Великая Отечественная война привнесла много нового в теорию и практику управления войсками. В сложных условиях обстановки с первых дней войны требовалось быстро и решительно перестроить всю систему управления. Уже 30 июня 1941 года, то есть всего через восемь дней после начала войны, был создан чрезвычайный орган — Государственный Комитет Обороны, а десятью днями позже — Ставка Верховного Главнокомандования во главе со И. В. Сталиным.

Ставка ВГК работала на принципах централизованного руководства всеми военными действиями на суше, в воздухе и на море, а также партизанским движением. Ее рабочим органом был Генеральный штаб РККА. По мнению выдающихся полководцев, в их числе и прежде всего Маршалов Советского Союза Г. К. Жукова и А. М. Василевского, деятельность Ставки ВГК была неотделима от И. Сталина.

Видное место в руководстве войсками фронтов с 10 июля 1941 года занимали главные командования стратегических направлений (Северо-Западное — под руководством К. Ворошилова; Западное — С. Тимошенко, а с 1 февраля 1942 года — Г. Жукова; Юго-Западное — С. Буденного, а затем С. Тимошенко; Северо-Кавказское — С. Буденного). Это были новые органы оперативно-стратегического руководства войсками фронтов, созданные по принципу «ближний судит лучше дальнего». Все главнокомандующие направлениями являлись членами Ставки ВГК и были наделены большими правами и полномочиями по руководству подчиненными войсками.

Некоторые авторы утверждают прямо противоположное, а именно: дескать, И. Сталин, будучи приверженцем крайнего сосредоточения всей полноты власти в своих руках, не пошел на предоставление больших прав главнокомандующим направлениями. Он якобы не считался с ними и не прочь был принизить их значение и влияние на войска, фактически умаляя их роль в организации и осуществлении крупных операций по разгрому врага. С подобным мнением вряд ли можно согласиться. Известно, что твердость и непрерывность управления войсками всегда достигалась при соблюдении таких незыблемых принципов, как единство командования; полное доверие к исполнителю сверху и его авторитет среди подчиненных; предоставление исполнителю соответствующих полномочий. Нарушение этих принципов всегда приводило к тяжелым последствиям.

Все названные функции в полной мере были переданы главнокомандующим войсками направлений. На то время и Тимошенко, и Жуков, и Ворошилов, и Буденный олицетворяли единство командования войсками ряда фронтов на соответствующем театре военных действий (стратегическом направлении). Они обладали практически неограниченными полномочиями и правами по отношению к подчиненным войскам, а также имели полную самостоятельность в выборе способов действий войск. Безусловно, методы их управленческой деятельности определялись задачами, которые ставили Ставка ВГК и лично И. Сталин, но верно и то, что эти методы зависели от личных качеств каждого главкома, стратегической обстановки, действий противника и своих войск.

Исторически справедливо отметить, что в тот катастрофически тяжелый период войны все главные командования направлений сыграли позитивную роль. С лета 1942 года Ставка ВГК при руководстве войсками фронтов стала опираться на своих представителей, которые непосредственно координировали действия фронтов, дальней авиации, флотов и партизан. В организации и проведении масштабных операций ярко проявился полководческий талант представителей Ставки ВГК Маршалов Советского Союза Г. Жукова, А. Василевского, С. Тимошенко и других видных военачальников.

Оперативное руководство вооруженной борьбы непосредственно на полях сражений обеспечивали командующие фронтами и армиями со своими штабами. Обычно они принимали решения на основе директив Ставки ВГК. В решениях определялись цели предстоящей операции, задачи армий, авиации и других родов войск, распределялись силы и средства, намечались основы взаимодействия и организации управления. После утверждения Ставкой ВГК таких решений в форме планов операций до войск доводились задачи и принимались меры к их выполнению. Успешно осуществляли руководство войсками в операциях командующие фронтами Г. Жуков, А. Василевский, К. Рокоссовский, И. Конев, Р. Малиновский, Л. Говоров, Н. Ватутин, И. Баграмян, А. Еременко, К. Мерецков, В. Соколовский, Ф. Толбухин, И. Петров!

Большая роль в планировании и подготовке операций, организации взаимодействия, всестороннего обеспечения и управления войсками принадлежала штабам. Отмечая их заслуги в успешном проведении операций, И. Сталин распорядился, чтобы все приказы Верховного Главнокомандующего адресовались не только командующему, но и персонально начальнику штаба фронта. Тем самым И. Сталин как бы поднимал штабы фронтов на самый высокий, знаковый уровень. Это было реальным признанием важной роли этих штабов и их начальников — М. Захарова, С. Бирюзова, С. Иванова, В. Курасова, М. Малинина, Г. Маландина и других.

В ходе операций фронтовые и армейские командования всегда находились там, откуда можно было осуществлять твердое и непрерывное управление войсками. Для этого принимались меры, позволяющие приблизить пункты управления к решающим участкам сражений и боев, более четко определить места командиров в бою, прочно внедрять в практику их работы непосредственную организацию боя на местности. Все это существенно улучшало управление войсками, повышало его устойчивость и гибкость и являлось важным фактором достижения успеха.