На кишиневском и одесском операционных направлениях, как уже упоминалось, на 400-км фронте развернулась 9-я армия в составе 14, 35, 48-го стрелковых, 2, 18-го механизированных и 2-го кавалерийского корпусов. Командующий армией генерал-полковник Я. Т. Черевиченко, командовавший до этого Одесским военным округом, имел большой опыт, полученный в Гражданской войне.

В резерве фронта в районе Могилева-Подольского, в направлении которого были нацелены основные силы противника, сосредоточивался по указанию И. В. Тюленева 55-й стрелковый корпус. Всего во фронте к 1 июля было 26 дивизий. Этим силам фронта противостояли, по первоначальным оценкам Южного фронта, 11-я немецкая, 3, 4-я румынские армии, венгерский корпус и словацкие части общей численностью до 20 дивизий и 9 бригад.

До 30 июня противник на фронте 9-й армии вел усиленную разведку и предпринимал неоднократные попытки захватить плацдармы на восточном берегу Прута. Особенно активный характер носили действия его разведки на направлениях н/п Бельцы и Могилев-Подольский.

Изучая развертывание противника, а также ход боевых действий, Военный совет фронта пришел к выводу, что главный удар в полосе фронта противник будет наносить на Могилев-Подольский и Бельцы. Исходя из этого, потребовалось принять меры по усилению плотности войск на правом фланге 9-й армии. По указанию командующего фронтом в район н/п Бельцы в полосу 48-го стрелкового корпуса был выдвинут 2-й механизированный корпус, до того располагавшийся в районе Кишинева. На стык 18-й и 9-й армий из резерва фронта был переброшен 55-й стрелковый корпус, который занял оборону на рубеже восточнее н/п Липканы. Эти мероприятия способствовали повышению устойчивости обороны войск правого фланга 9-й армии.

1 июля немецко-румынские войска перешли в наступление силами до 6 дивизий из района южнее Липкан в направлении Могилев-Подольский и до 7 дивизий из района севернее Ясс в направлении н/п Бельцы, Они были встречены организованным огнем советских войск. Однако четыре наши дивизии, оборонявшиеся на левом берегу Прута, на участке Липканы, Унгены протяженностью более 150 км, не смогли отбить наступление превосходящих сил противника.

Общее наступление немецко-румынских войск против Южного фронта началось 2 июля. Учитывая успех наступления на Украине и то обстоятельство, что советские войска в Молдавии удерживали свои позиции, командующий группой армий «Юг» генерал-фельдмаршал К. фон Рундштедт решил ударами 11, 17-й немецких армий и румынских соединений в общем направлении на Винницу окружить и уничтожить главные силы Южного и Юго-Западного фронтов. Утром ударные группировки атаковали соединения 9-й армии на двух узких участках. Главный удар из района Ясс наносили четыре пехотные дивизии в стык двух советских стрелковых дивизий. Другой удар силами двух пехотных дивизий и кавалерийской бригады пришелся по одному стрелковому полку (74 сп 176 сд). Добившись решающего превосходства, германское командование уже в первый день прорвало слабо подготовленную оборону на реке Прут на глубину 8–10 км.

Генерал армии И. В. Тюленев решил перебросить часть своих резервов на правое крыло фронта, по которому наносился главный удар противника. Пока советские войска сосредоточивались, противник продвинулся еще на 30 км. Командующий 9-й армией генерал-полковник Я. Т. Черевиченко контрударами 2-го механизированного корпуса и стрелковой дивизии пытался уничтожить врага, наступавшего на Яссы, Бельцы, но безуспешно.

К этому времени обстановка в полосе Юго-Западного фронта резко ухудшилась. Главная группировка германских войск глубоко вторглась в пределы Украины. К 7 июля противник, овладев Бердичевом, завязал бои у Житомира. В связи с тем что войска 6, 26-й и 12-й армий этого фронта, отходя, вели бои значительно западнее меридиана Бердичева, возникла угроза глубокого охвата немецкими танковыми войсками не только армий левого крыла Юго-Западного фронта, но и выхода их в тыл армий Южного фронта. В этот день в связи с отходом 12-й армии Юго-Западного фронта на рубеж Летичев, Копай-город командующим Южным фронтом была отдана директива об отводе войск правого крыла фронта на рубеж Могилев-Подольский, Бельцы, река Прут и об организации на нем обороны.

10 июля 1941 года для координации действий Юго-Западного и Южного фронтов было создано Управление Юго-Западного направления, которое возглавил Маршал Советского Союза С. М. Буденный.

Тяжелое положение, сложившееся в первые две недели войны на Юго-Западном фронте, не могло косвенно не отразиться и на Южном фронте. Уже в первых числах июля, когда шли напряженные бои под Ровно, предназначавшийся в состав Южного фронта 7-й стрелковый корпус, который располагался в районе Кривой Рог, Днепропетровск, Запорожье, был по указанию Ставки передан в Юго-Западный фронт и спешным порядком направлен на Ровно. 4 июля по приказу Ставки пришлось передать в Юго-Западный фронт 16-й механизированный корпус, а также две стрелковые дивизии, сосредоточившиеся в районе Котовска, и 18-й механизированный корпус, действовавший к югу от Жмеринки.

2-й мехкорпус, сильно потрепанный в предыдущих боях, с 14 по 17 июля в районе Котовска тоже проводил восстановление материальной части. В этот период в нем оставалось 10 KB, 46 Т-34, 275 БТ-7, 38 Т-26, 9 огнеметных танков, 13 — Т-37/38 [7] .

Основываясь на ошибочных данных разведки о состоянии противника, И. В. Тюленев сделал вывод: против фронта действует до 53 дивизий, в том числе 13 танковых и моторизованных. В действительности дивизий было в два раза меньше, а танковые и моторизованные соединения и вовсе отсутствовали. Оценив обстановку, командующий решил отвести войска за Днестр, доказывая Ставке, что против столь сильного противника фронт может вести боевые действия только «методом подвижной обороны, опираясь на укрепрайоны на Днестре».

Не дожидаясь, пока Ставка утвердит его решение, И. В. Тюленев приказал войскам начать отход. Однако Главное Командование признало такое решение не отвечающим обстановке и отменило его. 7 июля И. В. Тюленев получил приказ контрударом отбросить противника за Прут, чтобы территорию Бессарабии использовать как плацдарм для будущего наступления; к Днестру отвести разрешалось только примыкавшую к Юго-Западному фронту 18-ю армию генерал-лейтенанта А. К. Смирнова.

При организации контрудара возникло немало сложностей. Так, соединения 9-й армии утром 7 июля начали отходить за Днестр, а чтобы вернуть их, потребовались целые сутки. И только с утра 8 июля три корпуса армии генерала Я. Т. Черевиченко атаковали противника. Вплоть до 10 июля продолжались упорные атаки советских войск. В результате контрудара наступление 11-й немецкой и 4-й румынской армий, действовавших на кишиневском направлении, было задержано.

Командующий 11-й немецкой армией генерал Э. Шоберт, ссылаясь на отсутствие горючего и необходимость восполнения потерь, просил у генерал-фельдмаршала К. фон Рундштедта передышки в наступлении. Тот согласился, но приказал повернуть 54-й армейский корпус для помощи румынам в овладении Кишиневом. 10 июля начальник генерального штаба ОКХ генерал-полковник Ф. Гальдер докладывал генерал-фельдмаршалу В. Кейтелю, который возглавлял штаб главного командования вермахта: шансы 11-й армии на успех незначительны, и продолжать наступление она сможет не ранее 16 июля.