В 1798—1799 годах Бессьер участвовал в Египетском походе Наполеона Бонапарта, во время которого он уже возглавлял отряд охраны штаб-квартиры армии. Отличился при осаде крепости Сен-Жан д’Акр и в сражении при Абукире (25 июля 1799 года), где был уничтожен 16-тысячный турецкий корпус под командованием Мустафы-паши. Вернулся во Францию вместе с генералом Бонапартом.

Активно участвовал в перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 года), после которого был назначен командиром конных гренадеров Консульской гвардии (декабрь 1799 года).

Участвовал в Итальянской кампании 1800 года. Отличился в сражении при Маренго, где возглавляемая Бессьером гвардейская кавалерия произвела последнюю решающую атаку, завершившую разгром австрийцев. За этот подвиг был произведен в бригадные генералы (июль 1800).

В ноябре 1801 года назначен заместителем генерала Ж. Ланна (командующий Консульской гвардией) и командующим гвардейской кавалерией, а в 1802 году получил чин дивизионного генерала.

Наполеон высоко оценил боевые заслуги Бессьера, наградив его орденом Почетного легиона (1803), командорским крестом ордена Почетного легиона (1804), произвел в маршалы Франции (19 мая 1804 года), назначил генерал-полковником гвардейской кавалерии (июль 1804 года) и, наконец, пожаловал ему высшую награду наполеоновской Франции — Большой крест ордена Почетного легиона (февраль 1805 года).

В кампаниях 1805 и 1806—1807 годов Бессьер командовал Императорской гвардией, участвовал в сражениях при Ульме, Йене, Гейльсберге и Фридланде. Но особенно отличилась гвардия в сражениях при Аустерлице и Прейсиш-Эйлау.

После заключения Тильзитского мира Наполеон назначил Бессьера послом в Вюртемберг (август 1807 года), но уже через несколько месяцев снова призвал его под свои боевые знамена.

Летом 1808 года Бессьер возглавил 2-й корпус (23 тысяч человек) французской армии в Испании. 14 июля 1808 года он с 10-тысячным отрядом разгромил при Медина дель Рио-Секо 30-тысячную испанскую армию генерала Куэста. Эта блестящая победа стала звездным часом в боевой биографии маршала. Затем возглавляемые Бессьером войска внесли решающий вклад в достижение успеха в сражениях при Бургосе, Сомо-Сьерре (30 ноября 1808 года) и Гвадалахаре.

В начале 1809 года был отозван из Испании и назначен командующим всей резервной кавалерией Великой армии, заменив на этом посту маршала И. Мюрата.

Участвовал в войне 1809 года против Австрии. Нанес поражение австрийцам при Ландсгуте и Эберсберге, дважды (при Слеттене и Неймарке) разбил австрийский корпус генерала Гиллера. Особо отличился в неудачном для французов сражении при Эслинге (21 мая 1809 года). В ожесточенных атаках его кавалерия понесла тяжелые потери, а затем прикрывала отход французской армии. Когда маршал Ж. Ланн был смертельно ранен, то командование правым флангом армии принял Бессьер. При поддержке гвардии ему удалось отразить все атаки австрийцев на Эслинг и спасти армию от разгрома. В сражении при Ваграме (6 июля 1809 года) пушечное ядро рикошетом сбило Бессьера с лошади. Вся конница уже оплакивала смерть своего начальника, но он отделался только сильной контузией, не оставил поля сражения и внес весомый вклад в его успешный для французов исход. Наградой Бессьеру за его заслуги в кампанию 1809 года был титул герцога Истрийского.

Осенью 1809 года назначен командующим Северной армией в Нидерландах, сменив на этом посту маршала Ж. Бернадота. Но к этому времени уже стало ясно, что Валхернская экспедиция англичан закончилась полным провалом, их основные силы спешно покидали Голландию. Преследуя противника, войска Бессьера к концу декабря 1809 года овладели г. Флиссинген, завершив этим операцию по вытеснению английского десанта из Голландии. В 1810 году Бессьер командовал французскими войсками в Голландии, которая в этом же году была присоединена к Франции, а ее формальная независимость ликвидирована.

В январе 1811 года назначен генерал-губернатором Старой Кастилии и Леона в Испании. На этом посту Бессьер проявил себя как умелый администратор и благоразумный политик, благодаря чему на подконтрольной ему территории приобрел признательность населения, в том числе даже самого озлобленного против французов.

В войне 1812 года против России Бессьер снова командовал конной гвардией (около 6 тыс. сабель). Однако за всю кампанию она ни разу не была введена Наполеоном в сражение, составляя его резерв в сражениях под Смоленском, Бородино и Малоярославцем. Однако сохранить конную гвардию во время этого трагического для Великой армии похода Наполеону и Бессьеру не удалось — вся она погибла в русских снегах.

26—28 ноября 1812 года Бессьер участвовал в сражении на р. Березине, где командовал остатками конной гвардии (около 3 тыс. человек, из них более половины спешенные кавалеристы). После этого сражения в строю у Бессьера осталось немногим более 2 тыс. человек. В последующие дни, в ходе отступления к границе, основная часть их погибла или попала в плен.

В кампании 1813 года в Германии Бессьер снова командовал всей резервной кавалерией Великой армии. Убит прямым попаданием пушечного ядра в бою под Вайсенфельсом, накануне Лютценского сражения, когда французские войска с боем прорывались сквозь теснину Риппах.

Насколько Бессьер был популярен в войсках, особенно в гвардии, можно судить по тому, что было сочтено целесообразным до окончания боя не сообщать армии о его гибели. Наполеон приказал похоронить своего старого боевого соратника со всеми воинскими почестями в Париже, в церкви Дома инвалидов. Саксонский король поставил на месте гибели маршала памятник. Кроме французских наград Бессьер имел иностранные ордена высших степеней: Железной короны (Италия), Св. Леопольда (Австрия), Христа (Португалия), Св. Генриха (Саксония) и Золотого орла (Вюртемберг).