В 1587 г. военные действия шли с переменным успехом. 20 октября Генрих Наваррский при Кутра разбил армию под командованием королевского миньона герцога Жуаеза, причем, сам Жуаез погиб. Месяц спустя Генрих Гиз в двух сражениях разгромил немецких наемников недалеко от Парижа.

Воодушевленные этой победой и опираясь на мощь Лиги, распространившей свое влияние практически на всю страну, Гизы в январе 1588 г. потребовали от короля удалить миньонов и доверить Лиге руководство ведением войны. Одновременно лигеры вели активную агитацию против Генриха III. Король запретил герцогу Гизу появляться в столице, но тот, тем не менее, приехал 9 мая под предлогом необходимости срочно встретиться с монархом. Появление Гиза воодушевило его сторонников и, когда король приказал ввести в Париж свою швейцарскую гвардию, горожане восстали. 12 мая Париж покрылся баррикадами, швейцарцы были разоружены, Лувр блокирован. На следующий день король бежал в Шартр. Власть в столице перешла к руководителям Лиги. Оставшаяся в Париже Екатерина Медичи сумела добиться примирения Лиги с королем. 21 июля 1588 г. Генрих III издал эдикт, объявлявший гугенотов вне закона и лишавший принцев-протестантов права на наследование короны. Герцог Гиз был назначен главнокомандующим королевскими войсками.

Гибель «Непобедимой Армады» в августе 1588 г. ослабила испанского короля, союзника Лиги. Генрих III попытался воспользоваться этим, чтобы вырваться из-под контроля Гизов. Он удалил их сторонников из правительства, заменив преданными себе людьми. В октябре король созвал в Блуа Генеральные штаты, рассчитывая с их помощью пересмотреть сделанные ранее уступки Лиге. Однако большинство депутатов были ее членами и потребовали от короля продолжения непримиримой борьбы с протестантами. Потеряв терпение, Генрих III приказал верным ему дворянам убить Генриха Гиза. 23 декабря 45 гвардейцев, отобранных королевским миньоном герцогом д'Эперноном, убили герцога Гиза в замке Блуа. На следующий день был казнен кардинал Гиз. Наиболее активные лигеры из числа депутатов Генеральных штатов подверглись аресту, а сами Штаты 15 января 1789 г. были распущены. За два дня до этого умерла Екатерина Медичи.

Весть об убийстве вождей Лиги вызвала в Париже анти-роялистское восстание. Власть перешла в руки «Совета сорока», состоявшего из представителей всех трех сословий. Совет провозгласил герцога Майенского наместником королевства. Это восстание поддержали и многие другие города, где также были сильны позиции Лиги.

Армия герцога Майенского повела успешное наступление против войск короля, и тому не оставалось ничего другого, как заключить союз с Генрихом Наваррским. 14 апреля 1589 г. такое соглашение было подписано, и армии двух Генрихов двинулись к Парижу. Когда они уже приближались к столице, 1 августа в Сен-Клу фанатично настроенный монах Жак Клеман нанес кинжалом смертельную рану Генриху III. Умирая, тот признал Генриха Наваррского своим наследником и просил его принять католичество. На другой день король скончался. С его смертью прервалась династия Валуа.

После смерти Генриха III новым королем, согласно салическому праву, по которому во Франции происходило престолонаследие, должен был стать ближайший родственник покойного монарха по мужской линии Генрих Бурбон, король Наварры. Умелый полководец и правитель, тонкий дипломат, Генрих IV, тем не менее, имел один большой «недостаток»– был протестантом. И этот «недостаток», в глазах французских католиков, составлявших большинство населения страны, перевешивал все достоинства нового монарха. Вот почему в областях, находившихся под контролем Католической лиги, а таковые составляли почти 5/6 территории Франции, Генриха IV королем не признали. Свое королевство ему еще только предстояло завоевать.

Хотя в последние месяцы жизни Генриха III Генрих Наваррский был его союзником, окружение покойного монарха достаточно настороженно отнеслось к преемнику. Некоторые заняли выжидательную позицию, как, например, покинувший двор герцог д'Эпернон, другие попытались договориться с новым королем. По итогам этих переговоров, Генрих IV подписал в Сен-Клу 4 августа 1589 г. Декларацию, в которой обещал уважать католическую веру и ничего не менять в религиозном устройстве Франции. Через шесть месяцев предполагалось созвать Генеральные штаты.

Не обладая достаточными силами для немедленного наступления на столицу, Генрих IV повел армию в Нормандию, чтобы обеспечить коммуникации с Англией, откуда гугеноты получали финансовую и военную помощь. Туда же во главе армии Лиги направился и герцог Майенский. В сентябре 1589 г. Генрих IV в нескольких боях разбил его под Арком. Окрыленный победой он попытался захватить и Париж, но был выбит из пригородов столицы герцогом Майенским и отступил в долину Луары.

Получив подкрепление из Испании, лигеры весной 1590 г. снова предприняли наступление в Нормандии. Впрочем, уже 14 марта Генрих IV разгромил испанскую кавалерию при Иври, после чего опять двинулся на Париж и в мае осадил столицу. Вскоре в городе начался голод, вспыхнули болезни, однако фанатично настроенное население, чье религиозное рвение усердно подогревалось монахами-проповедниками, стойко переносило лишения. Тех, кто осмеливался подать голос в пользу примирения, казнили. На помощь осажденным пришли испанские войска. После смерти в мае 1590 г. кардинала Бурбона, католического претендента на корону, король Испании Филипп II решил возвести на французский престол свою дочь от брака с Елизаветой Валуа (дочерью Генриха II) и, дабы поддержать ее права, направил во Францию армию. В сентябре 1590 г. испанцы прорвали блокаду Парижа и вынудили Генриха IV снять осаду.

Из-за прямого вмешательства испанцев, все попытки Генриха IV в 1591 г. добиться решающего перевеса над Лигой не увенчались успехом. Тем не менее, в лагере ее сторонников наметились серьезные противоречия. Ведущая роль в органах городского управления Парижа принадлежала наиболее непримиримо настроенным лигерам, опиравшимся на охваченный фанатизмом плебс. Они с недоверием относились к зажиточным буржуа и, в частности, к судейской аристократии, подозревая их в готовности к компромиссу с королем-гугенотом. В ноябре 1591 г. по такому подозрению фанатики без суда повесили президента и двух советников парламента. Этот акт террора испугал городскую элиту, которую все больше тяготило возросшее политическое влияние «низов». В ее рядах усилились настроения в пользу скорейшего прекращения гражданской усобицы и восстановления сильной центральной власти, способной держать плебс в повиновении. Однако принять короля-иноверца не могли даже умеренные лигеры.

Зная о подобных настроениях в лагере Лиги, католические сторонники Генриха IV все настойчивее требовали от него перехода в католицизм. Весной 1592 г., когда их недовольство достигло угрожающих размеров, король обещал им получить наставление в католической вере. Этим шагом он не только удержал их на своей стороне, но и приобрел новых соратников, таких, как герцог д'Эпернон. Кампания 1592 г. оказалась для короля весьма успешной. Его полководцы Ледигьер, д'Эпернон и герцог Генрих Буйонский одержали победы над союзниками Испании и Лиги – герцогами Савойским и Лотарингским. Армия самого Генриха IV вышла на подступы к Парижу.