибунал приговорил всех этих лиц к условному наказанию.