Но, как выразился сам Дзержинский, бороться на трех фронтах против германского империализма, против российской буржуазии и против «части пролетариата во главе с Лениным» опаснее, чем заключить мир. Проголосовать за мир Дзержинский по принципиальным соображениям не мог, поэтому при окончательном голосовании воздержался вместе с Троцким. Это позволило принять резолюцию Ленина о мире.

3 марта 1918 года был подписан Брест-Литовский мирный договор между Советской Россией, с одной стороны, и Германией, Австро-Венгрией, Болгарией и Турцией, с другой.

27 августа в Берлине было подписано дополнительное соглашение о выплате Германии огромной контрибуции. Это соглашение Россия в значительной степени успела выполнить. Все территории, захваченные Германией, той же осенью, после немецкой революции, вновь отошли к России, а вот отданное в качестве контрибуции золото так и осталось у немцев.

Больше всех миром с немцами возмущались левые социалисты-революционеры, единственные политические союзники большевиков. Первое время Ленин дорожил союзом с эсерами, которых поддерживало крестьянство. Но это сотрудничество постепенно сходило на нет, потому что они все больше расходились с большевиками. После того как эсеры вышли из правительства, они оставались только в ВЧК и в армии.

4 июля 1918 года в Москве открылся V съезд Советов. Нарком по военным и морским делам Троцкий потребовал расстреливать всех, кто ведет враждебные действия на демаркационной линии с немцами: раз уж подписали мир, не надо постоянно провоцировать немцев.

Эсеры, требовавшие войны с немцами, приняли слова Троцкого на свой счет. С револьвером на боку член ЦК эсеров Борис Камков, заместитель председателя ВЦИК, обрушился с бранью на немецкого посла графа Вильгельма Мирбаха и назвал большевиков «лакеями германского империализма». Камков, отражая настроения эсеров, которые были крестьянской партией, сказал большевикам: «Ваши продотряды и ваши комбеды мы выбросим из деревни за шиворот».

6 июля днем члены ЦК эсеров демонстративно покинули Большой театр, где шел съезд Советов, и собрались в штабе левоэсеровского кавалерийского отряда в Большом Трехсвятительском переулке.

В тот же день в два часа дня сотрудники ВЧК Блюмкин и Андреев прибыли в германское посольство. Они предъявили мандат, на котором была подпись Дзержинского и печать ВЧК, и потребовали встречи с послом Мирбахом. Когда посол вышел к ним, они его убили.

Через час Ленин позвонил Дзержинскому и сообщил об убийстве посла: ВЧК не была тогда еще такой всевластной организацией и многие новости узнавала со стороны.

Импульсивный Дзержинский сразу же поехал в посольство, а оттуда бросился в подчиненный ему отряд ВЧК, которым командовал левый эсер Попов, поскольку полагал, что там, вполне возможно, укрылись убийцы Мирбаха. Но Попов не только отказался выдать Блюмкина и Андреева председателю ВЧК Дзержинскому, но и арестовал самого Феликса Эдмундовича.

После подавления эсеровского мятежа было проведено следствие, в связи с чем Дзержинский временно сложил с себя полномочия председателя ВЧК, которые вернул себе в августе.

Эти два месяца обязанности председателя исполнял Ян Христфорович Петерс, сидевший в тюрьме во время царизма. Впоследствии он был представителем ВЧК в Туркестане, в 1930 году из ОГПУ перешел на партийную работу, в 1938-м его расстреляли. В циркуляре № 47, подписанном Яном Петерсом, говорилось, что ВЧК «в своей деятельности совершенно самостоятельна, производя обыски, аресты, расстрелы, давая после отчет Совнаркому и ВЦИК».

По указанию Ленина 10 июля допросили и самого Дзержинского: он тоже был под подозрением, поскольку в мятеже участвовали его подчиненные. И кроме того, как мог он проморгать, что на его глазах готовится убийство немецкого посла и зреет заговор? Дзержинский рассказал на допросе:

«Приблизительно в половине июня мною были получены сведения, исходящие из германского посольства, подтверждающие слухи о готовящемся покушении на жизнь членов германского посольства и о заговоре против Советской власти.

Членами германского посольства был дан список адресов, где должны были быть обнаружены преступные воззвания и сами заговорщики. Это дело мною было передано для расследования товарищам Петерсу и Лацису. Предпринятые комиссией обыски ничего не обнаружили. В конце июня мне был передан новый материал о готовящихся заговорах… Я пришел к убеждению, что кто-то шантажирует нас и германское посольство».

Подпись Дзержинского на мандате, который Блюмкин предъявил в посольстве, была поддельной, а печать подлинной. Дзержинский объяснил: «Александрович был введен в комиссию в декабре месяце прошлого года по категорическому требованию эсеров. У него хранилась большая печать, которая была приложена к подложному удостоверению от моего якобы имени, при помощи которого Блюмкин и Андреев совершили убийство. Блюмкин был принят в комиссию по рекомендации ЦК левых эсеров».

О своих действиях в день мятежа Дзержинский рассказал следующее: