Для приглашения князя Дмитрия Пожарского на воеводство нижегородцы отправили в село Мугреево Суздальского уезда почетное посольство. Есть сведения, что до и после этого у него неоднократно бывал Минин, вместе они обговаривали вопросы организации второго земского ополчения.

Князь Пожарский не сразу принял предложение нижегородцев. Он прекрасно понимал, что, прежде чем решиться на такое почетное и ответственное дело, необходимо учесть все ошибки в организации первого земского ополчения, которые привели к его распаду. Он также понимал, что организаторам и руководителям нового ополчения необходимо завоевать народное доверие. Кроме того, Пожарский был наслышан о «непослушании воеводам» со стороны нижегородцев. А князь, бывший в свои 30 лет уже опытным военачальником, хотел с самого начала обладать всей властью большого воеводы, ибо в этом он видел один из залогов будущего успеха. К нему присылали из Нижнего Новгорода посольства не раз.

В конце концов еще не совсем оправившийся от ранений Дмитрий Пожарский дал свое согласие. Но и он поставил условие, чтобы нижегородцы сами выбрали из числа посадских людей человека, который бы стал вместе с ним во главе ополчения и собирал казну, и предложил на эту должность Кузьму Минина. На том и порешили. Таким образом, в земском ополчении князь Пожарский взял на себя лишь военное дело — вербовку и обучение ополченцев, руководство ими в походах и боях. А «выборный человек всею землею» Кузьма Минин-Сухорук стал заведовать ополченской казной. Таким образом, во главе второго земского ополчения стояли два человека, избранные народом и облеченные его доверием, — Минин и Пожарский.

В конце октября 1611 года Дмитрий Пожарский с небольшой дружиной воинов приехал из села Мугреево в Нижний Новгород и вместе с Кузьмой Мининым приступил к организации народного ополчения.

Они развили энергичную деятельность по созданию войска, которое, по мысли современников, призвано было окончательно освободить Москву от интервентов и тем самым положить начало всенародному делу изгнания иноземных захватчиков с Русской земли. Минин и Пожарский сознавали, что решить стоящую перед ними столь большую задачу они могут, лишь опираясь на «всенародное множество».

Кузьма Минин проявил при сборе средств большую твердость и решимость. От сборщиков налога на ополчение Минин требовал богатым поблажек не делать, а бедных несправедливо не утеснять. Несмотря на поголовное обложение нижегородцев, денег на обеспечение ополченцев всем необходимым все равно не хватало. Пришлось прибегнуть к принудительному займу и у жителей других городов. Обложению подлежали приказчики богатейших купцов Строгановых, купцы из Москвы, Ярославля и других городов, связанных торговыми делами с Нижним Новгородом. Создавая ополчение, его руководители начали обнаруживать свою силу и влияние далеко за пределами Нижегородского уезда. Были посланы грамоты в Ярославль, Вологду, Казань в другие города. В грамоте, разосланной от имени нижегородского ополчения к жителям других городов, говорилось: «Изо всех городов Московского государства дворяне и дети боярские под Москвою были, польских и литовских людей осадили крепкою осадою, но поток дворяне и дети боярские из-под Москвы разъехались для временной сладости, для грабежей и похищения. Но теперь мы, Нижнего Новгорода всякие люди, сославшись с Казанью и со всеми городами понизовыми и поволжскими, собравшись со многими ратными людьми, видя Московскому государству конечное разорение, прося у бога милости, идем все головами своими на помощь Московскому государству. Да к нам же приехали в Нижний из Арзамаса, смоляне, дорогобужане и ветчане… и мы, всякие люди Нижнего Новгорода, посоветовавшись между собою, приговорили: животы свои и домы с ними разделить, жалованье и подмогу дать и послати их на помощь Московскому государству».

На призыв нижегородцев поволжские города откликнулись по-разному. Такие малые города, как Балахна и Гороховец, сразу же включились в дело, Казань отнеслась к этому призыву поначалу довольно прохладно. Ее «государевы люди» считали, что первенствовать должна «царственная Казань — главный город Понизовья». В этих условиях ядром ополчения наряду с нижегородцами становятся служилые люди пограничных районов, прибывшие в окрестности Арзамаса после падения Смоленска, — смоляне, беляне, дорогобужане, вязьмичи, бренчане, рославцы и другие. Их собралось до двух тысяч человек, и все они были опытными ратниками, не раз участвовавшими в боях с польскими интервентами. В дальнейшем в Нижний Новгород пришли дворяне из Рязани и Коломны, а также служилые люди, казаки и стрельцы из «украинных городов», сидевшие в Москве в осаде при царе Василии Шуйском. Все они были пожалованы не хуже смолян. В ополчении наряду с казной была создана и особая канцелярия во главе с дьяком Василием Юдиным.

Узнав о формировании второго земского ополчения в Нижнем Новгороде и не имея возможности противодействовать этому, обеспокоенные интервенты обратились к патриарху Гермогену с требованием, чтобы он осудил подобное начинание. Патриарх отказался это сделать. Более того, по свидетельству летописца, он в сердцах проклял обратившихся к нему по поручению Гонсевского московских бояр как «окаянных изменников». Тогда его и начали «морить голодом». 17 февраля 1612 года Гермоген умер.

Руководителям второго ополчения необходимо было определить свое отношение к подмосковной власти бояр-воевод. Князь Дмитрий Трубецкой, получивший чик боярина в Тушино, и Иван Заруцкий, человек неведомого происхождения (атаман донских казаков), ставший боярином у Лжедмитрия II, не внушали доверия замосковному дворянству и верхушке посадского населения. В подмосковных «таборах» в это время началась скрытая борьба, а взаимное недоверие вождей казацкого войска в конце концов привело к их открытому военному столкновению.

С декабря 1611 года в стране действуют два временных правительства: «Совет всея земли» подмосковных полков, где верховодит атаман Иван Заруцкий, и «Совет всея земли» в Нижнем Новгороде. Если первый являлся в это время лишь военной казачьей организацией, то во второй входили предъявители духовенства и Боярской думы, посадских людей и дворян и даже волостей. Между этими органами власти идет борьба не только за влияние на местных воевод и за доходы, но и по вопросу о том, как освободить столицу. Бояре-воеводы, поддерживаемые властями богатого и влиятельного Троице-Сергиева монастыря, ратуют за скорейший приход ополчения под Москву. Их беспокоит самостоятельность и всевозрастающая сила нижегородской рати. «Совет всея земли» Нижнего Новгорода считает нужным повременить, предпочитая опрометчивым действиям упорную каждодневную работу по организации и сплочению ополчения. Это была линия Минина и Пожарского. Князь Дмитрий в этом политическом противоборстве выступал как «по избранию всей земли Московского государства всяких чинов людей и ратных и земских дел стольник и воевода», а Кузьма Минин — как «выборный человек всею землею».

Взаимоотношения между руководителями второго земского ополчения и подмосковными боярами-воеводами стали откровенно враждебными после того, как Трубецкой и Заруцкий начали переговоры с псковским самозванцем Сидоркой (Лжедмитрием III), которому затем и присягнули. Однако им вскоре пришлось отказаться от своего «крестного целования», так как такой поступок не нашел поддержки у казаков и был резко осужден Мининым и Пожарским.

Не сумев организовать блокаду должным образом, казацкие «таборы» позволили в январе 1612 года прорваться в Кремль большому польскому отряду пана Будилы вместе с обозом продовольствия. Тем самым осажденный гарнизон не только был спасен от голода, но и значительно усилился, получив свежее подкрепление.