3-й отдел (майор ГБ Вячеслав Павлович Рогов; Главное автобронетанковое управление (ГАБУ), Главное артиллерийское управление (ГАУ) Красной Армии, танковые войска и артиллерия, гвардейские минометные части):

1-е отделение (ГАБТУ Красной Армии, АБТУ фронтов и армий, танковые армии, танковые корпуса и бригады, НИИ танковый полигон);

2-е отделение (Главное управление начальника артиллерии (ГУНАРТ) Красной Армии, Управление гвардейских минометных частей, артиллерийские управления фронтов, артотделы армий, артиллерия Резерва Главного командования, минометные части Красной Армии);

3-е отделение (ГАУ Красной Армии).

4-й отдел (майор ГБ Григорий Самойлович Болотин-Балясный; руководство агентурно-оперативной работой особорганов фронтов по родам войск: пехота, артиллерия, кавалерия, борьба с изменой, дезертирством, самострелами и заградительная служба):

1-е отделение (обслуживало фронты: Карельский, Ленинградский, Волховский, Северо-Западный, Калининский; 7-ю отдельную армию и резервную армию);

2-е отделение (обслуживало фронты: Западный, Брянский, Юго-Западный, Южный и Северо-Кавказский);

3-е отделение (по борьбе с изменой, дезертирством и самострелами, организация заградительной службы);

4-е отделение (редакции военных газет, органы военной прокуратуры, военные трибуналы, Центральный дом Красной Армии (ЦДКА), Дома творчества Красной Армии (ДТКА), ансамбли, оркестры, военные академии).

5-й отдел (майор ГБ Константин Павлович Прохоренко; Главное интендантское управление, Главное санитарное управление, Ветеринарное управление, Главное управление военных сообщений, Главвоенстрой, АХО, Квартирно-эксплуатационное управление, академии):

1-е отделение (Главное интендантское управление, интендантские управления фронтов, интендантские отделы армий, АХО, Управление снабжения горючим, интендантские отделы армий);

2-е отделение (Главное сануправление, Ветеринарное управление, фронтовые и окружные санслужба и ветслужба, органы Военного Сообщения (ВОСО), Главное автодорожное управление, Квартирно-эксплуатационное управление (КЭУ), Главвоенстрой, Военпроект, академии).

6-й отдел (майор ГБ Семен Петрович Юхимович; войска НКВД):

1-е отделение (пограничные войска и учебные заведения войск НКВД);

2-е отделение (внутренние войска и войска охраны тыла фронтов);

3-е отделение (железнодорожные, промышленные и конвойные войска);

4-е отделение (органы военного снабжения войск НКВД).

7-й отдел (А.Ф. Соловьев; оперативный учет):

1-е отделение (действующий учет по управлению особых отделов, отчетность фронтовых особорганов, учет изменников Родины, шпионов, диверсантов, террористов, трусов, паникеров, дезертиров, самострельщиков и антисоветского элемента, особый учет изменников Родины, агентов разведки и лиц, скомпрометированных по показаниям последних);

2-е отделение (проверка военной номенклатуры ЦК ВКП(б), НКО, НКВМФ, шифрработников, допуск к совершенно секретной и секретной, мобилизационной и ТОС (технике особой секретности) работе, проверка работников, командируемых за границу, и личного состава Красной Армии и Военно-Морского Флота).

8-й отдел (Михаил Петрович Шариков; шифровальный):

1-е отделение (шифровальное);

2-е отделение (агентурно-оперативное обслуживание шифрорганов Красной Армии, инспектирование шифрорганов ОО, учет и пересылка шифров).

9-й отдел (майор ГБ Петр Андреевич Гладков; по обслуживанию ВМФ):

1-е отделение (Главный морской штаб, Развед-управление ВМФ, Школа Разведупра, командование управлений наркомата, части и учреждения НКВМФ центрального подчинения, руководство по линии указанных объектов периферией);

2-е отделение (управление ВВС, штаб ВВС, узел связи ВВС, руководство по линии ВВС периферией, управление ПВО).

10-й отдел (майор ГБ Иван Иванович Горгонов; по руководству контрразведывательной работой особых органов фронтов и округов).

11-й отдел (Александр Евстафьевич Кочетков; по обслуживанию инженерных и химических войск, саперных армий, оборонительного строительства и войск связи).

12-й отдел (Петр Михайлович Чайковский; по обслуживанию Главного управления формирований и комплектования РККА).

Аппараты, подчиненные УОО НКВД СССР:

ОО НКВД НИИ ВВС Красной Армии и Монинского авиагарнизона;

ОО НКВД Отдельной мотострелковой дивизии особого назначения им. Дзержинского (ОМСДОН);