19 июля 1941 года начальником Управления Особых отделов НКВД СССР был назначен заместитель наркома внутренних дел СССР Виктор Семенович Абакумов.

Первым заместителем Абакумова был назначен бывший начальник Главного транспортного управления НКВД и 3-го (секретно-политического) Управления НКГБ комиссар 3-го ранга Соломон Рафаилович Мильштейн (служивший в Особом отделе Кавказской Красной Армии в 20-е годы). Были назначены начальники Особых отделов:

Северного фронта — бывший начальник УНКГБ по Ленинграду и Ленинградской области комиссар ГБ 3-го ранга Павел Тихонович Куприн;

Северо-Западного фронта — бывший начальник Особого отдела ГУГБ НКВД СССР в 1938–1941 годах, а в июне 1941 года прокурор СССР (по совместительству), генерал-майор Виктор Михайлович Бочков;

Западного фронта — нарком государственной безопасности Белоруссии комиссар 3-го ранга Лаврентий Фомич Цанава;

Юго-Западного фронта — бывший начальник 3-го управления Наркомата обороны комиссар ГБ 3-го ранга Анатолий Николаевич Михеев;

Южного фронта — бывший нарком НКГБ Молдавии комиссар ГБ 3-го ранга Николай Степанович Сазыкин;

Резервного фронта — бывший начальник Третьего отдела НКВД комиссар ГБ 3-го ранга Александр Михайлович Белянов.

В тот же день приказом № 00941 наркома НКВД СССР Лаврентия Берии для борьбы с дезертирами, шпионами и диверсантами предписывалось сформировать при Особых отделах дивизий и корпусов — стрелковые взводы, при Особых отделах армий — отдельные стрелковые роты, при Особых отделах фронтов — отдельные стрелковые батальоны с укомплектованием этих частей из войск НКВД [10] .

Утвержденная 15 августа 1941 года структура центрального аппарата Управления Особых отделов НКВД СССР выглядела так:

Начальник и три заместителя;

Секретариат;

Оперативное отделение (гласный состав);

1-й отдел — центральные органы Красной Армии (Генштаб, военная прокуратура, разведупр);

2-й отдел — ВВС;

3-й отдел — бронетанковые войска, артиллерия;

4-й отдел — основные рода войск;

5-й отдел — интендантская и санитарная служба;

6-й отдел — войска НКВД;

7-й отдел — оперативный розыск, учеты, мобработа;

8-й отдел — шифровальная служба [11] .

В августе — декабре 1941 года структура НКВД продолжала меняться и усложняться. В августе у начальника Управления Особых отделов появились еще два заместителя — дивизионный комиссар Федор Яковлевич Тутушкин и майор госбезопасности Николай Алексеевич Осетров, в октябре 1941 года заместителем начальника УОО стал Лаврентий Фомич Цанава.

Всего в августе 1941 года по штатам Управления Особых отделов (вместе со следственной частью, секретариатом, оперативным отделением, административно-хозяйственно-финансовым отделением) числилось 387 человек [12] .

После передачи в январе 1942 года 3-го управления НКВМФ в состав УОО был организован 9-й отдел. К июню 1942 года структура УОО имела следующий вид.

Руководство (Виктор Семенович Абакумов, Соломон Рафаилович Мильштейн, Федор Яковлевич Тутушкин, Николай Алексеевич Осетров, Лаврентий Фомич Цанава).

Секретариат (Яков Михайлович Броверман).

Оперативное отделение (Александр Васильевич Миусов).

Следственная часть (Борис Семенович Павловский):

1-е отделение (по шпионажу);

2-е отделение (антисоветские формирования);

3-е отделение (по руководству следственной работой на периферии).

1-й отдел (майор ГБ Иван Иванович Москаленко; Генштаб Красной Армии, штабы фронтов, армий, разведорганы):

1-е отделение (оперативное управление Генштаба РККА, штабы фронтов и армий);

2-е отделение (все управления и отделы Генштаба, узел связи, управление кадров);

3-е отделение (Главное разведывательное управление Генштаба, разведорганы фронтов и армий).

2-й отдел (майор ГБ Александр Алексеевич Авсеевич; обслуживание ВВС, ВДВ и ПВО):

1-е отделение (Штаб ВВС Красной Армии);

2-е отделение (вооружение и тыл ВВС);

3-е отделение (академии ВВС и руководство периферийной работой по частям ВВС);

4-е отделение (ПВО);

5-е отделение (воздушно-десантные войска).