Генерал-пракурор А. Самойлаў, кіраўнік Тайнай экспедыцыі, у якой дапытвалі Касцюшку, рэгулярна дакладваў Кацярыне ІІ пра ягоны стан. Пры канцы сакавіка ён паведаміў ахове Петрапаўлаўскай цытадэлі, што імператрыца дазволіла Касцюшку «з прычыны слабога здароўя гуляць у садзе» блізу дома каменданта, «калі ён пажадае, з тым каб пры ім тым часам па два афіцэры знаходзіліся». Паколькі Касцюшка пакутаваў на хваробу ног (некаторыя меркавалі, што ён яе сімуляваў), яго пачалі вывозіць на свежае паветра ў калясцы. У траўні 1795 года здароўе знакамітага вязня раптоўна пагоршылася: да ранейшых немачаў дадалася хвароба страўніка. Да яго быў накіраваны штаб-лекар імператрыцы Джон Роджэрсан. Кацярына ІІ загадала, як толькі хвораму стане лепей, перавесці яго ў асобны дом за межамі цытадэлі.

Знаходзячыся ў зняволенні, Касцюшка амаль увесь час ляжаў або сядзеў у крэсле. Пазней займаўся рэззю па дрэве, спрабаваў працаваць на такарным станку. З гэтага можна зрабіць выснову, што нават Кацярына ІІ даволі гуманна і з павагаю ставілася да Касцюшкі. Спачувалі яму і некаторыя прыдворныя.

Пасля смерці імператрыцы на трон узышоў Павел І. Ён наведаў Касцюшку 27 лістапада 1796 года і ў часе гутаркі абвясціў пра яго вызваленне. (Ю. Нямцэвіч у сваіх успамінах піша, што першая сустрэча Паўла І з Касцюшкам адбылася 26 лістапада.) Пры гэтай гутарцы прысутнічалі два сыны цара (Канстанцін і будучы імператар Аляксандар І) і прыдворныя.

Праз дзень Касцюшку самога павезлі да цара. Ён падаў спіс паўстанцаў, якія знаходзіліся на паўночным Урале, у Сібіры, на Камчатцы, з просьбай аб іх вызваленні. Гэтая просьба была неадкладна задаволеная. Павел І распарадзіўся вызваліць усіх зняволеных і сасланых паўстанцаў.

Гэтакі крок Паўла І быў, аднак, абумоўлены неабходнасцю прыняцця Касцюшкам «прысягі на вернасць». І ён вымушаны быў прыняць умову. Цікава, што ў беларускім фальклоры гэты факт набыў своеасаблівую афарбоўку: «Як Касьцюшку злавілі, то зараз прывялі перад цара, дай казалі яму, каб ён прысягнуў Расеі, так ён сказаў: «На чыёй зямлі стаю, таму прысягаю і за таго голаў палажу!» А ён уперад набраў зямлі ў чобаты, як з Польшчы выяжджаў, і на той зямлі прысягаў: от таму ён і не зьняверыўся»{14}.

Павел І прапанаваў таксама Касцюшку атрымаць маёнтак з 1000 душ прыгонных сялянаў, ад чаго той адмовіўся і замест гэтага атрымаў буйную суму грошай (паводле звестак Нямцэвіча, 60 тысяч рублёў срэбрам). Аднак Касцюшка цвёрда адмовіўся ад прапановы імператара «ўступіць у службу расійскую». Ён заявіў Паўлу І, што можа змагацца толькі пад харугвамі незалежнасці ў Амэрыцы ці Рэчы Паспалітай.

Стаўленне Паўла І да Касцюшкі ды іншых палонных паўстанцаў выклікала недаўменне не толькі ў сучаснікаў. Так, савецкі гісторык М. М. Пакроўскі пісаў: «Павел пачаў заступацца за палякаў, вызваліў героя апошняй польскай вайны Касцюшку, які сядзеў у зняволенні, а генерала Суворава, які ўзяў Прагу, выгнаў у адстаўку. Усё гэта ён зрабіў без усялякага разліку, проста па сваёй шалапутнасці»{15}.

На самой жа справе Павел І праводзіў разумную, дальнабачную палітыку. У гутарцы з былым маршалкам земскім Вялікага Княства Літоўскага Ігнатам Патоцкім, актыўным дзеячом паўстання, Павел І гаварыў: «Я быў заўсёды супраць падзелу Польшчы, лічыў яго як несправядлівым, так і палітычна памылковым. Каб адрадзіць Польшчу, неабходна згода трох дзяржаў, але на гэта не згодзіцца Аўстрыя, яшчэ менш Прусія, не абвяшчаць жа мне ім вайну? Дзяржава мая пасля такіх працяглых і непатрэбных войнаў вельмі ж міру жадае»{16}. Пасля смерці Паўла І некаторы час такую ж палітыку праводзіў і Аляксандар І, які дамогся вызвалення часткі польскіх земляў ад аўстрыйскага і прускага ўладарніцтва і ўтварэння Каралеўства (Царства) Польскага ў складзе Расейскай імперыі.

Касцюшка, атрымаўшы свабоду разам з сваім ад'ютантам і сакратаром Юльянам Нямцэвічам, дарэчы ўраджэнцам Берасцейскага павета, пастанавіў выехаць у Злучаныя Штаты Амэрыкі. 18 снежня 1796 года Касцюшка наведаў Паўла І і падзякаваў яму за прыязнасць. (Паколькі Касцюшка па-ранейшаму хадзіў з цяжкасцю, да ўваходу ў Зімовы палац былі пасланыя кавалергарды з крэслам царыцы, у якім яго і транспартавалі.) Павел І і ўся яго сям'я зычліва сустрэлі яго і пажадалі шчаслівай дарогі. 19 снежня Касцюшка з Нямцэвічам пакінулі Пецярбург.

Пасля непрацяглага знаходжання ў Стакгольме і Лондане 18 чэрвеня 1797 года Касцюшка выехаў з Брыстоля ў Амэрыку і праз два месяцы плавання па Атлантычным акіяне прыбыў у Філядэльфію.

Касцюшка меркаваў, што ў Амэрыцы жывуць свабодныя і шчаслівыя грамадзяне, за свабоду якіх ён змагаўся. Аднак яго надзеі не спраўдзіліся: у Злучаных Штатах працягвала захоўвацца рабства больш цяжкае, чым прыгоннае права. Разам з тым Касцюшку не пакідала думка вярнуцца ў Эўропу і працягваць барацьбу за свабоду на радзіме. Пад час знаходжання ў Амэрыцы Касцюшка сустрэўся з сваімі баявымі сябрамі і таварышамі. Кангрэс Злучаных Штатаў прыняў пастанову аб выплаце Касцюшку грошай за мінулую службу і прызначыў яму пенсію.

Французскі ўрад (Дырэкторыя), жадаючы скарыстаць патрыятычна настроеных эмігрантаў з Рэчы Паспалітай, у студзені 1797 года пачаў фармаваць у паўночнай Італіі «польскія» легіёны пад лозунгамі свабоды, роўнасці і братэрства («За вольнасць нашу і вашу»). Яны выкарыстоўваліся французскім камандаваннем у барацьбе з Аўстрыяй. Імкнучыся скарыстаць аўтарытэт Касцюшкі для арганізацыі паўстання ў Заходняй Украіне і Паўднёвай Польшчы супраць Аўстрыі, Дырэкторыя праз свайго консула ў Філядэльфіі схіліла яго абяцаннем ваеннай дапамогі ў барацьбе за вызваленне Рэчы Паспалітай да вяртання ў Эўропу.