Год спустя московское правительство решило направить за рубеж вторую группу учащихся. На этот раз местом обучения была избрана Германия. После успешных переговоров с царем послы города Любека в июне 1603 года выехали на родину. В пути к ним присоединились пять студентов, имевших при себе грамоту от Бориса Годунова. Царь просил послов представить русских учащихся городскому совету в Любеке и поместить в школу для обучения немецкому и латинскому языкам. Он выразил пожелание, чтобы русские юноши оставались в православной вере и не забывали русских обычаев, и сообщал, что берет на себя все расходы по их содержанию. В ответном письме царю послы обещали поместить московских учащихся в учебные заведения в Любеке под присмотром добрых и почтенных людей.

Учителя немецкой школы в Москве располагали достоверной информацией о проекте Годунова в области образования. С их слов Конрад Буссов записал сведения о том, что русские студенты были направлены не только в Англию и Любек, но и во Францию. Однако никаких подробностей о лицах, посланных во Францию, не сохранилось. По данным Петра Петрея, несколько русских учеников находились в Стокгольме. Буссов засвидетельствовал, что один из учеников по имени Дмитрий позже вернулся на родину из Стокгольма.

Судьба русских студентов за рубежом сложилась неудачно. В России наступила Смута. Борис Годунов умер, и царская казна перестала отпускать средства на содержание студентов за границей. Заброшенные на чужбину «робятки» вынуждены были искать свои пути в жизни. Немногим довелось вернуться на родину. Среди них был Игнатий Алексеев, сын Кучкин, посланный для обучения в Вену и Любек. По возвращении в Москву он рассказал о себе, что « в учении он был в Цесарской земле и в Любках восемь лет, и… во 7119 (1610–1611) году поехал из Цесарской земли, научась языку и грамоте, опять к Москве, и на море-де его переняли ис Колывани(Таллинна) свейские люди». С большим трудом Кучкину удалось освободиться из шведского плена и вернуться в Россию.

Борис Годунов не жалел средств, когда речь шла о приглашении искусных докторов и аптекарей. При нем в Москве возник Аптекарский приказ, — выделившийся из состава дворцового ведомства. По свидетельству Якова Маржарета, главой приказа был «аптечный боярин», ведавший всеми врачами и аптекарями в государстве. Новая должность считалась одной из высших в Боярской думе. Аптекарский приказ был придворным учреждением и обслуживал царскую семью и близкий к ней круг боярской знати.

Борис ценил своих ученых докторов и много времени проводил в их обществе. Он расспрашивал их об иноземных порядках, советовался о важных государственных делах, особенно религиозных. Сближение православного царя с иноземными докторами вызывало осуждение со стороны приверженцев старины. Русские писатели считали этот грех Годунова едва ли не худшим: « Едино же имея неисправление и от Бога отличение, ко врачем сердечное прилежание…»

Правление Бориса было временем расцвета Немецкой слободы на Кокуе, в предместье Москвы. Среди нескольких сот жителей этой слободы преобладали выходцы из Ливонии, принадлежавшие к протестантскому вероисповеданию. По просьбе немецких врачей Годунов позволил им выстроить себе кирху. Члены немецкой колонии в Москве собрали столь много денег на строительство кирхи, что на оставшиеся после окончания постройки деньги открыли школу в слободе.

Под влиянием немцев в московский быт стали проникать некоторые новшества Самым пагубным из них поборники православия считали обычай брить бороду. К великому возмущению монахов, Борис не только не осуждал, но и поощрял брадобритие.

Годунов проявил исключительную заботу о благоустройстве столицы, строительстве и укреплении городов. При нем в жизнь Москвы вошли неслыханные новшества. В Кремле был сооружен водопровод с мощным насосом, благодаря которому вода из Москвы-реки поднималась «великой мудростью» по подземелью на Конюшенный двор. Борис велел выстроить каменный мост «з зубцы» через Неглинную против Тверской улицы. Сооружение использовали для устройства плотины и мельницы, расположенной под мостом. По аналогичному проекту был построен мост-плотина через Волхов в Новгороде.

Архитекторы Бориса приступили к сооружению нового царского дворца в Кремле Строители успели заложить фундамент — « взруб каменной за Сретением, от Москвы-реки, а на том было взрубе ставити хоромы». Подле Архангельского собора были выстроены обширные палаты для военных приказных ведомств. За Неглинной мастера поставили новый земский двор, служивший управой благочиния. Посреди Красной площади сделали « лобное место каменное, резана, двери-решетки железные». После большого пожара в Китай-городе Годунов выделил из казны средства для постройки там каменных торговых рядов.

Строительство превратилось в подлинную страсть Бориса Годунова. По его приказу надстроили столп колокольни Ивана Великого и «подписали» на нем имя Бориса. Искусные мастера отлили для колокольни огромный колокол — « таков колокол весом не бывал». Из-за неслыханной тяжести его так и не смогли поднять наверх и сложили для него особую деревянную «колокольницу». Царские архитекторы приступили к возведению грандиозного каменного собора «святая святых» на площади за Иваном Великим. Рабочие успели забить сваи и завезти на строительную площадку камень и известь. Смерть Бориса помешала довести дело до конца.