В соответствии с приказом Ставки Сибирская флотилия должна была обеспечивать охрану движения каравана барж, шедшего с большим количеством военного снаряжения с устья реки Оби в Томск, а также защищать подступы к Омску.

Мысль о скорой сдаче Тобольска Ставкой тогда не допускалась. Из Усть-Ишима, куда добрались суда флотилии, экипаж «Катуни» поддержал небольшую операцию по высадке десанта у деревни Новой, где, как сообщали впоследствии, несколько большевиков, а главным образом местные жители, отрезали обоз Боткинской дивизии. В этом десанте участвовал и экипаж парохода «Зайсон».

На берег высадилась комендантская команда Боткинской дивизии и добровольцы с «Зайсона».

Большевики тем временем уже подступили к Усть-Ишиму и быстро продвигались по Ишимскому тракту. Ввиду столь быстрого наступления красных взаимодействие поддерживающего оборону города судна «Катуни» с сухопутными частями нарушилось.

В обстановке полного отсутствия связи со штабами на берегу командир судна принял решение об отводе судна к Таре. Ретирада заняла дня три-четыре. Придя в село Знаменское, «Катунь» задержалась там всего на несколько часов и вскоре достигла пункта своего назначения. Из Тары командир «Катуни» связался с командованием флотилии и просил повлиять на то, чтобы прислали хотя бы какое-нибудь подкрепление, а также придали флотилии батальон морских стрелков для возможных десантных операций.

От защитников Усть-Ишима в Ставку было направлено донесение с указанием важности защиты Тобольского направления, а также описанием текущего тактического положения Боткинской дивизии. В полученном Ставкой донесении подчеркивалась полная невозможность что-либо предпринять флотилии для поддержки сухопутных сил воткинцев без подкрепления.

В ответ на это пришла телеграмма, что из всех войск, действующих на тобольском направлении, уже образовалась Тобольская группа во главе с генералом Редько. Из группы идет подкрепление для Боткинской дивизии в составе 600 человек, к которому при необходимости будет придан полк в составе 1200 человек и батальон морских стрелков.

Но эти поспешно сформированные силы уже не могли изменить общую обстановку на фронте, а тем более существенно поддержать флотилию, да и сама она едва ли могла повлиять в лучшую сторону на перемены на данном направлении.

Успешные действия Сибирской флотилии под Тобольском и на Иртыше были остановлены наступавшими холодами, вынудившими всю Обь-Иртышскую флотилию отправиться в порт Томска. Там она оказалась в невольной ловушке, ибо после катастрофы на всех фронтах корабли, стоявшие у городской пристани, были атакованы и захвачены красными, подавившими слабое сопротивление оставшихся на них немногочисленных команд.

В январе 1920 года около Красноярска большевистские части окружили отступавшую группу морских офицеров, среди которых был и сам командующий флотилией капитан 1-го ранга Петр Петрович Феодосьев.

В ходе неравного боя красные захватили в плен немногих уцелевших моряков, но сам командующий был ими убит. Отдельные офицеры флотилии, которым посчастливилось избежать плена, путем невероятных приключений, почти всегда сопряженных с риском для жизни, в одиночку и небольшими группами, добрались до Дальнего Востока, где Белая борьба уже вступала в свою заключительную фазу.

На всем протяжении Гражданской войны Дальний Восток являлся для белых речных флотилий глубоким тылом. Согласно приказу № 16 от 23 ноября 1918 года старший морской начальник флотилий именовался помощником Верховного уполномоченного на Дальнем Востоке по морской части и был впоследствии переименован в командующего Морскими силами на Дальнем Востоке с подчинением ему Сибирской и Амурской флотилий.

Во Владивостоке был расквартирован один из батальонов морских стрелков. Он носил такую же форму, что и вся бригада, а основным наружным знаком, как на Дальнем Востоке, так и в Сибири, стала нарукавная нашивка, носившаяся её чинами на левом рукаве в виде синего адмиралтейского якоря.

Нашивка была либо выделана из ткани синего цвета, либо вышита нитками. Её носили как офицеры бригады, так и её нижние чины.

Из имевших отношение к флоту учреждений в городе были открыты Морское училище и радиошкола. В Томске была учреждена Машинно-моторная школа, а в Красноярске — Артиллерийская мастерская, готовившая Сибирской и Тихоокеанской флотилиям соответствующих специалистов.

Выпускники этих учебных заведений при желании сразу же зачислялись в экипажи судов и свою первую практику проходили в условиях самой настоящей речной войны.

Несмотря на отсутствие крупномасштабных военных операций, важность участия Сибирской и Тихоокеанской флотилий в боевых действиях против красных было трудно переоценить. Их поддержка в ходе десантов артиллерийским огнем по береговым объектам с воды являлась хорошим подспорьем сухопутным силам.

К середине 1920 года штаб Дальневосточной армии атамана Семенова разработал план крупных наступательных операций против забайкальского красного партизана Якимова в районе Нерчинского завода.

В ходе их реализации сильные пехотные и кавалерийские части Дальневосточной армии успешно били большевиков, но при этом несли большие потери ранеными, терпели великую нужду в боеприпасах и перевязочных материалах.