9 апреля 1942 года Государственный Комитет Обороны (ГКО) поставил перед наркомом ВМФ задачу обеспечения доставки через Ладожское озеро ежедневно 4200 тонн грузов (2500 тонн продовольствия, 300 тонн боеприпасов, 300 тонн горюче-смазочных материалов, 1000 тонн горючего). Следовало вывозить 3 тысячи человек гражданских лиц и раненых. Кроме того, флотилии предстояло проводить оперативные перевозки грузов и войск для нужд флота и фронта. Чтобы обеспечить выполнение этих нелегких требований, ГКО тем же постановлением подчинил командующему Ладожской флотилией озерный и речной флот Северо-Западного речного пароходства с портами, пристанями, береговым устройством и вспомогательными предприятиями. Кроме перевозок, флотилии следовало прикрывать движение судов, содействовать 7-й и 23-й армиям и войскам Волховского фронта в прибережных зонах [1218] .

К началу навигации были созданы порты с причалами и оборудованием. К портам была подведена сеть дорог, организованы оперативная группа и диспетчерская по перевозкам.

Весна запоздала, и пришлось спасать корабли, оказавшиеся в опасном положении из-за подвижки ледового покрова. Только 21 мая первое судно пробилось сквозь тающие льды. К концу месяца перевозки стали регулярными, несмотря на льды и массированные атаки неприятельской авиации. Советские истребители вели ожесточенные бои с противником. Несмотря на авиационные налеты и навигационные потери, в начале навигации суда перевозили в сутки 3200 тонн, а в июле-августе 6–7 тысяч тонн [1219] .

За лето по дну Ладожского озера была проложена труба для подачи жидкого топлива и силовые кабели для снабжения Ленинграда электричеством [1220] .

В 1942 году на Ладожском озере были сосредоточены германские, итальянские и финские корабли и катера, которым следовало прервать грузопоток. Однако эффективность их действий оказалась невелика, тогда как корабли флотилии 27 июля обстреляли бухту, в которой базировался противник. Сам Чероков не раз выходил в боевой поход. Не удалось неприятелю помешать перевозкам и минными постановками. Чтобы обеспечить суда от нападения кораблей противника, было установлено несколько береговых батарей.

В сентябре германское командование предприняло попытку захватить Ленинград. Однако советские войска при поддержке КБФ обескровили наступающих и сорвали попытку взять город. Свою роль сыграла и Ладожская флотилия. Корабли, несмотря на удары с воздуха и потери, обстреливали позиции противника. Успешно действовали летчики и катерники, отражали попытки неприятеля помешать перевозкам.

Чероков осуществлял руководство разгромом неприятельского отряда, пытавшегося 22 октября 1942 года высадить десант на остров Сухо. На острове в 1942 году были установлены 3 100-мм орудия. Батарея прикрывала вход в Волховскую губу. Мимо нее проходила основная судоходная трасса. Потому Сухо противник избрал как цель для своего десанта. Утром 22 октября с патрульного тральщика ТЩ-100 и МО-171 сообщили, что появились неприятельские суда. Позднее стало известно, что атаковали 14 десантных катеров и 24 самоходные баржи. Более сотни стволов орудий обрушили огонь на небольшой искуственный островок. Затем Сухо атаковали с воздуха. Гитлеровцам удалось высадить десятки автоматчиков на берег, но защитники острова отбросили десантников. Единственное уцелевшее орудие повредило десантную баржу. Тральщик и МО поддерживали защитников огнем. Тем временем Чероков узнал о нападении и послал к Сухо все боеготовые корабли. К месту боя стягивали 4 канонерские лодки, тральщики, малые охотники, бронекатера и торпедные катера. Из Новой Ладоги выслали озерный буксир «Морской лев» с ротой морской пехоты и медиками. Контр-адмирал направлял информацию в Главный штаб ВМФ, в штаб КБФ, в штабы ближайших фронтов и армий. Были приняты широкие контрмеры. По берегу развернули сухопутные войска. По десантным судам противника нанесла удар авиация. Неприятель, потеряв 2 десантные баржи, удалился. ТЩ-100, приняв на борт раненых, по приказу Черокова вывез их в Новую Ладогу [1221] .

Так как командующий считал, что следует добить противника, с флангов неприятеля атаковали малые охотники, высланные на перехват. Они связали боем неприятеля, позволив подойти тихоходным канонеркам. Те завязали бой на предельной дистанции и подбили одну десантную баржу. Эту баржу и десантный катер моряки взяли как трофеи. Они послужили образцами для изучения техники противника. Советское информбюро сообщало, что действиями кораблей и авиации уничтожено до 16 десантных судов и 15 самолетов противника [1222] .

В октябре Военный совет КБФ обратился к ладожцам с призывом вдвое увеличить перевозку грузов по сравнению с летом. Несмотря на тяжелую штормовую погоду, которая составила 72 дня за лето, несмотря на потерю 21 судна от ударов авиации и 34 судов от непогоды, моряки наращивали перевозки. Потери составили всего 0,4 процента от перевезенных грузов. Грузов доставляли так много, что возникли трудности с разгрузкой. Перевозки продолжали и после ледостава. Командование шло на потерю судов, чтобы до последнего момента доставлять грузы. В ноябре суда шли во льду. В декабре, когда установилась ледовая трасса, продолжали перевозки на канонерских лодках и металлических баржах. Последний конвой провели 7 января 1943 года, но еще неделю шли отдельные суда. Только 20 января поступил приказ судам и кораблям приступить к зимнему ремонту. За 194 дня навигации озеро пересекли 21 700 судов, которые перевезли 1 009 700 тонн грузов. Было доставлено 300 тысяч человек пополнения и вывезено более 500 тысяч эвакуированных и раненых [1223] .

12 января наконец началась операция «Искра», для которой флотилия и везла срочно грузы и людей. Ленинградский и Волховский фронты перешли в наступление и 18 января соединились юго-восточнее Шлиссельбурга. Участвовала и артиллерия Ладожской военной флотилии. Чероков руководил действиями флотилии при прорыве блокады Ленинграда в январе 1943 года. Прорыв блокады позволил соединить Ленинград с Большой землей железной дорогой. Однако потребности города и фронта были столь велики, что и в 1943 году Ладожской флотилии предстояло продолжить перевозки. За зиму боевые корабли, в первую очередь канонерские лодки, получили более мощное вооружение, современную технику, уделили время тактической подготовке командного состава.

Уже 26 марта 1943 года канлодка «Шексна» прошла к Кабоне, взрывая ледовые перемычки, а в конце марта – начале апреля перевозки были налажены, несмотря на атаки с воздуха. 26 марта флотилия получила увеличенный по сравнению с прошлым годом план перевозок. Но ранняя весна не исключала подвижек льда. Под давлением льдов погиб транспорт «Вилсанди». Погиб на мине тральщик ТЩ-126. Оба были подняты и восстановлены.

Несмотря на авиационные налеты, перевозки резко возросли. Однако летом требования к перевозкам были уменьшены, так как центр боевых действий сместился к Курской дуге. Часть тендеров была отправлена в Ленинград и на Черное море. Ладожская флотилия получила указание главным образом наносить удары по противнику.