Из представлявшихся в Синод конспектов богословских наук Протасову приглянулась работа ректора вятской семинарии архимандрита Никодима Казанцева. Граф послал её для рецензии московскому митрополиту и получил положительный отзыв, в котором митрополит заключал: в конспекте есть «зерно мысли, а не одно перечисление заглавий». Прочитав отзыв, граф Николай Александрович усмехнулся. Ему показалось забавным, что Филарет невольно сам выбрал орудие собственного умаления.

В июле 1838 года архимандрит Никодим прибыл в Петербург. Оставив узел с вещами в лавре, он взял извозчика и отправился в Синод, где был ласково принят обер-прокурором.

— Мы вас позвали на работу, ваше высокопреподобие, — твёрдо, но и доверительно начал Протасов. — Прошу потрудиться. Ваш конспект отличный. Он доказал, что вы с талантами. Нам такие люди нужны! Конспект ваш будет напечатан, вас ожидает докторство богословия и... многое другое, но — прошу знать меня, и ещё никого. Мы вам дадим всё. Не бойтесь никого, ниже ваших архиереев, как называл их мой предшественник — «мои старички». Вам старички не страшны, я — ваш заступник. Храните в тайне всё, что будет поручено вам... а поручено будет немало. Отправляйтесь теперь к директору департамента просвещения Сербиновичу, он вас ждёт, а завтра прошу ко мне в это же время.

Озадаченный отец Никодим отправился к Сербиновичу, от коего и узнал, что ему поручается написание новых уставов духовных училищ и семинарий, но это пока, а в дальнейшем готовится пересмотр и программ обучения.

Ночь архимандрит провёл без покоя, терзаемый сомнениями и опасениями, облегчить тяжесть коих никто не мог. Монашеский долг обязывал его повиноваться власти и добросовестно исполнять порученное дело. Гордость и честолюбие, обнаружившиеся в потайном уголке сердца, взыграли в предвидении блестящей церковной карьеры — архиерейское облачение можно было заказывать хоть завтра. Но дух православного монашества, смиренное преклонение лишь перед Царём Небесным подняло его над морем житейской суеты и подсказало нужное поведение.

На следующее утро граф Протасов встретил отца Никодима столь же радушно, но держался более официально.

—...Ваше богословие очень выспренное. Ваши проповеди высоки. Мы вас не понимаем. У вас нет народного языка. Даже практическое богослужение вам неизвестно...

Граф не ждал ответов на свои риторические вопросы, и отец Никодим, поначалу пытавшийся возражать, осел в кресле. Несмотря на крайности выражения, во многом обер-прокурор был прав.

— Наконец, вы избрали для себя какой-то свой язык, подобно медикам или математикам. Без толкования вас и не поймёшь. А вы говорите с нами языком, нам понятным. Научайте Закону Божию так, чтобы вас понимал с первого раза последний лапотный мужик... Вот к чему следует вести духовное обучение. Помните, отче, семинария — не академия. Из академии идут профессоры, им много знать нужно, и пусть их знают. Из семинарий поступают в священники по сёлам. Таким надобно знать практические духовные вещи и практические сельские вещи, знать сельский быт и уметь быть полезными мужику во всех делах житейских. Так на что же такая огромная богословия сельскому священнику?

Протасов потряс над столом толстой книгой, в которой отец Никодим узнал семинарский учебник. Граф пренебрежительно отбросил книгу на край стола и продолжил:

— К чему нужно ему философия, наука вольномыслия, вздора и фанфаронства? На что ему тригонометрия, дифференциалы, интегралы? Пусть лучше хорошенько затвердит катехизис, церковный устав, нотное пение. Пусть поучает в верности государю. И довольно! Всё обучение надобно упростить! «Доброе неведение лучше худого знания», — с удовольствием процитировал Протасов Иоанна Златоуста. — А высокие науки могут остаться в академиях, пусть ими тешатся Филареты...

Грустным вышел из Синода отец Никодим. Затевалось скверное дело, все последствия коего трудно было предвидеть. В обер-прокурорском кабинете у него на языке вертелся вопрос: да полно, ваше сиятельство, веруете ли вы во Христа Спасителя, в то, что пришёл на землю нашего ради спасения?.. Но не подобало провинциальному монаху задавать столь дерзкие вопросы главе Святейшего Синода. Откажись он, граф нашёл бы другого, быть может, более послушного... Пока же следует побороться за истинно верное духовное образование.

Июль, август и сентябрь ушли у отца Никодима на бесконечное переписывание и обговаривание многочисленных статей уставов духовных училищ и семинарий. С Сербиновичем вести дело оказалось труднее, чем с графом. Тот прямо ломил своё, а хитрый иезуит обволакивал новизну в оболочку пышных слов, за которой опасность не сразу и была видна.

В праздник Воздвижения Креста Господня архимандрита вызвал обер-прокурор.

— Его императорское величество, государь наш Николай Павлович, как христианнейший правитель, печётся о Церкви, об её единстве. Почему и борется с таким злом, как раскол. Раскольники — враги государства!.. Но странно получается, мы их высылаем, мы стесняем их возможности по распространению лжеучений, боремся с этим злом — а митрополит московский их поощряет! Да-с!..

Отец Никодим, привыкший к манере разговора обер-прокурора, слушал молча.

— Изволите видеть, ваше высокопреподобие, — Протасов поднял над столом журнал большого формата. — В «Христианских чтениях» публикуется слово, произнесённое Филаретом при заложении на единоверческом — то есть раскольническом! — кладбище — храма Всех Святых... Кстати, откуда это единоверие пошло?

— Ваше высокопревосходительство, начало сему движению, как отрыву раскольников от их уклонения в вере, положил покойный митрополит московский Платон, — с некоторою горячностью начал объяснение отец Никодим. — Он говорил примерно так: если вера о Святой Троице есть непорочна, то какими бы пальцами её ни изображать, нет беды спасению. Владыко Платон пытался возвратить заблудших в лоно Православной Церкви, для чего и предложил промежуточную меру — единоверие, сближение на основе, в которой у нас нет противоречий.