1899 1 апреля — Избрание Макарова членом-корреспондентом Главной Физической Обсерватории.

1899 29 мая — «Ермак» выходит из Ньюкастля в первое полярное плавание.

1899 6 декабря — Назначение Макарова главным командиром Кронштадтского порта и военным губернатором г. Кронштадта.

1901 февраль — Выход в свет труда Макарова «Ермак» во льдах».

1901 16 мая — «Ермак» вторично отправляется в полярное плавание из Кронштадта.

1901 13 октября — Макаров освобождается от руководства «Ермаком».

1904 1 февраля — Назначение Макарова командующим флотом на Тихом океане.

1904 31 марта (13 апреля) — Гибель Макарова на броненосце «Петропавловск».

1. Инструмент Адкинса для определения девиации в море. Журнал «Морской Сборник», 1867, № 10.

2. «Броненосная лодка «Русалка». Исследование пловучести лодки и средства, предлагаемые для усиления этого качества. «Морской Сборник», 1870, №№ 3, 5, 6.

3. О прекращении подводной течи на судах. Необходимость иметь на судах средства для заделывания пробоин (пластырь). «Морской Сборник», 1873, № 5.

4. Трюмы двухдонных судов. «Морской Сборник», 1874, № 3.

5. О непотопляемости судов. «Морской Сборник», 1875, № 6.

6. Средства против потопления судов. Причины потопления фрегата «Vanguard». Недостатки в системе непроницаемости переборок, в самих переборках и дверях и механические недостатки принятых средств. Непотопляемое судно. «Морской Сборник», 1876, № 1.

7. О содержании в исправности непроницаемых переборок и водоотливных приспособлений. «Морской Сборник», 1876, № 7.

8. Крейсерство парохода «Великий князь Константин» под начальством Макарова по Черному морю и рапорты его. «Морской Сборник», 1877, №№ 1–3.

9. Предположения об устройстве морской части в Закаспийском крае. «Морской Сборник», 1882, № 4.

10. Об обмене вод Черного и Средиземного морей. Исследевание флигель-адъютанта капитана I ранга С. О. Макарова, изд. Ак. Наук, СПб, 1885 (прилож. к II тому 3. H. A. H. № 6).

И. В защиту старых броненосцев и новых усовершенствований (без фамилии автора). «Морской Сборник», 1886, № 2 и № 3.

12. О двойственных течениях в проливах. Извест. И. Р. Г. О. 1886, т. XXII.

13. Сведения о плавании корвета «Витязь». Замечания командира корвета «Витязь» Макарова по воем частям, по окончании кругосветного плавания с 1886 по 1889 гг. «Морской Сборник», 1886–1889 гг.

14. Об уменьшении гибельных последствий при столкновении. «Морской Сборник», 1891, № 6. Тоже, изд. Морского Министерства. СПб, 1891.

15. О трудах русских моряков по исследованию вод Северного Тихого океана. «Морской Сборник», 1892, № 5. Тоже, изд. Морск. Министерства. СПб, 1892.

16. Об изменении удельного веса морской воды. Оттиск журнальной статьи, СПб, 1894 г.

17. Разбор элементов, составляющих боевую силу судов. «Морской Сборник», 1894, № 6.

18. О необходимости международного соглашения на опубликование материалов, заключающихся в морских метеорологических журналах. «Морской Сборник», 1894, № 10. Тоже, изд. Ак. Наук, СПб, 1894 г.

19. «Витязь» и Тихий океан». Гидрологические наблюдения, произведенные во время кругосветного плавания корвета «Витязь» 1886–1889 гг. В 2-х томах, СПб, 1894 г.

20. О средегвах для сохранения целости борта судов при столкновении. «Морской Сборник», 1895, № 5.

21. На пароходе «City of Peking» торгового флота. «Морской Сборник», 1896, № 6.

22. Рассуждения по вопросам морской тактики. «Морской Сборник», 1897, №№ 1, 4, 7.

23. Рассуждения по вопросам морской тактики, «Разбор элементов, составляющих боевую силу судов» и другие статьи. Военно-морское изд-во НКВМФ Союза ССР 1943 г.

24. Об исследовании Северного Ледовитого океана при помощи ледоколов. Доклад «Морской Сборник», 1897, № 7. Тоже, изд. Академии Наук, СПб, 1897 г.

25. С. О. Макаров и Ф. Ф. Врангель. Об исследовании Северного Ледовитого океана. Лекция, Изв. Русск. Географического общества, т. 33, вып. 5, СПб, 1897 г.

26. Об однообразии в судовом составе флота. «Морской Сборник», 1898, № 4.

27. Рассуждения по вопросам непотопляемости судов. «Морской Сборник», 1898, № 7.