Ещё два «Оскара» принесли Кусто документальные ленты «Золотая рыбка» и «Мир без солнца». Теперь рабочий график океанографа был расписан на два года вперёд: помимо исследований, Жак-Ив читал лекции в ведущих университетах мира, участвовал в конференциях и продолжал снимать кино.

Капитан тщательно планировал свои экспедиции, но не боялся импровизации. Например, кто мог предположить, что новозеландцы так озабочены судьбой киви, редкого вида птиц, что создали для них специальную лечебницу. Узнав об этом, Жак-Ив отклонился от маршрута, чтобы заснять удивительную клинику.

Кусто участвовал в разработке и совершенствовании подводного обитаемого аппарата «Кон-Шельф». В популярном иллюстрированном журнале «Нэшнл джеографик» была опубликована фотография, на которой Жак-Ив пьёт шампанское с женой Симоной в «Кон-Шельфе», отмечая серебряную свадьбу на дне Красного моря.

Кусто часто спрашивали, сможет ли человек когда-либо жить под водой, переселиться на морское дно, извлекая из океанских недр всё для себя необходимое? Учёный говорил, что в морских глубинах можно проводить исследования, выполнять отдельные работы, осваивать богатства, но жить нельзя. Выражение «дом под водой» — изобретение фантастов, там нет солнца, света, необходимых для человека.

12 октября 1964 года — день провозглашения подводной эры. Корабль «Торрегранд» отчалил от генуэзского порта и взял курс в открытое море. Жак-Ив Кусто перерезал трос, и водонепроницаемый бронзовый цилиндр с привязанными к нему флагами 30 государств скрылся в голубой пучине. В цилиндре находилась «Декларация о взятии власти над глубинами моря». В ту же секунду окружающие «Торрегранд» корабли в честь знаменательного события включили сирены, а пожарные катера направили ввысь гигантские струи воды. Кусто вручил Клоццу, президенту итальянской федерации подводников, экземпляр Декларации для передачи в ООН и провозгласил первый год подводной эры открытым.

В середине шестидесятых годов Кусто заключил контракт с американской компанией «Вольпер продакшнз», снимавшей кинофильмы для Национального географического общества и фактически дававшей ему карт-бланш на съёмки серии кинофильмов практически на любую тему по его выбору. С этого момента «Калипсо» то отправлялась искать неуловимую кистепёрую рыбу латимерию, предположительно вымершую свыше 70 миллионов лет назад (но впоследствии выловленную живой), то гигантских кальмаров, то обломки каравелл Колумба. Кусто изучал акул, раскрывал тайны затонувшего материка Атлантиды, посетил на «Калипсо» острова Клиппертон и Кларион, выходил в поход для борьбы за сохранение коралловых рифов.

Невероятные истории сопутствовали жизни и карьере Кусто. Например, учёный и его помощники утверждали, что в глубинах озера Титикака на высокогорном плато в Южной Америке обитают «гигантские черепахи». Поиск продолжался, время уходило, но ни одна черепаха не соблаговолила показаться. Тогда Кусто приказал выпустить в озеро нескольких привезённых издалека черепах и заснять их. Правда это или нет? Поклонники капитана отвергают эту историю как клевету, противники — и среди них бывшие сотрудники — клянутся, что так оно и было.

На протяжении многих лет Симона была для Жак-Ива соратником, помощником, верным другом и только в последнюю очередь женой. «Первая леди» «Калипсо» и первая в мире аквалангистка, она исполняла все поручения Кусто, занималась перепиской, вела переговоры с банкирами и промышленниками, когда требовалось раздобыть средства на очередные исследования. Симона пользовалась любовью всего экипажа «Калипсо»; её с нежностью называли Пастушкой — она заботилась о том, чтобы все были сыты и здоровы.

Дети Жак-Ива и Симоны пошли по стопам отца. Кусто в юности учился в американской школе и своих детей тоже отправил в школы США. Жан-Мишель, менее знаменитый участник плаваний на «Калипсо», стал инженером-кораблестроителем, позже занимался в США образовательными проектами в области биологии моря. Филипп Кусто, аквалангист и писатель, которому супили яркое будущее в морских исследованиях и журналистике, погиб в 1979 году во время приводнения гидросамолёта.

Симона тяжело переживала гибель сына. Она пристрастилась к алкоголю. Жак-Ив нашёл утешение у Франсины Трипле. Они познакомились в 1976 году. Молодая очаровательная стюардесса «Эр Франс» годилась знаменитому исследователю во внучки — разница в возрасте между ними составляла почти сорок лет. Франсина своей энергией и оптимизмом заражала всех вокруг, и рядом с ней Кусто как будто помолодел.

Свой роман Кусто тщательно скрывал от жены — он не решался на развод. Только после смерти Симоны Франсина стала мадам Кусто. Соблюсти все формальности было необходимо хотя бы потому, что у них росли дети: Диана и Пьер-Ив должны были иметь такие же права на наследство, как и их сводный брат.

Кусто умел привлечь внимание к своей персоне. Если на собраниях во Французской академии наук он появлялся в академической мантии, то на церемонии в Брюсселе, когда Свободный университет Брюсселя присвоил ему звание почётного доктора, Жак-Ив вышел на сцену в свитере, джинсах и кроссовках.