Все это время монголы не переставляли осуществлять и военное давление на Сун. Каждая маленькая победа служила на пользу широко распространяемой мысли о том, что само Небо завещало будущее монголам и оставило династию Сун. Хан Хубилай сам направлял кампанию по связям с общественностью, а военную полностью поручил своему доверенному военачальнику по имени Баян, который был почти настолько же искусен в военном деле как Субэдей. В 1276 году монгольские войска, наконец, взяли сунскую столицу Ханчжоу и на протяжении нескольких лет подавили последние очаги сопротивления на местах. При помощи настойчивой пропаганды и прозорливой политике Хубилаю удалось то, что не удалось его деду Чингисхану при помощи грубой силы. Поддерживая свой образ воплощения всех китайских добродетелей, Хубилай стал заботиться о вдовствующей императрице Сун и позволил большей части императорской фамилии и дальше жить в своих роскошных дворцах. Он позаботился о том, чтобы наследник правящей фамилии не стал центром освободительного движения, отослав его на обучение в Тибет, где тот стал монахом в 1296 году.

Для китайских ученых и литераторов времена правления поверженной династии Сун очень скоро стали воспоминанием о золотом веке. Поэт Сье Яо выражает это чувство в проникнутом ностальгией по старым временам стихотворении «Посетил прежний императорский дворец в Ханчжоу».

Хан Хубилай отлично понимал каким сокровищем завладел, покорив столицу династии Сун и ее чиновников. Они представляли высшую точку китайской цивилизации, и в последующие годы он старался сохранить их высокие достижения, одновременно реформируя и расширяя их империю. Японский ученый Хидехиро Окада пишет: «Самое великое наследие, которое Монгольская империя оставила китайцам, — это сам китайский народ». Монголы не только объединили все княжества, где говорили на разных диалектах китайского, но и присоединили в империи соседние царства тибетцев, уйгуров и других малых народов. Новая страна, которую они создали, почти в пять раз превышала по размерам территорию китайскоговорящих народов. Официальная культура этой новой китайской империи, разумеется, не была монгольской, но она не стала и традиционно китайской. Хан Хубилай создал некую смежную культуру, которая впоследствии оказала несравненное влияние на весь остальной мир.

Когда власть хана распространилась почти на все царства, до которых можно было добраться по суше, Хубилай обратил свой взор в море. Его торговцы привезли ему подробные сведения о Яве, Цейлоне и близлежащих островах северной Японии. Хан хотел включить эти земли в свою растущую Монгольскую империю. В 1268 году он отправил посольство в Японию, чтобы оговорить условия покорения страны, но японцы отвергли требования монголов. Тогда Хубилай был все еще слишком занят окончательным завоеванием земель династии Сун и потому продолжал посылать одно посольство за другим, чтобы мирно убедить японцев покориться.

Как только Хубилай завладел флотом покоренной династии Сун, он сразу же получил средства и обученных людей, которые позволили ему начать вторжение на непокорные острова. Он обновил сунские военно-морские силы, и попытался превратить их из простых защитников прибрежных территорий в самую настоящую армаду, способную проводить боевые операции и в открытом море. Он превратил Корейский полуостров в одну огромную судостроительную верфь и военно-морскую базу, с которой и собирался реализовать завоевание Японии. Хотя построенные им корабли были одними из самых больших в ту эпоху, спешка, в которой их строили, снижала их боевые качества. Археологические находки позволяют утверждать, что для ускорения строительства монголы соединяли два куска камня в один якорь, вместо того, чтобы вытесать его из одного блока, что, несомненно, сделало бы якоря прочнее. Монголы погрузили на корабли пищу, доспехи и вооружение, включая большие снаряды с порохом и шрапнелью для обстрела японских городов.

Хубилай отправил еще несколько послов, которые должны были убедить островитян покориться мирно, но японские дайме вновь отвергли все требования. В 1274 году Хубилай собрал флот размером около девятисот кораблей, чтобы перевезти на острова армию, состоящую из 23 тысяч корейских и китайских пехотинцев, а также неизвестное число монгольских всадников. В ноябре они вышли в коварные воды пролива, отделяющего Корею от Японии. Монголы легко захватили Цусиму в середине пролива, а также остров Ига неподалеку от Кюсю. Армада вошла в залив Хаката и высадила воинов и коней.

Самураи выехали к монгольским войскам в ожидании битвы один на один, как это было принято по правилам японской войны, но монголы и не думали ломать ряды. Как обычно, они собирались сражаться, как единая боевая сила, а не как воины-одиночки. Вместо того чтобы устраивать благородные дуэли, монголы забрасывали японцев снарядами и осыпали их стрелами. Монголы перебили множество славных японских воителей, а оставшиеся войска отступили, чтобы укрыться в крепостях. Монголы не стали преследовать отступающих врагов по землям, о которых у них не было точных разведданных. Они одержали победу, хотя и понесли потери, но затем они погрузились обратно на корабли. План монголов до сих пор остается загадкой. Собирались ли они на следующий день начать преследование? Или хотели нанести удар по другой прибрежной точке? Или их послали только, чтобы опробовать боевые качества японского войска? Или их потери были серьезнее, чем казалось, и монголы собирались отступить обратно в Корею?

Той ночью Божественный Ветер или, как называли его японцы, Камикадзе пришел с моря и поднял ужасную бурю. Во время бури многие спешно построенные корабли развалились или были разбиты о берег. Более тринадцати тысяч человек утонули. Величайший флот в истории превратился в самую массовую, хоть и бескровную, бойню на море.

Хубилай и его придворные утверждали, что вторжение завершилось успехом, так как Монголы победили японскую армию в кратком сражении на суше; последующие жертвы и уничтожение почти всего флота казалась им менее важными. Поэтому он вновь отправил послов в Японию в следующем году и потребовал, чтобы император сам приехал в монгольскую столицу в знак покорности, после чего Хубилай утвердил бы его в качестве монгольского наместника в Японии. Однако японцы тоже считали, что они победили, хотя и потерпели поражение в битве, и отклонил требования монголов. С новой верой в свои силы и защиту со стороны своих богов японцы совершили самое страшное с точки зрения монголов преступление — они казнили посланников, отрубив им головы и пролив их кровь на землю, а затем выставили головы для всеобщего осмеяния.