В кампанию 1943 года флотилию оперативно подчинили 7-й отдельной армии. Ее задачей стала активная оборона южного и восточного побережья озера во взаимодействии с сухопутными войсками, артиллерийская поддержка приозерного фланга войск, защита перевозок и создание благоприятного оперативного режима на озере. Для этого Онежская флотилия располагала дивизионом канонерских лодок, отрядом бронекатеров, дивизионом минных катеров (из сторожевых и торпедных катеров, вооруженных ракетами), группы кораблей охраны водного района из сторожевых кораблей и сторожевых катеров и катеров-тральщиков. Со временем численность флотилии выросла [918] .

На кампанию 1943 года Карельский фронт по согласованию с Главным штабом ВМФ поставил перед флотилией следующие задачи: противодесантная оборона побережья, содействие флангам войск артиллерией и высадками десантов, оборона озерных путей сообщения и действия на коммуникациях противника, ведение постоянных боевых действий. Основными противниками флотилии являлись авиация и береговая артиллерия [919] .

В первой половине мая 1943 года основные силы флотилии прибыли. Сразу же начались боевые действия бронекатеров.

В мае 1943 года была сделана попытка обстрелять канонерскими лодками военные объекты под Петрозаводском. Однако противник, узнав о приближении кораблей, выслал авиацию, которая нанесла потери флотилии и заставила ее отойти, так как своего прикрытия с воздуха не было [920] .

Летом прибыл дивизион торпедных катеров с неуправляемыми ракетами («катюшами»), которые именовали минными кораблями. После изучения новой техники А.П. Дьяконов решил проверить готовность дивизиона и отправился вместе с Антоновым к устью реки Вытегра. Так как поступило сообщение о появлении неприятельского конвоя, Антонов с 2 бронекатерами вышел в море. После того как обнаружили буксир с баржей в охранении сторожевого катера, начальник штаба флотилии радировал командующему флотилией: «Вижу противника. Прошу выслать катера». Сам он принял решение атаковать противника [921] .

Так как подкрепления не прибыли, Антонов приказал второму катеру поставить дымовую завесу, прикрывающую от огня береговых батарей. Сблизившись на 42 кабельтова, атакующий катер открыл огонь и вскоре поразил баржу; буксир и сторожевой катер отвернули под прикрытие береговых батарей. Так как второй катер не успел поставить отсекающую завесу из-за малой скорости, катера попали под обстрел береговых орудий противника, и Антонов приказал выходить из боя. Катера, маневрируя под огнем, почти без повреждений прибыли на базу. Катерники получили благодарность командующего. После того были проведены успешные испытания минных катеров [922] .

Так как документов по управлению катерами с ракетными установками не существовало, при помощи побывавшего на флотилии главного артиллериста ВМФ контр-адмирала В.В. Чистосердова было подготовлено Наставление по боевому применению реактивных установок на катерах ВМФ. Подготовка экипажей минных катеров позволила успешно использовать их в боях.

Дьяконов командовал Онежской флотилией с 7 августа по 28 ноября 1941 года, Онежским отрядом кораблей – с апреля по 13 декабря 1942 года и затем снова флотилией с 10 мая по 7 июля 1943 года [923] . Снят он был приказом наркома ВМФ за потери в начале кампании 1943 года.

С июля 1943 года капитан 1-го ранга Дьяконов был назначен начальником 4-го (июль 1943 – ноябрь 1944), затем до июля 1945 года – 5-го отделения исторического отдела Главного морского штаба. С июля 1945 по сентябрь 1949 года Дьяконов являлся заместителем начальника Военно-морского отдела по флоту советской части Союзной комиссии в Австрии. Затем он состоял начальником факультета заочного обучения Военно-морской академии имени К.Е. Ворошилова (сентябрь 1949 – сентябрь 1955 года). С сентября 1955 года Дьяконов оставался в запасе. Скончался А.П. Дьяконов в сентябре 1978 года в Москве. О его смерти поместила некролог газета «Московская правда» от 8 сентября 1978 года. Моряка наградили орденом Ленина (1946), 2 орденами Красного Знамени (1944, 1951), орденом Отечественной войны I степени (1945), Красной Звезды (1943), медалями [924] .

О действиях Онежской флотилии А.П. Дьяконов рассказал в статье «Памятные годы» сборника воспоминаний онежцев «Боевые вымпела над Онего», изданном в Петрозаводске в 1972 году и переизданном в 1980 году.

С.В. Земляниченко по специальности являлся химиком. Но обстоятельства заставили его ненадолго стать командующим флотилией.

Сергей Земляниченко родился в Саратове 21 января 1900 года. Он происходил из семьи служащего. В 1919 году юноша окончил школу II ступени, был телеграфистом. В августе 1921 года его приняли на ускоренные курсы техников начсостава флота, но уже в сентябре перевели в Военно-морское училище. После окончания училища в мае 1925 года Земляниченко был назначен вахтенным начальником канонерской лодки «Красное знамя» Морских сил Балтийского моря, в августе 1926 года – вахтенным начальником посыльного судна «Кречет» на Балтике. В октябре 1926 года его перевели помощником начальника курса Военно-морского политического училища имени Рошаля. В марте 1927 года Земляниченко стал исправлять должность штурмана вспомогательного судна особого назначения «Смольный» [925] .

24 ноября 1928 года Земляниченко был зачислен слушателем химического класса спецкурсов командного состава ВМС РККА [926] . 18 октября 1929 года он окончил курсы и был назначен в отдельный отряд реки Днепр [927] . В 1930 году Земляниченко являлся химиком отдельного отряда судов реки Днепр. Он предложил «Описание щелочения паровых котлов соляной кислотой», и на его метод был дан отзыв Мортехупра [928] .