Креолы Перу, казалось, вовсе не были склонны к революционным переворотам. Их руки не знали никакой работы. Они просто нанимали индейцев или метисов, принадлежавших к более низким слоям общества, которые численно значительно превосходили креолов. Индейцы и метисы добывали руду в шахтах и убирали урожай на фермах креолов. В Перу не было собственной промышленности. Экономика страны держалась на рабском труде. Так что белые вряд ли хотели что-либо менять в политической системе страны. Они также серьезно опасались любых перемен в существующем положении, которые могли спровоцировать восстания индейцев и метисов и привести к кровопролитию. Матео Пумакауа, индейский вождь, когда-то помогавший подавить восстание Тупака Амару II, возглавил мятежи в Пуно, Ла-Пасе и Арекипе. После этого он был схвачен и в 1815 году казнен. Сан-Мартин тоже понимал эту опасность. Он стремился успокоить привилегированные классы перуанского общества, предложив им свою идею независимого государства, которое будет поддерживать сложившуюся общественную структуру. Рассматривался даже вариант монархического правления.

Перуанская олигархия не доверяла программам социальных реформ и расового равенства, которые обеспечили Боливару поддержку венесуэльских льянерос и метисов. Опасаясь, что он попытается сделать то же самое в Перу, она решительно заявила о своей способности противостоять испанцам в одиночку.

После отъезда Сан-Мартина маркиз де Торре Тагле собрал на совещание представителей аристократии страны. Маркиз приказал только что набранной Сан-Мартином армии приступить к боевым действиям против испанцев. Патриотическая армия, насчитывавшая восемь тысяч человек, была разделена на части. Половина ее под командованием генерала Ареналеса должна была поддерживать порядок в городе Лиме. Другой половине, под командованием генерала Альварадо, было приказано вступить в сражение с превосходящими по численности роялистскими войсками в горах, там, где находились испанские укрепления.

Даже по меркам Южной Америки в Перу ужасный ландшафт. Над узкой полоской прибрежной пустыни — продолжения чилийской пустыни Атакама на север, которая местами не шире десяти миль, — возвышаются крутые безжизненные коричнево-серые горы. Они сменяются ущельями в двенадцать-тринадцать футов глубиной и горными вершинами в пятнадцать — двадцать футов высотой. За ними находятся более или менее плодородные долины высокогорных рек. Одна из самых красивых долин — Апуримак — расположена прямо над древней столицей инков Куско.

Военный план, выработанный генералами для действий в Лиме, заключался в том, чтобы разбить части испанцев по отдельности. Пока огромная армия испанского наместника была рассредоточена во внутренних районах страны, патриотам было довольно легко, собрав силы, нападать на отдельные сторожевые посты противника. Недостаток этого плана заключался в том, что каждый бросок с побережья на плоскогорье предполагал переход по труднопреодолимой местности. Современник описал это так: «Чтобы достичь (испанских укреплений), необходимо было пересечь прибрежную пустыню, в которой людям предстояло мучиться от жажды, нехватки провизии, а дальше — крутые, холодные горы». Такой переход не мог быть быстрым. Подкрепление подходило не спеша.

Все так и было на самом деле. Наместник Ла Серна приказал заместителю главнокомандующего генералу Хосе де Кантераку идти на Куско и поддержать генерала Вальдеса в Арекипе. Патриоты под командованием Альварадо двинулись на Атико по побережью. Оттуда в декабре они начали подниматься в горы. Вальдес со своими войсками напал на них сверху и нанес ошеломляющий удар. Результатом этого поражения патриотов стало восстание в Лиме. В феврале 1823 года власть там захватил предводитель перуанских националистов-креолов — недалекий, грубый и порочный Хосе де Ла Рива Агуэро.

Рива Агуэро обратился к Аргентине, Чили и Колумбии с просьбой помочь ему на последнем этапе борьбы с испанцами. Но аргентинцы были не готовы поддержать даже собственного командующего Сан-Мартина в походе на Перу. Не проявили они желания помогать и перуанским националистам. Чилийцы ответили, что у них для этого недостаточно войск. Рива Агуэро не хотел отдавать контроль над этой операцией Боливару. Он был согласен на помощь колумбийцев только при условии их подчиненного положения. Боливар решил проучить этого выскочку и приказал Сукре, который уже прибыл в Кальяо, не допускать участия его войск «в любых сомнительных политических действиях. Я сказал президенту, что вы не являетесь (представителем Колумбии), а подчиняетесь Освободителю Колумбии и ведете войну в полном соответствии с договоренностью, достигнутой на ассамблее (перуанских) провинций».

Рива Агуэро пригласил Сан-Мартина к себе на службу. Но получил презрительный отказ. Тогда Агуэро решил начать самостоятельные военные действия против испанцев и отправился в поход с большей частью своего войска. Об этом узнал командующий роялистов де Кантерак. Он понял, что Лима практически не защищена, и предпринял смелую атаку города с девятью тысячами солдат. Сукре, обескураженный глупостью Агуэро и руководствуясь инструкциями Боливара, приказал оставшимся в городе войскам патриотов покинуть его. Тем временем городской совет Лимы, возглавляемый де Торре Тагле, сместил Рива Агуэро, воспользовавшись его отсутствием. Де Кантерак захватил Лиму и обложил город данью. Затем, узнав, что Санта-Крус атакует роялистские позиции на юге, отправился к ним на помощь. Теперь у Сукре появилась возможность опять войти в Лиму со своим небольшим отрядом.

Рива Агуэро бежал в Трухильо. Решив отомстить за свое смешение, он вступил в контакт с роялистами и приказал Санта-Крусу не подчиняться Сукре. Но этот приказ опоздал. Санта-Крус с шестью тысячами воинов уже ушел в горы южноамериканской сьерры. Там, однако, его встретили испанцы и заставили отступить. За время этого тяжелого отступления через безжизненные горы и раскаленную пустыню его армия уменьшилась до восьмисот человек, не проведя ни одного боя. Перу не могла позволить себе таких потерь. В отчаянии правительство Лимы умоляло Боливара войти в город, и он наконец сделал это. Жители Лимы устроили ему триумфальную встречу. В его честь зажигали фейерверки, давали балы, оперные спектакли, организовали даже бой быков. Его принимали на комфортабельной вилле Магдалена, принадлежавшей Сан-Мартину. Обед подавали на золотой посуде.