Был составлен план реставрационных работ на 5 лет и сметы. Но из-за начала войны успели исправить только паркет, лепку и искусственный мрамор в Большой гостиной. В Минеральном кабинете расчистили купол. В Большом зале приступили к расчистке лепки и отреставрировали плафон Дж. Валериани. Затем все остановилось.

Война оказалась периодом между ликвидацией и реставрацией. Началось с возрождения имения и церкви. В сентябре 1943 года И.В. Сталин разрешил восстановить патриаршество. Трактовать можно следующим образом: страх перед возможностью реставрации старого режима уступил место желанию опереться на старые силы для восстановления страны. Похвало-Богородицкую церковь в Орле-городке открыли 28 октября 1944 года. Некоторые сочинения, удостоенные премии графа С.А. Строгонова, переиздавались во время Великой Отечественной войны 1941–1944 годов.

После снятия блокады части улиц прежнего Санкт-Петербурга, еще 47 лет именовавшегося Ленинградом, возвратили старые названия, в частности, проспект 25 Октября снова стал Невским проспектом. Это стало начальной точки постепенного и крайнего медленного уважительного движения к прошлому, до которой дожила (хотя едва ли знала о происходивших событиях) княгиня O.A. Щербатова. В 1944 году в результате повреждений при артобстреле в куполе Минерального кабинета образовалась протечка, «отчего пострадала роспись, вылетели стекла». В мае 1945 года обследованием архитектора И.Г. Капцюга установлено исчезновение люстры XVIII века на 32 рожка из Большого зала, 5 фрагментов живописи в Арабесковой гостиной, бронзовой обвязки и живописной вставки одного из каминов Картинной галереи.

В 1947 года С.С. Бронштейн составил проект реставрации сада. Актом от 17 января 1951 года установлено, что здание, эксплуатируемое 10-м Главным управлением Министерства судостроительной промышленности СССР, находится в неудовлетворительном состоянии со стороны пожарной безопасности. Кроме того, протечки наблюдались в зале Гюбера Робера и Арабесковой гостиной, ибо над ними, на третьем этаже, находились 25 квартир с 13 кухнями. К 1952 году относится обследование плафона Большого зала О.Ю. Педаясом. Реставрация главного живописного шедевра дворца и самого интерьера состоялась только в 1954 году. Годом ранее мастера занимались Арабесковой гостиной, где воссоздали утраченные панели и Угловой зал.

В 1955 году здание сдали в аренду 6-му управлению Государственного комитета по судостроению. Конструкторскому бюро этого учреждения, занявшему первый этаж, для соблюдения секретности пришлось установить металлические ставни на окна. Город готовился к празднованию 250-летия Ленинграда. Из-за смерти И.В. Сталина в марте 1953 годы юбилей отмечали только в 1957 году. К этому моменту, впервые после 1935 года отреставрировали фасад Строгоновского дворца. О восстановлении его интерьеров еще не задумывались, хотя ностальгия по былому имперскому облику Петербурга существовала. В 1960-е годы Ленинград справедливо назвали великим городом с областной судьбой. В 1966 году началась реставрация Меншиковского дворца — первый опыт восстановления прежнего частного владения, превращенного в музей. Десять лет спустя пришла, казалось, очередь Строгоновского.

В конце 1960-х годов управление Министерства судостроительной промышленности оставило Строгоновский дворец и переехало в Москву. С 1970 года дворец занимало Ленинградское предприятие «Эра» того же министерства, учреждение под названием «Морэлектрорадиокомплект и Центральный научно-исследовательский институт судовой электротехники и технологии». Здесь все еще оставалась государственная инспекция по карантину растений, а также жилые квартиры. 27 октября 1975 года Исполком Ленсовета принял решение № 779 «О восстановлении Строгоновского дворца с организацией в нем филиала Государственного Русского музея». По замыслу тогдашнего директора В.А. Пушкарева речь шла о размещении в здании экспозиции прикладного искусства.

10 марта 1976 года газета «Вечерний Ленинград» поспешила сообщить о том, что на Невском проспекте после реставрации Строгоновского дворца будет открыт новый музей. Предполагалось, что первые посетители войдут в здание 7 ноября того же года. Однако объемы реставрационных работ оценили не совсем правильно. Кроме того, всемогущий ВПК не торопился сдаваться и в том же 1967 году добился принятия постановления Ленсовета за № 801, разрешавшего пребывание арендаторов до завершения строительства для них нового корпуса.

С ноября 1978 года Русский музей занимал часть третьего этажа, где вместо коммунальных квартир теперь находились отдел социально-психологических исследований, химико-биологический отдел и отдел критики (693 м2). Новые даты выселения учреждений ВПК не раз менялись: 1 января 1984 года, затем 1 декабря 1988 года как результат Постановления Ленсовета от 4 апреля № 248 «Об освобождении и передаче Русскому музею помещений б. Строгоновского дворца». Повторилось ситуация 1920-х годов, в частности включение в состав большого художественного музея прежних частных владений. Строгоновский дворец теперь был филиалом не Эрмитажа, а Русского музея.

После десятилетий тяжких испытаний, когда новые хозяева строгоновских владений проявляли усердие и мужество едва ли не большее, чем прежние хозяева, Советское государство осознало, что ему выгодно вернуть в какой-либо степени прежние установления. Возникла идея восстановить «родовой замок» Строгоновых, который шестьдесят лет был закрыт на замок для всех, кроме сотрудников-арендаторов, и таким образом вычеркнут из массового сознания.