После нападения Германии на Польшу городок, в котором находилась тюрьма, где сидел Бандера, подвергся бомбардировке, тюремная охрана разбежалась и Бандера, которого выпустили из камеры-одиночки освободившиеся заключенные, 13 сентября 1939 года оказывается на свободе, после чего восстанавливает свои связи с Абвером. Затем Бандера перебирается в Вену, где находятся верные ему ОУНовцы.

Связь Бандеры с Абвером подтверждают показания на Нюрнбергском процессе заместителя Вильгельма Канариса, начальника 2-го отдела Абвера (Абвер-2) генерала Эрвина Лахузена и его заместителя полковника Абвера Эрвина Штольце. Полковник Штольце свидетельствовал: «Выполняя полученные указания Кейтеля и Иодля, я связался с находившимися на службе в германской разведке украинскими националистами. … В частности, мною лично было дано указание руководителям украинских националистов германским агентам Мельнику (кличка «Консул-1») и Бандере организовывать сразу же после нападения Германии на Советский Союз провокационные выступления на Украине. … В октябре 1939 года я с Лахузеном привлек Бандеру к непосредственной работе в Абвере. По своей характеристике Бандера был энергичным агентом и одновременно большим демагогом, карьеристом, фанатиком и бандитом, который пренебрегал всеми принципами человеческой морали для достижения своей цели, всегда готовый совершить любые преступления. Агентурные отношения с Бандерой поддерживал в то время Лахузен, я — полковник Э. Штольце, майор Дюринг, зондерфюрер Маркерт и другие…»

Использование немцами Бандеры было связано с приближающимся немецким вторжением в Советский Союз, в связи с чем «услуг» одного Мельника было уже явно недостаточно.

При помощи Абвера в феврале 1940 года Бандера созывает в Кракове конференцию своих сторонников. На ней выносится смертный приговор членам «триумвирата» и многим сторонникам Мельника. Исполнением приговоров занялась Служба Бэзпэкы (безопасности), только что созданная по образу и подобию немецкой СД (Sicherheistdienst — нацистская секретная служба безопасности, разведывательное управление СС).

Службу Бэзпэкы (СБ) возглавил Лебедь и Арсенич (по отзывам коллег Арсенич был самым лютым бандеровцем, и признавал только физическое уничтожение: именно он 27 октября 1943 года подписал директиву, требовавшую за самовольные выступления против немцев карать виновных, вплоть до расстрела).

В течение нескольких месяцев после конференции СБ было убито около 400 мельниковцев; сторонники Мельника в ответ на это убили свыше 200 бандеровцев. Но, несмотря на это, 5 апреля 1940 года Бандера побывал у Мельника в его итальянской резиденции и потребовал в соответствии с краковской «конференцией», отдать власть ему. Мельник пригрозил Бандере трибуналом. Усилия Абвера по примирению ОУН ничего не дали. В апреле 1941 года бандеровцы созвали «великий сбор» ОУН в Кракове (присутствовали аж 68 делегатов). Решения мельниковцев были аннулированы и проводником (лидером) ОУН был провозглашен Бандера.

ОУН окончательно раскололась на мельниковскую ОУН-м и бандеровскую ОУН-б (она же ОУН-р революционная). Борьба за власть и убийства членов соперничавших группировок породила их лютую ненависть друг к другу. И с этой ненавистью могла сравниться только их ненависть к русским, полякам и евреям.

Немцы использовали услуги ОУНовцев обеих группировок — готовили из них диверсионные отряды. ОУНовцы (и мельниковцы и бандеровцы) во всем безусловно поддерживали фашистов. Но ни о каком равенстве между немцами и ОУНовцами не могло быть и речи: для немцев борцы за нэзалэжнисть, несмотря на исповедуемую ими фашистскую идеологию, были такими же untermenschen — недолюдьми, человеческим навозом, такими же как и остальные славяне. Выражаясь современным языком для гитлеровцев ОУНовцы были «полезными идиотами» и выполняли за фашистов всю самую грязную работу: их использовали для поддержания Нового порядка в Польше, и планировали использовать для осуществления крупномасштабной диверсионной деятельности после начала войны против СССР. И в начале войны практически только они использовались немцами в карательных операциях. Психику своих солдат немцы берегли.

В 1940 году с санкции генерал-губернатора Польши Г. Франка был учрежден Украинский Центральный Комитет (УЦК), который нес ответственность за все украинские организации на территории генерал-губернаторства, включая печать, школы, больницы, местную администрацию и полицию. Главой УЦК был назначен сочувствующий ОУН беспартийный профессор географии В. Кубийович. Он обладал «повышенной плавучестью», что позволяло ему процветать при любом режиме. При фашистах он пользовался доверием и поддержкой не только Г. Франка, но и самого шефа Гестапо Г. Мюллера. После поражения гитлеровцев Кубийович благополучно перемещается в Западную Европу и начинает заниматься украинофильской наукой: в 1947 году он становится генеральным секретарем, а с 1952 года председателем европейского отделения уже упоминавшегося Наукового Общества имени Т. Шевченко.

Но самым значительным результатом деятельности Кубийовича было не издание энциклопедий по «украинскому вопросу», а участие в 1943 году в организации украинской добровольческой дивизии СС «Галициен».

В марте 1941 года по приказу шефа Абвера Вильгельма Канариса (согласованного с Риббентропом и Кейтелем), под руководством полномочного представителя Абвера Теодора Оберлендера, Бандера формирует батальон — «Нахтигаль» (соловей) имени Степана Бандеры (чего не сделаешь ради себя любимого), который входит в состав соединения «Бранденбург-800».

В апреле 1941 г. (уже без участия Бандеры) было создано второе аналогичное соединение — батальон «Роланд» имени Симона Петлюры и Евгения Коновальца. «Роланд» также входил в состав «Бранденбург-800». Целью деятельности этих формирований было проведение диверсий на фронте и в тылу врага, а также проведение карательных операций (преимущественно против партизан и сочувствующего им гражданского населения) Офицерский состав обоих батальонов комплектовался как из немцев, так и украинских националистов, большинством рядовых были украинцы.

Это событие явилось началом практической реализации немецких планов по использованию ОУНовцев. Еще в начале 1938 года, когда в Европе все отчетливее начало пахнуть порохом, руководитель Абвера адмирал Канарис, по указанию Гитлера, созвал совещание начальников ведущих отделов своего ведомства, перед которыми поставил задачу о использовании возможностей ОУН для организации подрывной деятельности против СССР. Главная роль в этой работе отводилась начальникам отделов Штольце и Лахузену.

На Нюрнбергском процессе по этому поводу Штольце сказал следующее: «В начале 1938 года получил указание от Канариса о переключении имеющейся агентуры из числа украинских националистов на непосредственную работу против Советского Союза. Через некоторое время на квартире петлюровского генерала Курмановича я осуществил встречу с Коновальцем, которому передал указание Канариса… Коновалец согласился… Об этом Коновалец информировал письменно главу униатской церкви митрополита Шептицкого: «Обращаю внимание Вашей экселенции на то, с какой последовательностью претворяются планы великого фюрера».