Дунайская флотилия поддерживала и переправляла войска, которые к 2 апреля вышли на подступы к Братиславе. Холостяков 3 апреля подтягивал к Карлсбургу катера и береговые части, которым предстояло обеспечить наступление на Братиславу. Штурм города начали в ночь на 4 апреля. Братислава пала 4 апреля, но только к вечеру 5 апреля при помощи моряков удалось взять правобережный пригород Петржалка. В приказах Верховного главнокомандования 30 марта и 4 апреля среди других были отмечены и моряки контр-адмирала Холостякова. А 4 апреля 1946 года Г.Н. Холостякову и другим отличившимся дунайцам национальный комитет Братиславы присвоил звание почетных граждан города [1175] .

Далее целью флотилии стала Вена. 6 апреля Ставка Верховного главнокомандования поручила взятие столицы Австрии войскам 3-го Украинского фронта, охватившего город с юго-востока, юга и юго-запада, а 2-му Украинскому фронту следовало переправить на левый берег Дуная 46-ю армию, чтобы отрезать пути отхода гитлеровцев на север и северо-запад. Холостяков решил 2-ю бригаду речных кораблей использовать для форсирования Дуная и поддержки 46-й армии; ей были подчинены Береговой отряд сопровождения и корабли 1-й бригады, действующие на Венском направлении. Корабли 2-й бригады, действующие на Вуковарском направлении, были подчинены командованию 1-й бригады. Сам контр-адмирал расположил командный пункт в Братиславе, чтобы поддерживать связь с командованием фронтов, своих соединений и частей. Командиры бригад должны были со штабами располагаться вблизи соответствующих сухопутных штабов. Несмотря на атаки вражеской авиации, с 6 по 14 апреля корабли флотилии переправили основные соединения 46-й армии, более 100 тысяч человек с вооружением и тылами. Чтобы расширить плацдарм и дезорганизовать оборону противника, Холостяков предложил высадить десант южнее Орта и наступать на город, чтобы помочь наступлению двигающегося навстречу 75-го стрелкового корпуса. Для высадки 2-я бригада речных кораблей, занятая переправой, могла выделить лишь 4 бронекатера и 3 минометных катера. Высадка первого эшелона прошла утром 8 апреля, а второй эшелон высаживали днем. Расширение плацдарма позволило ускорить переправу 46-й армии. А корабли флотилии шли на Вену. Холостяков направил основные силы для поддержки войск 4-й гвардейской армии, которая наступала у правого берега реки. Остальные катера поддерживали переправу и наступление войск 46-й армии [1176] .

Так как войска не могли взять единственный уцелевший мост, Холостяков поддержал предложение капитана 2-го ранга Аржавкина высадить десант сразу на оба конца моста. Чтобы пройти по фарватеру, загражденному обломками и затопленными судами, Аржавкин 11 апреля предпринял прорыв днем. Десантники под обстрелом высадились, предотвратили взрыв и двое суток удерживали мост. И при прорыве, и на отходе катера под обстрелом несли потери, но все вернулись. Благодаря их помощи 13–15 апреля советские войска разгромили группировку противника в Вене и группировку, пытавшуюся отойти на север. В приказах 13 и 15 апреля 1945 года в числе отличившихся отметили корабли и части Дунайской флотилии. В дальнейшем Холостяков руководил тралением на Дунае, а часть кораблей использовали для поддержки продолжавших наступление советских войск. Боевые действия продолжались до 9 мая. Холостяков намеревался уничтожить обнаруженные на реке более 30 судов и кораблей противника, но в связи с капитуляцией Германии операция была отменена [1177] .

Пока шли бои в Австрии, флотилия вела боевые действия на Вуковарском направлении. До 9 апреля корабли переправляли войска Народно-освободительной армии Югославии и поддерживали огнем их фланг. В ночь на 12 апреля по приказу Холостякова корабли 1-й бригады речных кораблей осуществили высадку 5-й бригады югославских войск в районе Опатовац – Сотин. Десант при поддержке артиллерии кораблей взял Опатовац. Фронт противника был прорван. 12–13 апреля югославские войска при поддержке флотилии очистили от противника последний участок на правом берегу Дуная и продолжили преследование отходившего врага.

Параллельно с поддержкой войск флотилия вела траление. Тральщики брались за работу, как только часть реки освобождали от противника. Для обеспечения безопасности судоходства было организовано размагничивание судов и кораблей. Командование флотилии применило групповой метод очистки фарватеров от мин, применяя на полосе 60–100 метров различные виды уничтожения мин. В результате за сутки тральщики флотилии прокладывали 40–45 километров фарватеров. Фарватеры на Дунае были проложены от Джурджу до Вены [1178] .

Итак, вместе с войсками 2-го и 3-го Украинских фронтов Дунайская флотилия под командованием Г.Н. Холостякова участвовала в Будапештской (октябрь 1944 – февраль 1945 года) и Венской (март – апрель 1945 года) операциях, во взятии городов Будапешт, Комарно, Братислава и Вена.

В боевой характеристике Холостякова этого времени записано: «Энергичный, решительный, дисциплинированный, способный и авторитетный адмирал, требовательный к себе и подчиненным. Подготовлен в оперативно-тактическом отношении. Хороший организатор и руководитель. Имеет боевой опыт по руководству и организации совместных действий кораблей и частей флота с войсками Красной армии. Успешно решал задачи по боевому тралению и минированию. Правильно руководит подготовкой своего штаба и подчиненных командиров соединений».

7 раз имя Холостякова было упомянуто в приказах Верховного главнокомандования. 24 мая 1945 года моряка произвели в вице-адмиралы [1179] .

После долгих поисков моряку удалось найти в эвакуации больную Прасковью Ивановну. Вскоре она скончалась [1180] .

После войны Холостяков продолжал командовать Дунайской флотилией. Моряки флотилии в основном занимались очисткой реки от мин. Тральные работы продолжались до осени 1948 года, после чего Дунай считали безопасным от мин.

С декабря 1948 по декабрь 1950 года моряк учился на военно-морском факультете Высшей военной академии имени К.Е. Ворошилова. Академию он окончил с золотой медалью. В феврале-декабре 1951 года моряк командовал Каспийской военной флотилией, затем до августа 1953 года – 7-м ВМФ на Тихом океане [1181] .

Все это время Холостяков переписывался с Натальей Васильевной Куниковой, вдовой легендарного десантника, а когда стал командующим флотом, пригласил ее с сыном Юрием Цезаревичем к себе и предложил руку и сердце. С 1952 года они жили единой любящей семьей. Георгий Никитич любил приемного сына и его детей не меньше, чем родного сына Георгия [1182] .