Наиболее важным итогом столь быстро и успешно осуществленной конкисты испанские монархи считали овладение богатыми источниками драгоценных металлов, большая часть которых оказалась в метрополии. В целях увеличения потока драгоценностей из Америки испанская королевская чета Фердинанд и Изабелла разрешила переселяться в Новый Свет всем испанским подданным, принявшим обязательство две трети всего добытого ими золота вносить в испанскую казну. На сходных условиях короли разрешали организовывать новые экспедиции и помогали их оснащать.

В условиях военной обстановки формировались основы колониальной системы, которая была полностью направлена на удовлетворение потребностей метрополии без учета задач внутреннего развития покоренных территорий. Система принимала формы примитивного ограбления покоренных стран и народов. Происходило фактическое порабощение местного населения и раздел колониальных земель вместе с жившими на них индейцами между крупными собственниками. Эта система получила название репартимьенто (исп. repartimiento – «распределение»).

Следующий этап экономического освоения американских территорий начался в 40-е годы XVI в. Он характеризовался, с одной стороны, формированием аппарата колониальной администрации. Уже в первой половине XVI в. испанской короной было создано два вице-королевства: Новая Испания (Мексика, Центральная Америка, Венесуэла, Карибские острова) и Перу (остальные части покоренной Южной Америки). Ряд областей в их составе располагали фактической автономией и управлялись генерал-капитанами (Санто-Доминго, Гватемала и др.). Главы всех административных единиц представляли испанского короля и назначались исключительно из испанской знати. С другой стороны упорядочивалась экономическая жизнь в целях извлечения максимальной прибыли от эксплуатации местного населения и природных ресурсов.

Поощрялось сельскохозяйственное освоение земель. Земля и недра оставались собственностью монархов метрополии, которые признавали неотчуждаемыми только майораты, земли общинников, церкви и монастырей. Крупные собственники земли – латифундисты – пользовались большим влиянием в колониальном обществе. Повсюду, на пригодных для обработки землях создавалось плантационное хозяйство, основанное на принудительном труде завезенных из Африки рабов, каторжников из Европы, а также индейцев-общинников.

В основе созданной в колониях Испании иерархической системы оказалась политика консервации индейской общины. Организовать в кратчайшие сроки более или менее эффективный аппарат колониального управления в районах, где уже существовали раннеклассовые общества, можно было, адаптировав к своим потребностям отлаженный на протяжении веков и привычный для населения механизм осуществления господства правящей элиты. Испанская монархия и католическая церковь воспользовались традициями деспотической власти инкской и месоамериканских цивилизаций, объявив, что верховная власть над подданными индейских империй переходит от прежних правителей к испанскому королю, который возглавляет властную пирамиду в обществе. Симбиоз испанского феодализма с общинным строем индейцев привел к созданию экономической системы, склонной к стагнации. Общинная организация труда облегчала внеэкономическое принуждение индейцев.

На обширных плантациях производилась преимущественно продукция для экспортной торговли. Система репартимиенто не отвечала новым задачам и постепенно была вытеснена системой энкомьенды (исп. encomienda – «попечительство», «защита», «покровительство»). Индейцы, номинально считавшиеся свободными, объявлялись собственностью испанского короля, который передавал их на попечение (энкомьенду) отличившимся конкистадорам – энкомендеро. Закабаление индейцев было произведено методами, которые успешно применялись в самой Испании периода Реконкисты (IX–XIV вв.) Энкомьенда тогда предусматривала передачу поселений «под защиту» военно-религиозных орденов или лиц, облеченных властью, которые после принятия на себя обязательств, становились «энкомендеро».

Устаревший феодальный институт энкомьенды оказался вполне уместен в Испанской Америке. Фактически закрепощенные индейцы должны были выплачивать налог в пользу своего энкомендеро, оказывать ему «личные услуги» в качестве домашней челяди, выполнять трудовые повинности на его землях, рудниках, мануфактурах. Оформление энкомьенды стало отправным пунктом формирования крупной земельной собственности в Латинской Америке. Королевская власть, передавая контроль над индейскими поселениями частным лицам, решала сразу несколько задач. Главным было то, что конкистадоры превращались в легитимных феодальных сеньоров, которые получали в свое распоряжение рабочие руки. Рост их социального статуса позволял упорядочить взаимоотношения с королевской властью, и регулярно отправлять в казну четвертую часть поборов с индейцев-общинников. Общинная верхушка – касики – служила удобным буфером между рядовыми общинниками и колонизаторами.

Беспощадная эксплуатация индейцев сопровождалась приобщением их к христианским обычаям, что также возлагалось на энкомендеро. По мнению ряда исследователей, энкомьенда являлась одновременно и формой социально-экономической эксплуатации, и средством превращения местного населения в смиренных христиан, безропотно принимавших свое новое положение. Не следует преуменьшать и военного значения энкомьенды. В условиях, когда отправка профессиональных армейских подразделений в американские колонии была дорогостоящей и затруднительной операцией, военные отряды, организованные из индейцев, обученных и снаряженных отдельными энкомендеро, стоявшими во главе и отвечавшими за боевой дух своих солдат, были важным элементом поддержания порядка. Отряды использовались для проведения карательных экспедиций, в том числе подавления индейских восстаний в соседних районах. Такого рода военная служба была обязательной для индейских мужчин повинностью. После выполнения задания ополченцы возвращались к мирному труду.