Эти события имели для Реформации чрезвычайно серьезные последствия. Ответственность за восстание католические князья возлагали на лютеран, и с этого времени даже самые умеренные среди них начали искоренять ересь на своих территориях. Значительное число крестьян, убежденных, что Лютер предал их, либо вернулись к старой вере, либо стали анабаптистами. В то время как Германия переживала период смут и беспорядков, перед умеренными католиками в Европе встал вопрос о выборе между Лютером и его противниками. Эразм Роттердамский, самый известный из гуманистов, на первых этапах лютеранского движения относился к нему благосклонно, хотя посеянная им вражда была ему не по душе. Он очень не любил разногласия и расколы, поэтому предпочитал не вмешиваться в полемику. Но он был слишком известен, чтобы позволить себе такую роскошь, и в конце концов ему пришлось сделать выбор. Он часто критиковал невежество и коррупцию духовенства, но никогда не призывал к коренному пересмотру богословия, поэтому, встав перед необходимостью высказать свое мнение, он был вынужден принять сторону противников Лютера.

Вместе с тем Эразм избрал свое собственное поле битвы. Он не стал критиковать Лютера по таким вопросам, как оправдание верой, евхаристическая служба, жертва или авторитет папы, а поднял вопрос о свободной воле. Учение о предопределении Лютер провозгласил, во-первых, потому, что оно логически вытекало из положения об оправдании верой как дара Божьего, и, во-вторых, потому, что оно в значительной мере подкреплялось авторитетами Павла и Августина. Именно по этому пункту Эразм и подверг его критике, опубликовав трактат на тему о свободной воле.

В своем ответе Лютер поблагодарил Эразма за проявленную мудрость и сосредоточение на коренной проблеме, а не на второстепенных вопросах типа продажи индульгенций, мощей святых и тому подобного. Но вслед за этим он с характерной для него страстностью начал отстаивать свою собственную правоту. По его мнению, Эразм в своем представлении о свободной воле языческих философов и современных ему моралистов не учитывает огромной силы греха. Сами мы не способны избавиться от него. Получить оправдание и освободиться от силы зла мы можем только благодаря божественному вмешательству. Поэтому когда речь заходит о служении Богу, наша хваленая свободная воля сама по себе сделать ничего не может. Оправдание мы получаем только по Божьей инициативе, только благодаря божественному предопределению.

Полемика между Лютером и Эразмом побудила большинство гуманистов отойти от Лютера. Немногие, например Филипп Меланхтон, продолжали оказывать ему твердую поддержку, не порывая сердечных отношений с Эразмом и его друзьями. Но они отнюдь не составляли большинства, так что полемика о предопределении и свободной воле положила конец надеждам на тесное сотрудничество между сторонниками Лютера и гуманистами.

В ходе всех этих событий и в отсутствие императора надо было как-то управлять империей. Учитывая, что Карл V покинул страну почти сразу после Вормсского рейхстага и что направленный против Лютера эдикт был принят под давлением императора, никто и не думал исполнять его. Следующий имперский рейхстаг, собравшийся в Нюрнберге в 1523 году, провозгласил политику терпимости в отношении лютеранства, несмотря на протесты папских и императорских легатов.

В 1526 году, когда Карл был занят войной с Франциском 1 и папой Климентом VII, Шпейерский рейхстаг официально отменил Вормсский эдикт и предоставил каждому из многочисленных германских государств свободу в выборе вероисповедания. Австрия и многие южные германские земли избрали католичество, а в других частях империи начали внедрять принципы начатой Лютером Реформации. Таким образом, Германия представляла собой некую религиозную мозаику.

В 1529 году второй Шпейерский рейхстаг избрал иной курс. В это время снова возникла угроза вмешательства императора, и князья, занимавшие ранее вполне умеренную позицию, перешли в ряды убежденных католиков. В результате решение Вормсского рейхстага было восстановлено. Это побудило князей, поддерживавших Лютера, выступить с официальным протестом, после чего их стали называть "протестантами".

В 1530 году Карл V наконец вернулся в Германию для участия в Аугсбургском рейхстаге. В Вормсе император отказался выслушать аргументацию Лютера. Теперь же, учитывая поворот событий, он потребовал систематизированного изложения спорных вопросов. Этот документ, главным составителем которого был Филипп Меланхтон, получил название "Аугсбургского исповедания". Изначально он был написан от имени протестантов Саксонии, но затем свою подпись под ним поставили также другие князья и видные деятели, и он стал инструментом, с помощью которого большинство протестантов выступили перед императором единым фронтом (было еще два заявления меньшинства, выражавшего несогласие с некоторыми пунктами документа Меланхтона). Когда протестанты, подписавшие Аугсбургское исповедание, отказались отречься от своей веры, император пришел в ярость и приказал отречься до апреля следующего года, пригрозив в противном случае серьезными для них последствиями.

Под угрозу было поставлено само существование протестантизма. Если бы император объединил свои испанские и немецкие силы, он бы легко сокрушил любого протестантского князя, отказывавшегося от отречения. Протестантские князья решили, что их единственная надежда заключается в создании общего фронта. После долгих колебаний Лютер согласился с законностью вооруженных действий против императора в целях самозащиты. Протестантские земли объединились в Шмалькальденскую лигу, чтобы помешать проведению в жизнь императорского эдикта, если Карл захочет навязать его силой оружия.

Обе стороны готовились к долгой и жестокой войне, но международная обстановка в очередной раз вынудила Карла отсрочить решительные действия. Французский король Франциск строил планы новой войны, а турки намеревались взять реванш за неудачу у стен Вены. Для отпора этим могущественным врагам Карл нуждался в единой Германии. При таких обстоятельствах надо было вести переговоры, а не воевать, и в конце концов протестанты и католики заключили Нюрнбергский мир, подписанный в 1532 году. По его условиям, протестанты могли исповедовать свою веру, но им не разрешалось распространять ее на других территориях. Действие Аугсбургского императорского эдикта приостанавливалось, а протестанты предложили помощь в войне против турок. Они также обещали не выходить за рамки того, о чем было заявлено в Аугсбургском исповедании. Политическая обстановка в очередной раз благоприятствовала протестантизму, и он продолжал распространяться на новых землях, несмотря на Нюрнбергское соглашение.