После смерти королевы в 1603 году у нее не осталось прямого наследника, но своим законным преемником она объявила Якова, сына Марии Стюарт, который уже был королем Шотландии. Передача власти произошла без особых затруднений, и таким образом правящей династией в Англии стали Стюарты. Для нового короля – Якова I в Англии и Якова VI в Шотландии – управление Англией оказалось делом нелегким. Англичане всегда относились к нему как к иностранцу. Вынашивая замысел (в конечном счете исполнившийся) объединить два королевства, он нажил себе много врагов как в Шотландии, так и в Англии. Принятые Елизаветой меры по развитию торговли начали приносить плоды, и купеческое сословие, недовольное политикой короля, защищавшего интересы дворянства и своих фаворитов, набирало силу. Но в особенности настороженно к Якову относились те протестанты, которые считали, что Реформация в Англии развивается слишком медленно и что повинна в этом политика монархов и их советников. Поскольку соседняя Шотландия, выходцем из которой был новый король, продвинулась по пути реформ дальше, английские кальвинисты полагали, что настало время для таких же изменений и у них в стране.

Эти радикально настроенные протестанты не составляли единой группы и между ними не было единодушия, поэтому им трудно дать общее определение. Их назвали "пуритане", поскольку они настаивали на необходимости "очистить" церковь путем возврата к библейским религиозным принципам. Они выступали против многих традиционных элементов служения, сохранившихся в церкви Англии, таких как использование распятия, ношение некоторых священнических облачений и совершение евхаристии на алтаре. Вопрос о том, должен ли это быть стол или алтарь и где этот стол или алтарь должен помещаться, подразумевал разное истолкование смысла евхаристии и вызывал долгие и ожесточенные споры. Они также проповедовали простую жизнь, основанную на заповедях Писания и лишенную роскоши и внешнего блеска. Недовольство богослужениями церкви Англии усиливалось и тем, что многое в них казалось им неоправданно усложненным. Многие настаивали на необходимости посвящать воскресенье исключительно религиозным и благотворительным делам. Они не выступали за полное запрещение алкогольных напитков, и большинство из них употребляли их в умеренных дозах, но крайне неодобрительно относились к пьянству, в особенности – среди служителей церкви Англии. Они осуждали также все, что считали безнравственным, в том числе театральные представления, причем не только из-за тех сцен, которые казались им безнравственными, но и из-за "Двуличия", исконно присущего игре актеров.

Многие пуритане выступали за упразднение должности епископов. Они утверждали, что епископское правление, по крайней мере в том виде, каким оно было в их время, является позднейшим изобретением, о котором ничего не сказано в Библии, и что церковь должна считать Писание своим основным законом не только в вероучительных вопросах, но и в делах, относящихся к ее устройству и управлению. Более умеренные пуритане просто заявляли, что в Библии показаны разные формы церковного управления и что, следовательно, епископство, будучи само по себе, возможно, целесообразным и полезным, не относится к вопросам "божественного права". Другие утверждали, что новозаветной церковью управляли "пресвитеры", то есть старейшины, и что истинно библейская церковь должна следовать этому примеру. Третьи заявляли, что каждая церковь должна быть независимой от других, за что их назвали "индепендентами". Среди последних были люди, считавшие, что крестить можно только взрослых верующих, поэтому их назвали "баптистами". Между этими различными группами не было согласия по многим вопросам, но в целом они вдохновлялись идеями Кальвина, Цвингли и других швейцарских реформаторов. Наиболее радикально настроенные среди них придерживались взглядов, близких к анабаптистским.

Тем временем официальная церковь шла параллельным, но противоположным курсом. Елизавета достигла равновесия, учредив церковь с умеренно кальвинистской богословской системой и одновременно сохранив в служении и управлении все, что ясно и прямо не противоречило этому новому богословию. Но поддерживать установленный Елизаветой порядок было трудно. Защищая традиционные формы богослужения, многие начали отходить от кальвинистских богословских взглядов. Ведущие богословы церкви Англии до такой степени восторгались красотой проводившихся тогда богослужений, что почти и не пытались привести их в соответствие с богословскими требованиями или с библейской экзегетикой. Вскоре пуритане начали опасаться, что готовится возврат к "папизму" и что многие стремятся именно к этому.

Подспудно все это вызревало еще до восшествия Якова на престол Елизаветы. Но затем долгое время сдерживавшиеся конфликты начали давать о себе знать со все большей силой. Пуритане не доверяли новому королю, чьей матерью была не кто иная, как Мария Стюарт. На самом деле Яков не особенно благожелательно относился к католикам, которые неоднократно пытались добиться от него крупных уступок, но каждый раз безуспешно. Его идеалом была абсолютная монархия по французскому образцу. В Шотландии подданные-пресвитериане не давали ему возможности править так, как ему хотелось бы, и, по его мнению, не выказывали ему должного почтения, поэтому в Англии он стремился для усиления собственной власти повысить роль епископата. Ему приписывают слова: "Без епископов нет и короля".

Росту авторитета Якова мешали и его особые наклонности. Он был гомосексуалистом, и его фавориты пользовались незаслуженными привилегиями и влиянием при дворе и в правительстве. Настаивая на праве быть абсолютным монархом, он проявлял при этом то крайнюю непреклонность, то слабость и уступчивость. Он честно распоряжался финансами страны, но выделял огромные суммы на абсолютно пустые затеи, и для реализации многих замыслов просто не хватало средств. Его щедрость на титулы и привилегии для друзей оскорбляла многих из тех, кто всю жизнь служил короне за скромное вознаграждение или вообще бескорыстно.

Яков пытался продолжать религиозную политику Елизаветы. Систематическим преследованиям подвергались только анабаптисты, так как их эгалитаристские идеи возмущали короля. К католикам относились как к верным слугам папы и, следовательно, как к потенциальным предателям.

Но если бы папа признал права Якова на престол и осудил цареубийство, на которое готовы были пойти некоторые крайние католики для разрешения религиозных конфликтов в Англии, король стал бы терпимее относиться к католикам. Пресвитериане, которых король возненавидел еще в Шотландии, в Англии не вызывали особой неприязни, и Яков даже сделал им ряд уступок. Но отказаться от системы епископского правления он не мог, так как был убежден, причем вполне обоснованно, что епископы – самые верные и полезные сторонники престола.

Во время правления Якова напряженность в отношениях между прелатами официальной церкви и пуританами постоянно возрастала. В 1604 году архиепископ Кентерберийский Ричард Бэнкрофт добился принятия нескольких постановлений, согласно которым епископская иерархия провозглашалась установленной свыше и неотъемлемой от истинной церкви. Это умаляло авторитет многих протестантских церквей на континенте, в которых не было епископов, и пуритане усмотрели в этом попытку порвать связи с протестантами для возрождения католичества в Англии. Кроме того, по настоянию архиепископа были приняты и другие постановления, со всей очевидностью направленные против пуритан.