Моряки готовились к высадке в Крыму. Формировали Керченскую военно-морскую базу, которую временно, до захвата порта, подчинили Холостякову. Контр-адмирал занимался разминированием Новороссийска и оживлением порта, восстановлением судоремонтного хозяйства. Пользуясь относительным затишьем, он решил подлечиться от ревматизма в Мацесте. Однако уже через неделю его вызвали в Геленджик. Была запланирована высадка на Керченском полуострове. Северо-восточнее и севернее Керчи десант должна была высаживать Азовская флотилия. Высадка вспомогательного десанта южнее Керчи досталась кораблям Новороссийской и Керченской военно-морских баз под командованием Холостякова [1158] .

Подготовку к высадке начали с разведки позиций противника за Керченским проливом. В разрушенном Таманском порту, в Кроткове и у Соленого озера строили причалы для посадки войск на суда. Под Тамань перенесли, кроме подвижных, и несколько стационарных батарей. Для перевозки десанта (318-я стрелковая дивизия) было собрано 82 боевых катера и 53 различных плавединицы, пригодных для высадки на необорудованный берег. Планировали начать высадку в ночь на 28 октября. Однако шторм внес коррективы. Часть судов выбросило на берег. Только к концу месяца шторм стал стихать. Высадку наметили в ночь на 1 ноября [1159] .

Волнение на море продолжалось и даже усиливалось, пока корабли шли к поселку Эльтиген. Движение отрядов с десантом задерживалось. Пришлось перенести время артподготовки. После 5.00 началась высадка. Однако на волнении суда разбрасывало у берега, части перемешивало. Некоторые мотоботы, которые перевозили десантников с более крупных судов, были выброшены на берег, некоторые пострадали от обстрела противника. Высадить все войска до рассвета не удалось, и Холостяков приказал кораблям возвращаться в порты Тамани. Чтобы продолжить перевозки, следовало спешно отремонтировать пострадавшие суда и переформировать отряды. На плацдарме высадилось более 2 тысяч человек и 14 орудий. Их следовало подкрепить и снабжать. Днем удалось высадить на берег командира дивизии В.Ф. Гладкова с его штабом. Только в ночь на 2 ноября на плацдарм доставили 3 тысячи человек, боеприпасы, продовольствие, орудия [1160] .

Холостяков рассчитывал, что снабжать войска на плацдарме придется дня три-четыре. Советские войска 1 ноября прорвались через Турецкий вал к Армянску. Полагали, что вскоре начнется наступление в Крыму. В ночь на 3 ноября Азовская военная флотилия начала высадку основного десанта на северо-восточной оконечности Керченского полуострова. Вскоре на новом плацдарме была сосредоточена 56-я армия. Но положение десанта у Эльтигена оказалось сложным. Он не располагал силами, чтобы расширить плацдарм. Перевозкам мешали неприятельские корабли (хорошо вооруженные БДБ, торпедные катера), ночами нападавшие на конвои. Для прикрытия транспортных судов были организованы отряды из бронекатеров, торпедных и сторожевых катеров, которые вступали в бои с неприятелем. Но 11 ноября к плацдарму, который окрестили Огненной Землей, прорваться не удалось. И позднее подкрепления и грузы доставляли отдельные мотоботы и самолеты. Несмотря на дефицит боеприпасов, Огненная Земля приковала к себе две дивизии противника. Но снабжать ее было слишком сложно. Так как снять дивизию Гладкова морем было невозможно, командовавший Отдельной Приморской армией в Крыму И.Е. Петров предложил дивизии пробиваться по суше. 6 декабря Гладков начал прорыв. Ее поддерживала артиллерия Новороссийской военно-морской базы. 7 декабря дивизия вышла к Керчи. Так как брать Керчь сразу не стали, дивизию вывезли кораблями Азовской флотилии [1161] .

Корабли и части базы, кроме участия в Новороссийско-Таманской (сентябрь – октябрь 1943 года) и Керченско-Эльтигенской (октябрь – декабрь 1943 года) десантных операциях, ставили мины в Керченском проливе, под Анапой, Новороссийском и Туапсе, с 1941 по 1944 год проводили боевое траление в районах Туапсе, Геленджика, Цемесской бухты, Новороссийска и Керчи.

Г.Н. Холостякова, признанного мастера десанта, назначили исполняющим обязанности командующего Азовской флотилией вместо больного С.Г. Горшкова. Эти обязанности он исполнял с декабря 1943 по март 1944 года [1162] .

О назначении временно командовать Азовской флотилией Холостяков узнал под утро 1 января. До того его ознакомили с планом высадки у мыса Тарханкут, и моряк его одобрил. Теперь предстояло план осуществить. Для высадки 166-го гвардейского полка флотилия собрала до 40 тендеров и мотоботов, несколько малых боевых кораблей и катеров. Из-за неготовности сухопутных войск и плохой погоды десант откладывали. Наконец поступил категорический приказ провести высадку. В ходе движения судов волнение возрастало. Так как возвращать десант было поздно, Холостяков приказал по возможности поторопиться. Однако удалось достичь берега только к рассвету. Высадка началась при поддержке артиллерии Новороссийской военно-морской базы. Полк высадили почти без потерь. Он прорвал позиции противника и успешно наступал. Зато на обратном пути при шторме шесть-семь баллов моряки потеряли несколько мотоботов [1163] .

В ночь на 23 января Холостяков руководил высадкой десанта в Керченской бухте. Первую волну высадки в порту Керчи составили два батальона морской пехоты, вторую – стрелковый полк. Десанту предстояло наступать от порта через город, чтобы помочь 339-й дивизии прорвать оборону противника под Керчью. Высадка прошла успешно. Но в январе взять Керчь не удалось [1164] .

Весной отряды кораблей уходили на запад, для действий у берегов Крыма. В Одессу перешла Азовская флотилия, которая должна была стать Дунайской. Холостяков занимался приведением в порядок Новороссийского порта. Начались будни начальника базы, если считать буднями восстановление разрушенного и заминированного порта. В боевой характеристике записано: «Командуя Новороссийской Военно-морской базой, проделал большую работу по снабжению Крымского фронта, Севастопольского оборонительного района и обеспечению кораблей, дислоцируемых в базе. Много уделяет внимания оборонительному строительству базы, а когда противник подошел к Новороссийску, непосредственно и вполне успешно руководил боевыми действиями частей базы. Боевые задачи выполнялись хорошо. Личный состав базы показал образцы в борьбе с врагом, проявляя мужество, героизм, преданность Родине» [1165] .

В начале декабря Холостяков получил телеграмму наркома ВМФ: «Назначены командующим Дунайской военной флотилией. Отбыть немедленно» [1166] . Уже через сутки, сдав дела, моряк выехал к новому месту службы. 12 декабря он вступил в командование флотилией, имевшей задачу поддержать войска, наступавшие на Будапештском направлении.

12 декабря Ставка Верховного главнокомандования дала указание войскам 2-го и 3-го Украинских фронтов окружить неприятельские войска в районе Будапешта. Дунайской флотилии предстояло оказать поддержку войскам 46-й армии, которая наступала на Будапешт с юга вдоль Дуная, и 68-му стрелковому корпусу, наступавшему с югославскими войсками на Вуковарском направлении. Холостяков, вступив в командование, не изменил задачи, поставленные Горшковым Бригаде траления и соединениям флотилии, которые действовали на Вуковарском и Будапештском направлениях. К 19 декабря командный пункт командующего флотилией был перенесен ближе к штабу 3-го Украинского фронта. А 20 декабря началось наступление главных сил 2-го и 3-го Украинских фронтов. На этом этапе Дунайская флотилия поддерживала огнем наступавшие в приречном районе войска [1167] .