Урэшце адыход Серакоўскага пад Бярозу, а потым пад Берасце нельга лічыць беспадстаўным. Надыходзілі звесткі, што з Украіны ідзе на Беларусь шматтысячны расейскі корпус пад камандаваннем Суворава. (8 жніўня расейскі пасол у Стамбуле атрымаў абяцанне Турэччыны захаваць мір з Расеяй, што і дазволіла Кацярыне ІІ перакінуць з турэцкай мяжы корпус А. Суворава.) Менавіта паўстанцам Серакоўскага наканавана было сустрэцца з ім.

17 верасня непадалёк ад Кобрына, пад вёскаю Крупчыцы, з раніцы і да трэцяй гадзіны дня доўжылася найбуйнейшая бітва з часоў паўстання 1794 года ў Беларусі. З абодвух бакоў у ёй удзельнічалі блізу 20 тысяч чалавек. Сярод іх былі і амаль дзве тысячы беларускіх сялян-касінераў, набраных Серакоўскім пад Берасцем, Кобрынам, Пружанамі, Слонімам і Бярозай. З інфармацыі «шматлікіх шпегаў», пераважна мясцовых габраяў, Сувораву былі добра вядомыя бочныя шляхі і падыходы да асноўнай пазіцыі паўстанцаў перад крупчыцкім кляштарам кармелітаў. Флангавым манеўрам, перайшоўшы рэчку Трасцяніцу, аддзелы Суворава змаглі выйсці ў заплечча паўстанцам, захапіць панавальнае над іх пазіцыяй узвышша. Гэта і вызначыла зыход бою. Каб не падставіць свае асноўныя сілы пад знішчальны агонь варожай артылерыі, Серакоўскі аддаў загад адысці. Нават Сувораў вымушаны быў адзначыць мужнасць паўстанцаў: «…атакаваны непрыяцель змагаўся моцна болей за пяць гадзін». Параненымі, забітымі, прапалымі без вестак паўстанцы страцілі блізу дзвюх тысяч чалавек. Бальшыню палеглых складалі маласпрактыкаваныя ў вайсковых справах касінеры. Частка іх, ужо пасля бою, была пасечаная азвярэлымі казакамі ў сценах крупчыцкага кляштара, сярод якіх яна шукала сабе паратунку. Берагі рэчкі Трасцяніцы можна назваць крывавымі.

Адвёўшы асноўную частку сваіх сілаў пад Берасце, Серакоўскі разлічваў на іх перагрупоўку, падыход абяцаных падмацаванняў з Польшчы, каб ізноў прыняць бой, засланіць Сувораву шлях на Варшаву. Ён меркаваў, што пасля такой цяжкай бітвы пад Крупчыцамі будзе мець хаця б пару дзён у запасе. Але ўжо праз дзень, 19 верасня, зноў жа нечаканым абыходным манеўрам цераз Мухавец Сувораў на світанні ўдарыў па пазіцыях Серакоўскага пад Берасцем каля Тэрэспаля. Гэты нечаканы напад спрычыніўся да поўнага разгрому корпуса Серакоўскага, ад якога ацалела толькі 700 чалавек. 2645 паўстанцаў былі забітыя і параненыя або трапілі ў палон.

Цяпер наперадзе ў Суворава заставалася Варшава. У тыле былі толькі невялікія часткі разбітага корпуса Серакоўскага. На іх проста палявалі сувораўскія «чудо-богатыри». Як адзначаў той жа Сувораў, «разбежавшиеся при сражении в леса, кои не сдаются и сами не являются, перестреливают поныне егеря и иная пехота, как то и в болотах, кои в них не потонули»{13}. Тым не менш Сувораў усё ж амаль на месяц змушаны быў затрымацца пад Берасцем, перш чым рушыць на сталіцу Польшчы.

Пасля гэтых падзеяў у Беларусі пад кантролем паўстанцаў заставалася толькі Горадня з часткай Гарадзенскага павета. Сюды ненадоўга пераехала Цэнтральная Дэпутацыя Вялікага Княства Літоўскага. Сюды ж сцягваліся ацалелыя паўстанцкія аддзелы Т. Ваўжэцкага з Жамойці, А. Хлявінскага і П. Грабоўскага з-пад Вільні. Тут знаходзіўся і Я. Ясінскі, які так і не паспеў сфармаваць цалкам сваю надпушчанскую дывізію. 29 верасня ў Горадню ўсяго на адзін дзень прыехаў Т. Касцюшка са сваім сакратаром Ю. Нямцэвічам. Ён пераканаўся, што места ўтрымаць не ўдасца. І таму распарадзіўся пакінуць яго і ўсім накіравацца на абарону Варшавы. 30 верасня апошнія паўстанцкія аддзелы пакінулі Горадню.

Ваенная і палітычная сітуацыя складвалася не на карысць паўстання і ў Польшчы. Яшчэ на пачатку чэрвеня аб'яднаныя расейска-прускія войскі (24 тысячы чалавек) у бітве каля мястэчка Шчакаціны прымусілі армію Касцюшкі (12 тысяч чалавек) адступіць. 15 чэрвеня прускія войскі занялі Кракаў, а Касцюшка вымушаны быў адступіць да Варшавы. У сярэдзіне ліпеня туды падышлі прускія войскі і расейскі корпус пад камандаваннем генерала Ферзена. Аднак гераізм абаронцаў Варшавы і ўмелыя дзеянні Касцюшкі ў жніўні-верасні прымусілі гэтыя войскі адысці ад горада.

Неўзабаве становішча паўстанцаў значна пагоршылася, бо Аўстрыя пашырыла тэрыторыю сваёй акупацыі, тым самым наносячы ўдар з поўдня. Усё ж Касцюшка не падаў духам і спрабаваў адбівацца на ўсе бакі. Хоць рабіць гэта было ўсё цяжэй і цяжэй: звужалася тэрыторыя паўстання, паўстанцы цярпелі паразы, зняверваліся ў выніках барацьбы, сілы іх былі на зыходзе. Пасля перамогаў Суворава пад Крупчыцамі і Берасцем корпус Ферзена пачаў наступ з паўднёвага захаду. Супраць яго Касцюшка выставіў сваю дывізію, папоўніўшы яе апошнімі рэзервамі з-пад Варшавы. На дапамогу павінна была падысці яшчэ дывізія пад камандаваннем генерала Панінскага, але ён загаду Касцюшкі не выканаў і да месца бітвы гэтая дывізія не паспела. 10 кастрычніка блізу 15 тысяч паўстанцаў на чале з Тадэвушам Касцюшкам занялі пазіцыі каля Мацяёвіцаў. На світанні іх атакаваў колькасна большы корпус генерала Ферзена. Да першай гадзіны дня ішла зацятая бітва. Скончылася яна на карысць расейцаў. Тысячы паўстанцаў загінулі. Цяжка паранены трапіў у палон сам Касцюшка. Страты супрацьлеглага боку таксама былі значныя — больш за 1300 чалавек забітых і параненых.

Непрытомны Касцюшка (атрымаў шабельны ўдар у голаў, некалькі ранаў ад казацкіх пікаў) быў абрабаваны і цудам застаўся жывы, бо расейцы пазналі, з кім маюць справу.

На наступны ж дзень, 11 кастрычніка, Касцюшка пад імем «шляхціча Шыманскага» пры строгай і пільнай ахове быў накіраваны ў Санкт-Пецярбург (праз Кіеў, Чарнігаў, Магілеў, Шклоў, Віцебск і Ноўгарад). Той факт, што Касцюшка апынуўся ў палоне, адмоўна паўплываў на ход паўстання.